野生冬虫夏草伴生细菌群落结构及多样性分析

生物技术通报 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (10): 196-200.

野生冬虫夏草伴生细菌群落结构及多样性分析

李辉¹, 刘洋¹, 白飞荣¹, 姚粟¹, 扎西·才吉², 程池¹

1.中国食品发酵工业研究院中国工业微生物菌种保藏管理中心,北京 100015; 2.玉树藏族自治州三江源药业有限公司,玉树 810003

收稿日期:2014-03-05 出版日期:2014-10-20 发布日期:2014-10-17
作者简介:李辉,硕士,工程师,研究方向：微生物学
基金资助:
国家微生物资源平台专项（NIMR2014-4）,青海省科技计划项目（2012-N-142,2012-N-153）,中国食品发酵工业研究院科技发展基金（博士基金）项目（2012KJFZ-BS-01）

Analysis of Bacterial Community Structure and Diversity in Wild Ophicordyceps sinensis

Li Hui¹, Liu Yang¹, Bai Feirong¹, Yao Su^{1, 2}, Zahi Nagi², Cheng Chi¹

1. Chinese Research Institute of Food and Fermentation Industries Chinese industrial culture collection center,Beijing 100015; 2. Yushu Tibetan Autonomous Prefecture of Sanjiang Source Pharmaceutical Co Ltd,Yushu 810003

Received:2014-03-05 Published:2014-10-20 Online:2014-10-17

摘要/Abstract

摘要： 采用基于PCR扩增的变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术,研究8种不同地理来源野生冬夏草中伴生细菌的群落结构,通过优势条带切胶测序分析,确定了不同来源冬虫夏草伴生优势细菌的种属信息,分析结果表明冬虫夏草中细菌群落多样性丰富,不同来源冬虫夏草的细菌多样性指数（H’）、丰度（D）和均匀度（J）均有所不同,且伴生细菌群落相似性与样品产地间的距离远近呈一定的正相关。本研究还发现了冬虫夏草样品中的4种共有细菌Flavihumibacter petaseus、Sphingomonas aestuarii、Geobacillus pallidus和Methylovirgula ligni,为进一步研究伴生细菌在冬虫夏草生长发育中所起的作用奠定了基础。

关键词: 冬虫夏草, 16S rRNA, V3区, DGGE, 细菌群落

Abstract: The bacterial community structure of eight wild Ophicordyceps sinensis were investigated using PCR-DGGE.DNA sequencing was proceeded to obtain dominant bacterial population information in different samples. The result of DGGE profile showed that all the samlples contained abundant bacterial community, different samples have some differences among the Shannon-winner index, Richess and evenness, significant differences were observed between samples from distinct locations. Flavihumibacter petaseus, Sphingomonas aestuarii, Geobacillus pallidus and Methylovirgula ligni were commonly detected in all samples, which laid a foundation for further studying on the roles of bacteria during the formation process of Ophicordyceps sinensis.

Key words: Ophicordyceps sinensis, 16S rRNA, V3, DGGE, Bacterial community

李辉, 刘洋, 白飞荣, 姚粟, 扎西·才吉, 程池. 野生冬虫夏草伴生细菌群落结构及多样性分析[J]. 生物技术通报, 2014, 0(10): 196-200.

Li Hui, Liu Yang, Bai Feirong, Yao Su, Zahi Nagi, Cheng Chi. Analysis of Bacterial Community Structure and Diversity in Wild Ophicordyceps sinensis[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(10): 196-200.

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