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基于简并引物同步克隆两个红麻PDIL同源基因cDNA 5'-末端序列

金刚;陈鹏;唐向民;周瑞阳;   

  1. 广西大学植物遗传育种重点实验室;
  • 出版日期:2011-10-26 发布日期:2011-10-26
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(30900912,31060199);;

  • Published:2011-10-26 Online:2011-10-26

摘要: 探索利用同一套简并引物结合通用引物同步扩增两个红麻PDIL同源基因的cDNA 5'-末端序列,以期为同一转录组中两个旁系同源基因cDNA 5'RACE的同步扩增提供借鉴。通过红麻HcPDIL5-2a和HcPDIL5-2b cDNA中间片段及3'-末端已知序列的比对,在其完全保守区段设计了一条引物用于两个基因5'RACE的共反转录;在其部分保守区段设计了两条简并引物,并利用其在两个基因的5'RACE扩增时退火温度的差异,结合通用引物巢式PCR同步扩增两个基因的cDNA 5'-末端未知序列。在两个基因全长cDNA拼接序列的基础上设计两对特异引物分别扩增它们的cDNA全长序列,测序结果进一步验证了序列拼接和cDNA 5'RACE同步扩增的可靠性。进化分析证实两个基因属于PDIL基因家族成员。

关键词: 红麻, 简并引物, 5'RACE, 同步克隆