染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略

染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略

李敏俐;关善辉;陆祖宏;

东南大学生物电子学国家重点实验室;山东省泰安市中心医院麻醉科;

出版日期:2010-05-26 发布日期:2010-05-26

Published:2010-05-26 Online:2010-05-26

摘要/Abstract

摘要： 染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提。影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都会对超声效果产生影响。如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程,借鉴其它研究者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径。本研究针对超声时间、细胞裂解方式、超声环境和超声功率等因素进行优化;利用优化的条件超声,得到适合大小的DNA片段;对这些片段进行染色质免疫沉淀试验,获得已知靶基因的特异性富集;证明超声优化条件是成功的。本研究提出的超声优化策略及获得的优化条件为后续ChIPSeq试验创造了前提条件,也对其他研究者具有借鉴意义。

关键词: 超声, 染色质免疫沉淀, 基因组DNA, ChIPSeq, ChIP-chip

李敏俐;关善辉;陆祖宏;. 染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略[J]. .

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