基于脂肪酸生物标记与16S rRNA的芽胞杆菌系统发育分析比较

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.04.021

生物技术通报 ›› 2015, Vol. 31 ›› Issue (3): 146-153.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.04.021

基于脂肪酸生物标记与16S rRNA的芽胞杆菌系统发育分析比较

刘国红, 刘波, 林营志, 唐建阳

(福建省农业科学院农业生物资源研究所，福州 350003)

收稿日期:2014-08-05 出版日期:2015-03-16 发布日期:2015-03-16
作者简介:刘国红，博士，研究方向：芽胞杆菌资源分类及功能研究；E-mail：Liuguohong624@sina.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31370059)，“973”前期研究专项(2011CB111607)，农业部“948计划”(2011-G25)

The Comparsion of Bacillus Species Classification Based on Fatty Acid and 16S rRNA Gene

Liu Guohong Liu Bo Lin Yingzhi Tang Jianyang

(Agricultural Bio-resource Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences，Fuzhou 350003)

Received:2014-08-05 Published:2015-03-16 Online:2015-03-16

摘要/Abstract

摘要： 旨在探究脂肪酸作为一种有效的芽胞杆菌分类标记，以25种芽胞杆菌模式菌株为研究对象，对芽胞杆菌进行脂肪酸组分和16S rRNA基因系统进化分析比较。结果表明，脂肪酸系统发育分析能充分体现芽胞杆菌种类间的亲缘关系，并且按生物学特性进行聚类分群，而16S rRNA系统发育仅完美体现出种间的亲缘关系。利用脂肪酸分析可将25种芽胞杆菌完全准确分开，且将生物学特性相同的芽胞杆菌种类聚为一类，如碱性条件下生长良好的4种芽胞杆菌(B. agaradhaerens、B. alacalphilus、B. alkalitelluris和B. fastidiosus)聚为一类，芽胞杆菌为圆形的芽胞杆菌(B. fusiformis、B. odysseyi 和B. sphaericus)聚为一类。结果表明，脂肪酸分析不仅根据亲缘关系进行聚类，还可以根据生物学特性对芽胞杆菌进行分类。

关键词: 芽胞杆菌, 脂肪酸生物标记, 16S rRNA, 系统发育分析

Abstract: In order to explore the application of fatty acid composition in taxonomy of Bacillus species, the fatty acid constitutions of 25 strains were detected by Microbial Identification System(MIDI). The clusters of fatty acid profiles and 16S rRNA gene sequences were analyzed by SPPS16.0 and Mega4, respectively. The results showed that phylogeny analysis based on the fatty acid biomarkers could not only fully reflect the relationships among the Bacillus species, but also group the Bacillus species according to the biological characteristics. However, 16S rRNA phylogeny only perfectly showed the relationships among the species. For example, four species growing well under the alkaline conditions and three species round spore-forming were clustered together, respectively. Result showed that Bacillus species can be clustered together not only according to the related ship, but also classified by the biological characteristics.

Key words: Bacillus, fatty acid profile, 16S rRNA, phylogeny

刘国红, 刘波, 林营志, 唐建阳^{. 基于脂肪酸生物标记与16S rRNA的芽胞杆菌系统发育分析比较[J]. 生物技术通报, 2015, 31(3): 146-153.}

Liu Guohong, Liu Bo, Lin Yingzhi, Tang Jianyang. The Comparsion of Bacillus Species Classification Based on Fatty Acid and 16S rRNA Gene[J]. Biotechnology Bulletin, 2015, 31(3): 146-153.

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The Comparsion of Bacillus Species Classification Based on Fatty Acid and 16S rRNA Gene

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