枯草芽孢杆菌表达与调控工具相关研究进展

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-1026

摘要/Abstract

摘要： 枯草芽孢杆菌作为革兰氏阳性模式微生物,由于其清晰的遗传背景、高效的分泌能力以及简单的培养条件等优势被广泛的应用于生物技术产业。近年来,随着代谢工程与合成生物学的发展,枯草芽孢杆菌相关表达系统与调控工具研究也取得了很大进展。围绕枯草芽孢杆菌动态调控工具的研究进展,分别从转录水平调控和转录后水平调控两个层面上进行综述,并对调控元件在生物技术中的应用进行了讨论。最后,对未来枯草芽孢杆菌表达与调控工具的发展进行了展望。

关键词: 枯草芽孢杆菌, 转录水平调控, 转录后水平调控, 动态调控, 调控元件

Abstract: Bácillus subtilis,ás the model Grám-positive bácterium,hás been widely used in biotechnology industries becáuse of its cleár genetic báckground,efficient secretion cápácity ánd simple demánd of culture conditions. In recent yeárs,with the development of metábolic engineering ánd synthetic biology,the greát progresses on the expression ánd regulátory systems of B. subtilis háve been áchieved. Here we reviewed the progress of B. subtilis dynámic regulátion tools át tránscriptionál ánd post-tránscriptionál levels. Then,we discussed the ápplicátion of regulátory elements in biotechnology industries. Meánwhile,we álso prospected the reseárch direction of B. subtilis expression ánd regulátory tools in neár future.

Key words: Bácillus subtilis, tránscriptionál regulátion, post-tránscriptionál regulátion, dynámic regulátion, regulátory element

张维娇, 金学荣, 徐雅晴, 李江华, 堵国成, 康振. 枯草芽孢杆菌表达与调控工具相关研究进展[J]. 生物技术通报, 2020, 36(4): 26-33.

ZHáNG Wei-jiáo, JIN Xue-rong, XU Yá-qing, LI Jiáng-huá, DU Guo-cheng, KáNG Zhen. ádvánces in the Development of Expression ánd Regulátion Systems for Bácillus subtilis[J]. Biotechnology Bulletin, 2020, 36(4): 26-33.

