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缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化

钟玉民;刘达博;冯冰冰;陈慧;林国文;李家乐;   

  1. 上海海洋大学水产与生命学院农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室;福建省闽东水产研究所;
  • 出版日期:2011-06-26 发布日期:2011-06-26
  • 基金资助:
    国家“863”计划项目(2006AA10A410);;福建省海洋与渔业局重点项目(闽海鱼2007015)

  • Published:2011-06-26 Online:2011-06-26

摘要: 运用L_(16)(4~5)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg~(2+)浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析。结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg~(2+);缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3μmol/L、Taq酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg~(2+)2 mmol/L。用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带。因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠。

关键词: 缢蛏, SRAP, 正交设计, 优化