麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析

生物技术通报 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (9): 184-188.

麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析

陈亚冰¹,兰道亮²,林宝山¹,黄偲¹,黄勇¹,李键^1,2

1.西南民族大学生命科学与技术学院，成都 610041;
2.西南民族大学青藏高原研究院，成都 610041

收稿日期:2014-03-20 出版日期:2014-09-15 发布日期:2014-09-07
作者简介:陈亚冰，男，硕士研究生，研究方向：高原动物免疫分子机制；E-mail：cybxc923410296@126.com
基金资助:
西南民族大学研究生创新性项目（CX2014SZ75）

Cloning and Bioinformatics Analysis of TLR3 Gene in Maiwa Yak

Chen Yabing¹,Lan Daoliang²,Lin Baoshan¹,Huang Cai¹,Huang Yong¹, Li Jian^1,2

1. College of Life Science and Technology Southwest University for Nationalities，Chengdu 610041;
2. College of Tibetan Plateau Research，Southwest University for Nationalities，Chengdu 610041

Received:2014-03-20 Published:2014-09-15 Online:2014-09-07

摘要/Abstract

摘要： 利用分子克隆技术成功获得麦洼牦牛TLR3编码区基因序列，采用相关分析及预测软件对基因及其编码的蛋白质进行基本理化性质、二级结构及结构域等分析预测。结果表明该基因包含了1个2715bp的开放阅读框，编码904个氨基酸；所编码的蛋白质二级结构主要由α螺旋及无规则卷曲为主；TLR3基因进化树及基因同源性比对结果表明TLR3基因及其保守，牦牛TLR3基因与黄牛、绵羊和马等哺乳动物遗传距离很近。

关键词: 麦洼牦牛, TLR3基因, 克隆, 生物信息学分析

Abstract: The coding sequence of Maiwa yak（Bos grunnien）TLR3 was cloned in this research. Some characteristics of the TLR3 gene and encoded protein sequences were predicted and analyzed by the methods of bioinformatics in the following aspects, including the general physical and chemical properties, secondary structure and protein domain. Results showed that the coding region sequence of Maiwa yak TLR3 contains a complete open reading frame（2 715 bp）encoding 904 amino acids. The secondary structures of the protein are mainly composed of a-helix and random coli. The phylogenetic tree shows that the gene of Maiwa yak was so close to cattle, sheep and horse. Sequence alignment of TLR3 gene also showed highly homology in yak with other species.

Key words: Maiwa yak, TLR3 gene, Cloning, Bioinformatic analysis

陈亚冰,兰道亮,林宝山,黄偲,黄勇,李键. 麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析[J]. 生物技术通报, 2014, 0(9): 184-188.

Chen Yabing,Lan Daoliang,Lin Baoshan,Huang Cai,Huang Yong, Li Jian. Cloning and Bioinformatics Analysis of TLR3 Gene in Maiwa Yak[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(9): 184-188.

参考文献

［1］孙午, 熊莺, 傅颖媛. Toll 样受体的研究进展［J］. 实验与检验医学, 2008, 26（4）：413-416.
［2］于莉莉, 韩代书. Toll样受体（TLR）介导的天然免疫间的相互调节［J］. 中国组织化学与细胞化学杂志, 2013, 22（1）：79-84.
［3］Akira S, Takeda K, Kaisho T. Toll-like receptors：critical proteins linking innate and acquired immunity［J］. Nat Immunol, 2001, 2（8）：675-680.
［4］Anderson KV. Toll signaling pathways in the innate immune response［J］. Curr Opin Immunol, 2000, 12（1）：13-19.
［5］Takeda K, Kaisho T, Akira S. Toll-like receptors［J］. Annu Rev Immunol, 2003, 21：335-376.
［6］Alexopoulou L, Holt AC, Medzhitov R, et al. Recognition of double-stranded RNA and activation of NF-kappaB by Toll-like receptor 3［J］. Nature, 2001, 413（6857）：732-738.
［7］Matsumoto M, Kikkawa S, Kohase M, et al. Establishment of a monoclonal antibody against human Toll-like receptor 3 that blocks double-stranded RNA-mediated signaling［J］. Biochem Biophys Res Commun, 2002, 293（5）：1364-1369.
［8］Kawai T, Akira S. Pathogen recognition with Toll-like receptors［J］. Current Opinion in Immunology, 2005, 17（4）：338-344.
［9］Bell JK, Mullen GE, Leifer CA, et al. Leucine-rich repeats and pathogen recognition in Toll-like receptors［J］. Trends in Immunology, 2003, 24（10）：528-533.
［10］Means TK, Golenbock DT, Fenton MJ. Structure and function of Toll-like receptor proteins［J］. Life Sci, 2000, 68（3）：241-258.
［11］Kawai T, Akira S. The role of pattern-recognition receptors in innate immunity：update on Toll-like receptors［J］. Nat Immunol, 2010, 11（5）：373-384.
［12］冯丽萍, 梁小丽, 汪波, 等. TLR3在人胎盘滋养层细胞系Bewo中的抗乙型肝炎病毒感染作用［J］.中国药物与临床, 2009, 9（9）：796-798.
［13］Whitley RJ. Herpes simplex encephalitis：adolescents and adults［J］. Antiviral Res, 2006, 71（2-3）：141-148.
［14］Le Goffic R, Balloy V, Lagranderie M, et al. Detrimental contribution of the Toll-like receptor（TLR）3 to influenza A virus-induced acute pneumonia［J］. PLoS Pathog, 2006, 2（6）：526-535.
［15］李海涛, 翟春媛, 刘娣, 等. 猪TLR3基因变异位点分析［J］. 黑龙江畜牧兽医, 2011, 6：11-14.
［16］陈月禅.猪TLR3基因的SNPs功能分析［D］. 沈阳：东北农业大学, 2012.