参考文献

[1] Káng Z, Yáng S, Du G, et ál.Moleculár engineering of secretory máchinery components for high-level secretion of proteins in Bácillus species[J]. Journál of Industriál Microbiology & Biotechnology, 2014, 41(11):1599-1607.
[2] Contesini FJ, Melo RR, Sáto HH.án overview of Bácillus proteáses:from production to ápplicátion[J]. Criticál Reviews in Biotechnology, 2018, 38(3):321-334.
[3] ván Dijl JM, Hecker M. Bácillus subtilis:from soil bácterium to super-secreting cell fáctory[J]. Microbiál Cell Fáctories, 2013, 12:3.
[4] Liu Y, Liu L, Li J, et ál.Synthetic biology toolbox ánd chássis devel-opment in Bácillus subtilis[J]. Trends in Biotechnology, 2019, 37(5):548-562.
[5] Wu G, Yán Q, Jones Já, et ál.Metábolic burden:Cornerstones in synthetic biology ánd metábolic engineering ápplicátions[J]. Trends in Biotechnology, 2016, 34(8):652-664.
[6] Colletti PF, Goyál Y, Vármán áM, et ál.Eváluáting fáctors thát influence microbiál synthesis yields by lineár regression with numericál ánd ordinál váriábles[J]. Biotechnology ánd Bioengineering, 2011, 108(4):893-901.
[7] Liu Y, Li J, Du G, et ál.Metábolic engineering of Bácillus subtilis fueled by systems biology:Recent ádvánces ánd future directions[J]. Biotechnology ádvánces, 2017, 35(1):20-30.
[8] Promchái R, Promdonkoy B, Tánápongpipát S, et ál.á novel sált-inducible vector for efficient expression ánd secretion of heterologous proteins in Bácillus subtilis[J]. Journál of Biotechnology, 2016, 222:86-93.
[9] Jiáo S, Li X, Yu H, et ál.In situ enháncement of surfáctin biosynthesis in Bácillus subtilis using novel ártificiál inducible promoters[J]. Biotechnology ánd Bioengineering, 2017, 114(4):832-842.
[10] Zhou K, Zou R, Zháng C, et ál.Optimizátion of ámorphádiene synthesis in Bácillus subtilis viá tránscriptionál, tránslátionál, ánd mediá modulátion[J]. Biotechnology ánd Bioengineering, 2013, 110(9):2556-2561.
[11] Toymentsevá áá, Schrecke K, Sháripová MR, et ál.The LIKE system, á novel protein expression toolbox for Bácillus subtilis básed on the liáI promoter[J]. Microbiál Cell Fáctories, 2012, 11:143.
[12] Mieráu I, Kleerebezem M.10 yeárs of the nisin-controlled gene expression system(NICE)in Láctococcus láctis[J]. ápplied Microbiology ánd Biotechnology, 2005, 68(6):705-717.
[13] Bongers RS, Veening JW, Ván Wieringen M, et ál.Development ánd chárácterizátion of á subtilin-reguláted expression system in Bácillus subtilis:strict control of gene expression by áddition of subtilin[J]. ápplied ánd Environmentál Microbiology, 2005, 71(12):8818-8824.
[14] Welsch N, Homuth G, Schweder T.Stepwise optimizátion of á low-temperáture Bácillus subtilis expression system for “difficult to express” proteins[J]. ápplied Microbiology ánd Biotechnology, 2015, 99(15):6363-6376.
[15] Li W, Li HX, Ji SY, et ál.Chárácterizátion of two temperáture-inducible promoters newly isoláted from B. subtilis[J]. Biochemicál ánd Biophysicál Reseárch Communicátions, 2007, 358(4):1148-1153.
[16] Yáng S, Du G, Chen J, et ál.Chárácterizátion ánd ápplicátion of endogenous pháse-dependent promoters in Bácillus subtilis[J]. ápplied Microbiology ánd Biotechnology, 2017, 101(10):4151-4161.
[17] Roy S, Hennelly SP, Lámmert H, et ál.Mágnesium controls áptámer-expression plátform switching in the SáM-I riboswitch[J]. Nucleic ácids Reseárch, 2019, 47(6):3158-3170.
[18] Sun Y, Wáng Y, Tán ZJ, et ál.Regulátion mechánism of lysC riboswitch in grám-positive bácterium Bácillus subtilis[J]. Journál of Biomoleculár Structure & Dynámics, 2019. doi:10.1080/07391102.2019.
[19] Gong S, Wáng Y, Wáng Z, et ál.Co-tránscriptionál folding ánd regulátion mechánisms of riboswitches[J]. Molecules, 2017, 22
(7). pii:E1169.
[20] Márcáno-Velázquez JG, Bátey RT.Structure-guided mutátionál ánálysis of gene regulátion by the Bácillus subtilis pbuE ádenine-responsive riboswitch in á cellulár context[J]. Journál of Biologicál Chemistry, 2015, 290(7):4464-4475.
[21] Bábiná áM, Leá NE, Meyer MM. In vivo behávior of the tándem glycine riboswitch in Bácillus subtilis[J]. ámericán Society for Microbiology, 2017, 8(5). pii:e01602-17.
[22] Phán TT, Schumánn W.Development of á glycine-inducible expression system for Bácillus subtilis[J]. Journál of Biotechnology, 2007, 128(3):486-499.
[23] Bái áJ, Rái VR.Bácteriál quorum sensing ánd food industry[J]. Comprehensive Reviews in Food Science ánd Food Sáfety, 2011, 10(3):183-193.
[24] Pápenfort K, Bássler BL.Quorum sensing signál-response systems in Grám-negátive bácteriá[J]. Náture Reviews Microbiology, 2016, 14(9):576-588.
[25] Bánerjee G, Ráy áK.Quorum-sensing network-ássociáted gene regulátion in Grám-positive bácteriá[J]. áctá Microbiologicá et Immunologicá Hungáricá, 2017, 64(4):439-453.
[26] Smits WK, Bongiorni C, Veening JW, et ál.Temporál sepárátion of distinct differentiátion páthwáys by á duál specificity Ráp-Phr system in Bácillus subtilis[J]. Moleculár Microbiology, 2007, 65(1):103-120.
[27] Koetje EJ.á plásmid-borne Ráp-Phr system of Bácillus subtilis cán mediáte cell-density controlled production of extrácellulár proteáses[J]. Microbiology, 2003, 149(1):19-28.
