齐口裂腹鱼CDH5基因特性及其对温和气单胞菌感染的应答

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017.03.023

生物技术通报 ›› 2017, Vol. 33 ›› Issue (3): 162-168.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017.03.023

齐口裂腹鱼CDH5基因特性及其对温和气单胞菌感染的应答

段荟芹¹, 王利²

1. 西南民族大学青藏高原研究院,成都 610041;
2. 西南民族大学生命科学与技术学院,成都 610041

收稿日期:2016-07-10 出版日期:2017-03-26 发布日期:2017-03-07
作者简介:段荟芹,女,硕士研究生,研究方向：动物遗传学;E-mail：917077886@qq.com
基金资助:
四川省科技支撑项目（2016NZ0044）,西南民族大学研究生学位点建设项目（2016XWD-SO71007）

Characteristics of Gene CDH5 in Schizothorax prenanti and Its Response to Aeromomas sobria Infection

DUAN Hui-qin¹, WANG Li²

1. Institute of Qinghai-Tibet Plateau,Southwest University for Nationalities,Chengdu 610041;
2.College of Life Science and Technology,Southwest University for Nationalities,Chengdu 610041

Received:2016-07-10 Published:2017-03-26 Online:2017-03-07

摘要/Abstract

摘要： 探讨齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）血管内皮黏附分子（Cadherin 5,CDH5）的基因特性。用生物信息学软件分析齐口裂腹鱼CDH5基因序列,用Real-time PCR检测CDH5基因在齐口裂腹鱼感染温和气单胞菌后0 h、24 h和 48 h的表达变化。获得CDH5基因全长cDNA序列,GenBank登录号为KT329441。该序列长4 825 bp,开放阅读框长2 313 bp,编码770个氨基酸。蛋白预测结果显示,该蛋白相对分子量为85.19 kD,等电点为5.01。存在信号肽序列,二级结构以随机卷曲、延伸链、α-螺旋为主。齐口裂腹鱼CDH5氨基酸序列与斑马鱼同源性达74%,与人的相似性为43%。CDH5在感染温和气单胞菌后在各组织中均有表达。脾脏中CDH5基因在24 h表达量显著高于0 h和48 h（P<0.05）。肝脏、肾脏和肌肉中CDH5在48 h的表达量均显著高于24 h（P<0.05）。心脏和肠道中CDH5基因在48 h的表达量显著高于0 h（P<0.05）。CDH5基因在可能参与了齐口裂腹鱼抗温和气单胞菌感染的免疫应答,为深入研究CDH5在齐口裂腹鱼中的功能奠定基础。

关键词: CDH5, 齐口裂腹鱼, 组织表达, 温和气单胞菌

Abstract: This work is to characterize cadherin 5（CDH5）gene of Schizothorax prenanti. Bioinformatics tools were used to analyze the gene sequence of CDH5,and real-time PCR to detect the expression variation of CDH5 gene at 0 h,24 h,and 48 h of S. prenanti infected with Aeromomas sobria. The full-length cDNA of CDH5 was 4 825 bp,ORF was 2 313 bp,and encoded 770 amino acids. Its molecular weight was 85.19 kD and pI was 5.01. The CDH5 protein had a signal peptide sequence,and its secondary structure was mainly composed of random coil,extend strand,and α-helix. Multiple alignment analysis revealed that CDH5 shared 74% homology with Danio rerio,low similarity with Homo sapiens（43%）. CDH5 were expressed in all detected tissues after A. sobria infection,the expression of CDH5 in spleen at 24 h was significantly higher than at 0 h and 48 h（P < 0.05）,also the expression of CDH5 in the liver,kidney,and muscle at 48 h higher than at 24 h（P < 0.05）,and significantly higher expression of CDH5 at 48 h in heart and intestines than at 0 h（P < 0.05）. It indicated that CDH5 of S. prenanti might be involved in immune response to A. sobria infection,laying a foundation for the further study on the functions of S. prenanti.

Key words: CDH5, Schizothorax prenanti, tissue expression, Aeromomas sobria

段荟芹, 王利. 齐口裂腹鱼CDH5基因特性及其对温和气单胞菌感染的应答[J]. 生物技术通报, 2017, 33(3): 162-168.

DUAN Hui-qin, WANG Li. Characteristics of Gene CDH5 in Schizothorax prenanti and Its Response to Aeromomas sobria Infection[J]. Biotechnology Bulletin, 2017, 33(3): 162-168.

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Characteristics of Gene CDH5 in Schizothorax prenanti and Its Response to Aeromomas sobria Infection

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