生物技术通报 ›› 2015, Vol. 31 ›› Issue (11): 102-111.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.07.001

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实用生物信息技术课程教学实例

罗静初   

  1. 北京大学生命科学学院 北京大学蛋白质与植物基因研究重点实验室 北京大学生物信息中心,北京 100871
  • 收稿日期:2015-03-26 出版日期:2015-11-26 发布日期:2015-11-26
  • 作者简介:罗静初,男,教授,研究方向: 生物信息学;E-mail: luojc@pku.edu.cn

Teaching Examples of Applied Bioinformatics Course

Luo Jingchu   

  1. College of Life Sciences,The State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research,Center for Bioinformatics,Peking University,Beijing 100871
  • Received:2015-03-26 Published:2015-11-26 Online:2015-11-26

摘要: 介绍“实用生物信息技术”研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。

关键词: 生物信息技术, 血红蛋白, 序列比对, 数据库检索, Blast数据库搜索, 系统发生树构建, 蛋白质结构比较分析

Abstract: In this article, we introduce the basic bioinformatics analysis methods and tools taking the hemoglobin as an example. The methods include: 1)protein and DNA sequence alignment;2)advanced search for UniProt and RefSeq database;3)Blast database similarity search;4)phylogenetic tree construction under MEGA;5)protein structure comparison using Swiss-PdbViewer.

Key words: bioinformatics, hemoglobin, sequence alignment, database query, Blast database similarity search, phylogenetic tree construction, protein structure comparison