RACE法克隆亚麻COMT基因及生物信息学分析

生物技术通报 ›› 2013, Vol. 0 ›› Issue (12): 78-83.

RACE法克隆亚麻COMT基因及生物信息学分析

龙松华¹ 乔瑞清¹ 陈信波² 邱财生¹ 邓欣¹ 郭媛¹ 郝冬梅¹ 王玉富¹

1. 中国农业科学院麻类研究所，长沙 410205
2. 湖南农业大学作物基因工程湖南省重点实验室，长沙 410128

收稿日期:2013-06-05 出版日期:2013-12-20 发布日期:2013-12-20
作者简介:龙松华，男，硕士，研究方向：植物分子生物学；E-mail：longsonghua79452@163.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（31000745），国家麻类产业技术体系（CARS-19-E14）

RACE Cloning and Bioinformatics Analysis of Flax COMT Gene

Long Songhua¹, Qiao Ruiqing¹, Chen Xinbo², Qiu Caisheng¹, Deng Xin¹, Guo Yuan¹, Hao Dongmei¹, Wang Yufu¹

1. The Institute of Bast Fiber Crops，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Changsha 410205
2. Crop Gene Engineering Key Laboratory of Hunan Province，Hunan Agricultural University，Changsha 410128，

Received:2013-06-05 Published:2013-12-20 Online:2013-12-20

摘要/Abstract

摘要： 利用RACE 技术克隆得到亚麻木质素合成关键酶基因COMT基因的cDNA 全长序列，该基因cDNA 全长1 726 bp（GenBank 登录号为KC832865）。含有1 104 bp完整的开放阅读框，5'非编码区长423 bp，3'非编码区长199 bp。对序列进行生物信息学分析的结果：编码的蛋白由367个氨基酸组成（其中亮氨酸38个，丙氨酸32个和丝氨酸28个），相对分子量为40 kD，等电点pI为5.7；蛋白质二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主；构建系统进化树表明与赤桉（Eucalyptus camaldulensis）亲缘关系最近。

关键词: 亚麻, 木质素, COMT基因, RACE, 生物信息学分析

Abstract: Full length of gene of flax COMT was cloned using the method of RACE. The gene was 1726 bp in length, of which, the open reading frame was 1 104 bp, encoding 367 amino acid residues and having a molecular weight of 40 kD, with a 5' non-coding region of 423 bp and a 3' non-coding region of 199 bp. The gene was submitted to GenBank with a number of KC8328645. The coding protein was with pI of 5.7, in secondary structure of protein of which, random coil and α-helix were abundant category. Phylogenetic tree based on COMT genes submitted to GenBank of different plant showed that flax clustered together with Eucalyptus camaldulensis.

Key words: Flax, Lignin, COMT gene, RACE, Bioinformatics analysis

龙松华, 乔瑞清, 陈信波, 邱财生, 邓欣, 郭媛, 郝冬梅, 王玉富. RACE法克隆亚麻COMT基因及生物信息学分析[J]. 生物技术通报, 2013, 0(12): 78-83.

Long Songhua, Qiao Ruiqing, Chen Xinbo, Qiu Caisheng, Deng Xin, Guo Yuan, Hao Dongmei, Wang Yufu. RACE Cloning and Bioinformatics Analysis of Flax COMT Gene[J]. Biotechnology Bulletin, 2013, 0(12): 78-83.

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