青杄均一化cDNA文库构建及EST序列分析

青杄均一化cDNA文库构建及EST序列分析

张盾;刘亚静;李长江;曹一博;张凌云;

北京林业大学森林培育与保护教育部重点实验室;

出版日期:2012-06-26 发布日期:2012-06-26
基金资助:
转基因生物新品种培育科技重大专项(2011ZX08009-003)

Published:2012-06-26 Online:2012-06-26

摘要/Abstract

摘要： 以青杄花粉和针叶为材料,将青杄全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了其非剪切型全长cDNA原始文库,利用基因组DNA饱和杂交技术对原始cDNA文库进行均一化处理,构建青杄的均一化全长cDNA文库。文库的总库容量为1.1×106CFU/mL,平均插入片段长度大于1.0 kb,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,青杄高丰度表达基因EF1-α在均一化cDNA文库中的表达量下降了约41倍。接着对文库中随机的5 144个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressedsequence tag)序列为5 144条,经拼接共获得单一基因(unigene)为2 717个,其中包括片段重叠群(contig)628个和单一EST序列(singlet)2 089个。NCBI同源比对分析表明,其中1 887个序列unigenes获得分子功能注释,这些EST涉及细胞生长、信号转导、转录、抗逆、能量代谢等功能。这些数据有助于对青杄的相关功能蛋白及分子机制开展进一步的研究。

关键词: 青杄, 均一化, cDNA文库, EST序列分析

张盾;刘亚静;李长江;曹一博;张凌云;. 青杄均一化cDNA文库构建及EST序列分析[J]. .

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