基于条形码ITS2 序列的青天葵及其混伪品分子鉴别

生物技术通报 ›› 2012, Vol. 0 ›› Issue (12): 173-179.

基于条形码ITS2 序列的青天葵及其混伪品分子鉴别

黄琼林, 马新业, 何瑞, 詹若挺, 陈蔚文

广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心岭南中药资源教育部重点实验室，广州 510006

收稿日期:2012-05-22 修回日期:2013-01-25 出版日期:2012-12-26 发布日期:2013-02-06
作者简介:黄琼林, 男, 博士研究生, 研究方向:创新中药研究与开发;E-mail:perfecthql@163.com
基金资助:
: 教育部博士点基金联合资助项目（200805720004）, 教育部留学回国人员科研项目［教外司留（2009）1001］

Molecular Identification of Nervilia fordii HanceSchltr. and Its Adulterants Based on lTS2 DNA Barcodes

Huang Qionglin, Ma Xinye, He Rui, Zhan Ruoting, Chen Weiwen

Research Center of Chinese Herbal Resource Science and Engeering，Key Laboratory of Chinese Medicinal Resource from Lingnan，GuangzhouUniversity of Chinese Medicine，Ministry of Education，Guangzhou 510006

Received:2012-05-22 Revised:2013-01-25 Published:2012-12-26 Online:2013-02-06

摘要/Abstract

摘要： 通过分析青天葵及其常见混伪品的ITS2 序列，建立青天葵新型真伪鉴别方法。采用植物基因组DNA 提取试剂盒提取青天葵及其混伪品的叶片DNA，一对通用引物PCR 扩增ITS2 基因片段并直接双向测序。采用DNAMAN、ClustalX 软件拼接比对序列，MEGA4.0 软件构建NJ 树，Schultz 等建立的数据库和网站预测ITS2 序列的二级结构。结果显示，获得的12 条ITS2 序列的长度范围为203-242 bp，GC 含量范围为53.1%-71.8%。所有样品ITS2 序列比对后的长度为249 bp，其中存在226 个变异位点。青天葵种间K2P 遗传距离（1.125）远大于种内K2P 遗传距离（0.004）。基于ITS2 的序列的NJ 树和二级结构均能直观地区分青天葵及其混伪品。

关键词: 青天葵, ITS2, 混伪品, 分子鉴别

Abstract: It was to establish a novel identification method for Nervilia fordii and its adulterants through ITS2 sequence analysis. TotalDNA was extracted from fresh leaves, and ITS2 region was amplified and sequenced with a pair of universal primers. The sequences wereassembled and aligned by DNAMAN and CLUSTALX, and NJ tree was constracted using MEGA 4.0. Secondary structures of ITS2 sequenceswere predicated in the database built by Schultz et al. Significant differences were observed in the ITS2 sequences between Nervilia fordii andits adulterants. The interspecific genetic distance was far more than the intraspecific disatance. Both NJ tree and secondary structure based onITS2 sequences can distinguish Nervilia fordii and its adulterants intuitively. ITS2 is an effective biomarker to identify Nervilia fordii and itsadulterants.

黄琼林, 马新业, 何瑞, 詹若挺, 陈蔚文. 基于条形码ITS2 序列的青天葵及其混伪品分子鉴别[J]. 生物技术通报, 2012, 0(12): 173-179.

Huang Qionglin, Ma Xinye, He Rui, Zhan Ruoting, Chen Weiwen . Molecular Identification of Nervilia fordii HanceSchltr. and Its Adulterants Based on lTS2 DNA Barcodes[J]. Biotechnology Bulletin, 2012, 0(12): 173-179.

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