中华大蟾蜍γ-肌动蛋白基因Bbgγ-Actin的克隆与生物信息学分析

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.09.021

生物技术通报 ›› 2016, Vol. 32 ›› Issue (9): 156-164.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.09.021

中华大蟾蜍γ-肌动蛋白基因Bbgγ-Actin的克隆与生物信息学分析

刘彦芳^{1, 2}, 王秋爽^{1, 2}, 凌鸿^{1, 2}, 刘东春^{1, 2}, 代英辉¹, 王东^{1, 2}

1. 沈阳药科大学中药学院,沈阳 110016; 2. 沈阳药科大学中韩分子生药学研究室,沈阳 110016

收稿日期:2015-12-11 出版日期:2016-09-25 发布日期:2016-10-10
作者简介:刘彦芳,女,硕士研究生,研究方向：活性天然产物的生合成;E-mail：824394026@qq.com
基金资助:
辽宁省自然科学基金项目（2015020741）,沈阳药科大学归国人员科研启动基金项目（GGJJ2015101）

Cloning and Bioinformatic Analysis of γ-Actin Gene（Bbgγ-Actin） from Bufo bufo gargarizans

LIU Yan-fang, WANG Qiu-shuang, LING Hong, LIU Dong-chun, DAI Ying-hui, WANG Dong

1. School of Traditional Chinese Materia Medica,Shenyang Pharmaceutical University,Shenyang 110016; 2. Laboratory of China-Korea Molecular Pharmacognosy,Shenyang Pharmaceutical University,Shenyang 110016

Received:2015-12-11 Published:2016-09-25 Online:2016-10-10

摘要/Abstract

摘要： 旨在获得中华大蟾蜍肌动蛋白序列全长。以中华大蟾蜍（Bufo bufo gargarizans）耳后腺为材料,提取总RNA,通过转录组高通量测序快速得到中华大蟾蜍肌动蛋白基因（BbgActin）cDNA全长2 055 bp,通过RT-PCR技术对其ORF序列进行验证,并对BbgActin基因进行分析。序列分析表明,BbgActin基因开放阅读框长1 131 bp,编码376个氨基酸。通过BLAST P程序分析,所得序列与GenBank数据库中肌动蛋白基因序列相似度均在89%以上,氨基酸序列的相似性达90%以上。系统进化分析表明,BbgActin与γ-Actin聚为一类,所得中华大蟾蜍肌动蛋白属于γ-Actin。首次获得了中华大蟾蜍γ-Actin cDNA全长序列。

关键词: 中华大蟾蜍, γ, -肌动蛋白, cDNA全长, 系统进化

Abstract: In order to obtain the full-length of actin’s sequence in Bufo bufo gargarizans,the total RNA was extracted from the parotid gland of B. bufo gargarizans,and high-throughput sequencing of transcriptome was used to obtain the full-length cDNA of actin （BbgActin）in B. gargarizansas 2 055 bp. The sequence of ORF（open reading frame）was verified by RT-PCR and sequencing. Sequence analysis showed that the ORF was 1 131 bp encoding for a polypeptide of 376 amino acid residues. Homologous alignment by software BLAST P revealed that it shared over 89% of nucleotide identities and over 90% of amino acid identities with actins from other animals in GenBank. Phylogenetic analysis showed that BbgActin clustered in a class with γ-Actin and highly conserved during evolution. In conclusion,it is the first time to acquire the full-length sequence of γ-Actin cDNA in B. bufo gargarizans,which lays a foundation for further studies on the role of gene Bbgγ-Actin on the life activities of B. bufo gargarizans.

Key words: Bufo bufo gargarizans, γ, -Actin, full-length of cDNA, system evolution

刘彦芳, 王秋爽, 凌鸿, 刘东春, 代英辉, 王东. 中华大蟾蜍γ-肌动蛋白基因Bbgγ-Actin的克隆与生物信息学分析[J]. 生物技术通报, 2016, 32(9): 156-164.

LIU Yan-fang^{1, 2}, WANG Qiu-shuang^{1, 2}, LING Hong^{1, 2}, LIU Dong-chun^{1, 2}, DAI Ying-hui¹, WANG Dong^{1, 2}. Cloning and Bioinformatic Analysis of γ-Actin Gene（Bbgγ-Actin） from Bufo bufo gargarizans[J]. Biotechnology Bulletin, 2016, 32(9): 156-164.

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中华大蟾蜍γ-肌动蛋白基因Bbgγ-Actin的克隆与生物信息学分析

Cloning and Bioinformatic Analysis of γ-Actin Gene（Bbgγ-Actin） from Bufo bufo gargarizans

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