[1]	吕秋谕, 孙培媛, 冉彬, 王佳蕊, 陈庆富, 李洪有. 苦荞转录因子基因FtbHLH3的克隆、亚细胞定位及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 194-203.
[2]	王佳蕊, 孙培媛, 柯瑾, 冉彬, 李洪有. 苦荞糖基转移酶基因FtUGT143的克隆及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 204-212.
[3]	孙明慧, 吴琼, 刘丹丹, 焦小雨, 王文杰. 茶树CsTMFs的克隆与表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(7): 151-159.
[4]	郭三保, 宋美玲, 李灵心, 尧子钊, 桂明明, 黄胜和. 斑地锦查尔酮合酶基因及启动子的克隆与分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(4): 148-156.
[5]	王艺清, 王涛, 韦朝领, 戴浩民, 曹士先, 孙威江, 曾雯. 茶树SMAS基因家族的鉴定及互作分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(4): 246-258.
[6]	杨俊钊, 张新蕊, 赵国柱, 郑菲. 新型GH5家族多结构域纤维素酶的结构与功能研究[J]. 生物技术通报, 2023, 39(4): 71-80.
[7]	刘思佳, 王浩楠, 付宇辰, 闫文欣, 胡增辉, 冷平生. ‘西伯利亚’百合LiCMK基因克隆及功能分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(3): 196-205.
[8]	平怀磊, 郭雪, 余潇, 宋静, 杜春, 王娟, 张怀璧. 滇牡丹PdANS的克隆、表达及与花青素含量的相关性[J]. 生物技术通报, 2023, 39(3): 206-217.
[9]	陈楚雯, 李洁, 赵瑞鹏, 刘媛, 吴锦波, 李志雄. 藏鸡GPX3基因的克隆、组织表达谱研究及功能预测[J]. 生物技术通报, 2023, 39(3): 311-320.
[10]	杨旭妍, 赵爽, 马天意, 白玉, 王玉书. 三个甘蓝WRKY基因的克隆及其对非生物胁迫的表达[J]. 生物技术通报, 2023, 39(11): 261-269.
[11]	侯瑞泽, 鲍悦, 陈启亮, 毛桂玲, 韦博霖, 侯雷平, 李梅兰. 普通白菜PRR5的克隆、表达及功能验证[J]. 生物技术通报, 2023, 39(10): 128-135.
[12]	杨敏, 龙雨青, 曾娟, 曾梅, 周新茹, 王玲, 付学森, 周日宝, 刘湘丹. 灰毡毛忍冬UGTPg17、UGTPg36基因克隆及功能研究[J]. 生物技术通报, 2023, 39(10): 256-267.
[13]	郭文博, 路杨, 隋丽, 赵宇, 邹晓威, 张正坤, 李启云. 球孢白僵菌真菌病毒BbPmV-4外壳蛋白多克隆抗体制备及应用[J]. 生物技术通报, 2023, 39(10): 58-67.
[14]	陈光, 李佳, 杜瑞英, 王旭. 水稻盐敏感突变体ss2的鉴定与基因功能分析[J]. 生物技术通报, 2022, 38(9): 158-166.
[15]	孙威, 张艳, 王聿晗, 徐僡, 徐小蓉, 鞠志刚. 马缨杜鹃Rd3GT1的克隆及对矮牵牛花色形成的影响[J]. 生物技术通报, 2022, 38(9): 198-206.