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烤烟SNARE蛋白基因T-NTGP2全长cDNA克隆与生物信息学分析

胡重怡;蔡刘体;   

  1. 贵州烟草科学研究所;
  • 出版日期:2011-07-26 发布日期:2011-07-26
  • 基金资助:
    中国烟草总公司资助项目(110200701021);;贵州省烟草专卖局资助项目(黔烟科2009-15,黔烟科2010-12)

  • Published:2011-07-26 Online:2011-07-26

摘要: 从烤烟品种南江3号(Nicotiana tobacumcv.Nanjiang-3)均一化cDNA文库中克隆获得一个SNARE蛋白同源性较高的cDNA全长序列,命名为T-NTGP2,GenBank中的登录号为HO663897。利用ORF finder和ProtParam软件分析显示,它包含一个长度为597 bp的完整开放读码框,编码一个含有199个氨基酸、等电点为6.96、分子量为22.59 kD的蛋白。Blast搜索结果及进化分析结果表明,烤烟T-NTGP2基因编码的蛋白与烤烟、杨树和蓖麻的Ykt6蛋白具有较高的同源性,其一致性分别为99%、91%和91%。该基因编码的蛋白具有一个典型的VAMP基元,同源分析表明该蛋白属于SNAREs中特殊longins中的Ykt6蛋白。

关键词: 烤烟, SNARE, 克隆, 生物信息学分析