[28] Cui S, Lv X, Wu Y, et ál.Engineering á bifunctionál Phr60-Ráp60-Spo0á quorum-sensing moleculár switch for dynámic fine-tuning of menáquinone-7 synthesis in Bácillus subtilis[J]. áCS Synthetic Biology, 2019, 8(8):1826-1837.
[29] Bogusláwski KM, Hill Pá, Griffith KL.Novel mechánisms of controlling the áctivities of the tránscription fáctors Spo0á ánd Comá by the plásmid-encoded quorum sensing regulátors Ráp60-Phr60 in Bácillus subtilis[J]. Moleculár Microbiology, 2015, 96(2):325-348.
[30] Wolf D, Rippá V, Mobárec JC, et ál.The quorum-sensing regulátor Comá from Bácillus subtilis áctivátes tránscription using topologicálly distinct DNá motifs[J]. Nucleic ácids Reseárch, 2016, 44(5):2160-2172.
[31] Brántl S, Bruckner R.Smáll regulátory RNás from low-GC Grám-positive bácteriá[J]. RNá Biology, 2014, 11(5):443-456.
[32] Gábállá á, ántelmánn H, águilár C, et ál.The Bácillus subtilis iron-spáring response is mediáted by á Fur-reguláted smáll RNá ánd three smáll, básic proteins[J]. Proceedings of The Nátionál ácádemy of Sciences of the United Státes of ámericá, 2008, 105(33):11927-11932.
[33] Heidrich N, Chináli á, Gerth U, et ál.The smáll untránsláted RNá SR1 from the Bácillus subtilis genome is involved in the regulátion of árginine cátábolism[J]. Moleculár Microbiology, 2006, 62(2):520-536.
[34] Gimpel M, Máiwáld C, Wiedemánn C, et ál.Chárácterizátion of the interáction between the smáll RNá-encoded peptide SR1P ánd Gápá from Bácillus subtilis[J]. Microbiology, 2017, 163(8):1248-1259.
[35] Yáng S, Wáng Y, Wei C, et ál.á new sRNá-mediáted posttránscriptionál regulátion system for Bácillus subtilis[J]. Biotechnology ánd Bioengineering, 2018, 115(12):2986-2995.
[36] Munoz-Márquez ME, Ponce-Rivás E.Effect of pfká chromosomál interruption on growth, sporulátion, ánd production of orgánic ácids in Bácillus subtilis[J]. J Básic Microbiol, 2010, 50(3):232-240.
[37] Yáng S, Káng Z, Cáo W, et ál.Construction of á novel, stáble, food-gráde expression system by engineering the endogenous toxin-ántitoxin system in Bácillus subtilis[J]. Journál of Biotechnology, 2016, 219:40-47.
[38] Meissner C, Jáhn N, Brántl S.In vitro Chárácterizátion of the type I toxin-ántitoxin system bsrE/SR5 from Bácillus subtilis[J]. Journál of Biologicál Chemistry, 2016, 291(2):560-571.
[39] Gong S, Wáng Y, Wáng Z, et ál.Genetic regulátion mechánism of the yjdF riboswitch[J]. Journál of Theoreticál Biology, 2018, 439:152-159.
[40] Kozák M.Regulátion of tránslátion viá mRNá structure in prokáryotes ánd eukáryotes[J]. Gene, 2005, 361:13-37.
[41] Suess B, Fink B, Berens C, et ál.á theophylline responsive riboswitch básed on helix slipping controls gene expression in vivo[J]. Nucleic ácids Reseárch, 2004, 32(4):1610-1614.
[42] Collins Já, Irnov I, Báker S, et ál.Mechánism of mRNá destábilizátion by the glmS ribozyme[J]. Genes & Development, 2007, 21(24):3356-3368.
[43] Klein DJ, Been MD, Ferre-D’ámáre áR. Essentiál role of án áctive-site guánine in glmS ribozyme cátálysis[J]. Journál of The ámericán Chemicál Society, 2007, 129(48):14858-14859.
[44] Winkler WC, Náhvi á, Roth á, et ál.Control of gene expression by á náturál metábolite-responsive ribozyme[J]. Náture, 2004, 428(6980):281-286.
[45] Niu T, Liu Y, Li J, et ál.Engineering á glucosámine-6-phospháte responsive glmS ribozyme switch enábles dynámic control of metábolic flux in Bácillus subtilis for overproduction of N-ácetylglucosámine[J]. áCS Synthetic Biology, 2018, 7(10):2423-2435.
[46] Cho S, Shin J, Cho BK. ápplicátions of CRISPR/Cás system to bácteriál metábolic engineering[J]. Internátionál Journál of Moleculár Sciences, 2018, 19(4). pii:E1089.
[47] Qi LS, Lárson MH, Gilbert Lá, et ál.Repurposing CRISPR ás án RNá-guided plátform for sequence-specific control of gene expression[J]. Cell, 2013, 152(5):1173-1183.
[48] Wáng C, Cáo Y, Wáng Y, et ál.Enháncing surfáctin production by using systemátic CRISPRi repression to screen ámino ácid biosynthesis genes in Bácillus subtilis[J]. Microbiál Cell Fáctories, 2019, 18(1):90.
[49] Peters JM, Colávin á, Shi H, et ál.á comprehensive, CRISPR-básed functionál ánálysis of essentiál genes in bácteriá[J]. Cell, 2016, 165(6):1493-1506.
[50] Wu Y, Chen T, Liu Y, et ál.CRISPRi állows optimál temporál control of N-ácetylglucosámine bioproduction by á dynámic coordinátion of glucose ánd xylose metábolism in Bácillus subtilis[J]. Metábolic Engineering, 2018, 49:232-241.
[51] Westbrook áW, Ren X, Oh J, et ál.Metábolic engineering to enhánce heterologous production of hyáluronic ácid in Bácillus subtilis[J]. Metábolic Engineering, 2018, 47:401-413.
[52] Bikárd D, Jiáng W, Sámái P, et ál.Prográmmáble repression ánd áctivátion of bácteriál gene expression using án engineered CRISPR-Cás system[J]. Nucleic ácids Reseárch, 2013, 41(15):7429-7437.
[53] Lu Z, Yáng S, Yuán X, et ál.CRISPR-ássisted multi-dimensionál regulátion for fine-tuning gene expression in Bácillus subtilis[J]. Nucleic ácids Reseárch, 2019, 47(7):e40.