甘蔗SoNIN1基因结构及其内含子信息分析

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2014.12.024

生物技术通报 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (12): 147-152.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2014.12.024

甘蔗SoNIN1基因结构及其内含子信息分析

牛俊奇¹ ,吴朝兴¹, 杨丽涛^1,2, 李杨瑞^1,2

1. 广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室，南宁 530005; 2. 中国农业科学院甘蔗研究中心广西农业科学院甘蔗研究所农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室广西甘蔗遗传改良重点实验室广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室，南宁 530007

收稿日期:2014-05-26 出版日期:2014-12-08 发布日期:2014-12-12
作者简介:牛俊奇，男，博士研究生，研究方向:甘蔗生理和分子生物学;E-mail:niujunqi3218@163.com 通讯作者:杨丽涛，女，博士，教授，研究方向:甘蔗生理生化和病虫害;E-mail:liyr@gxu.edu.cn
基金资助:
国家“863”计划课题(2013AA102604)，广西自然科学基金项目(2011GXNSFF018002，2013NXNSFAA019073)，国家国际合作项目(2009DFA30820，2013DFA31600)，广西八桂学者和特聘专家专项经费

Analysis of Genomic Structure and Introns of SoNIN1 Gene from Sugarcane

¹Niu Junqi,¹Wu Chaoxing,^1,2Yang Litao,^1,2Li Yangrui

(1. Agricultural College, Guangxi University / State Key Laoratory of Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources, Nanning 530005; 2. Sugarcane Research Center, Chinese Academy of Agricultural Sciences / Sugarcane Research Center, Guangxi Academy of Agricltural Sciences / Key Laboratory of Sugarcane Biotechnology and Genetic Improvement(Guangxi), Ministry of Agriculture / Guangxi Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement / Guangxi Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab, Nanning 530007)

Received:2014-05-26 Published:2014-12-08 Online:2014-12-12

摘要/Abstract

摘要： 根据前期克隆得到的 SoNIN1 基因的全长 cDNA 和部分启动子序列设计引物，应用 PCR 技术从甘蔗叶片 gDNA 中克隆 SoNIN1 基因，并利用生物信息学方法分析基因的结构。结果表明，SoNIN1 基因的 DNA 序列长 4 938 bp，包含 6 个外显子和 5 个内含子，GenBank 登录号 KF563902。在该基因 5' 非翻译区存在一个 268 bp 内含子序列，同时 5 个内含子序列中含有与低温、干旱和激素等胁迫响应相关的作用元件，这些可能对 SoNIN1 基因转录表达起调控作用。依据 SoNIN1 蛋白聚类和外显子-内含子基因结构可以将植物 NINs 分为两类。

关键词: 甘蔗, 中性/碱性转化酶, 外显子, 内含子, 信息分析

Abstract: According to the full length cDNA and part of the promoter sequences of the SoNIN1 gene we designed primers，amplified the SoNIN1 gene form gDNA of sugarcane leaves by PCR, and analyzed the gene structure of SoNIN1 by using bioinformatics methods. The results showed that the DNA sequence of the SoNIN1 gene is 4 938 bp, containing six exons and five introns, GenBank accession number KF563902. 5’UTRs of the SoNIN1 gene contain 268 bp introns, and five introns contain low temperature, drought, and hormonal stress response related cis- acting elements, which may play a role in transcription and expression regulation of SoNIN1 gene. According to phylogenetic analysis and exonintron gene structure, the NIN proteins can be classified into 2 classes’type I and type II.

Key words: Sugarcane, Alkaline/neutral invertase, Exon Intron, Information analysis

牛俊奇 ,吴朝兴, 杨丽涛, 李杨瑞. 甘蔗SoNIN1基因结构及其内含子信息分析[J]. 生物技术通报, 2014, 0(12): 147-152.

Niu Junqi,Wu Chaoxing,Yang Litao,Li Yangrui. Analysis of Genomic Structure and Introns of SoNIN1 Gene from Sugarcane[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(12): 147-152.

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Analysis of Genomic Structure and Introns of SoNIN1 Gene from Sugarcane

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