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小黑麦碳酸酐酶蛋白质三维结构预测

何宣;王白羽;张晓磊;任丽彤;孔广超;   

  1. 石河子大学麦类作物研究所;
  • 出版日期:2012-02-26 发布日期:2012-02-26
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(30960194)

  • Published:2012-02-26 Online:2012-02-26

摘要: 根据已经克隆到的小黑麦碳酸酐酶基因序列,将其概念地翻译成蛋白质的氨基酸序列。利用MEGA4.1、DNAStar5.02、SOPMA、Swiss-Model Workspace和NCBI-VAST等在线软件和服务器对该小黑麦碳酸酐酶(CA)的一级结构、二级结构及三维结构进行了分子结构模型预测,并对其三维结构进行了比对。结果显示,小黑麦碳酸酐酶定位于线粒体内膜和叶绿体类囊体膜上,具有β类碳酸酐酶所特有的保守性基序C-[SA]-D-S-R-[LIVM]-x-[AP];SOPMA预测的二级结构显示,该酶含有α-螺旋(38.61%)、随机卷曲(54.44%)和β-折叠(6.95%)。通过VAST矢量比对工具将小黑麦碳酸酐酶与模板(lekjA)三维结构进行比对,结果显示小黑麦碳酸酐酶与豌豆β碳酸酐酶同型八聚体中的一个单体(lekjA)具有很好的匹配,故推测小黑麦碳酸酐酶全酶也可能是同型八聚体。

关键词: 小黑麦, 碳酸酐酶, 分子结构, 结构预测, 结构比对