人参euFUL基因的克隆与生物信息学分析

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.06.019

生物技术通报 ›› 2015, Vol. 31 ›› Issue (6): 122-128.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.06.019

人参euFUL基因的克隆与生物信息学分析

郭双双刘翠晶韩梅杨利民

吉林农业大学中药材学院吉林农业大学省部共建生态恢复与生态系统管理国家重点实验室，长春 130118

收稿日期:2014-10-26 出版日期:2015-06-19 发布日期:2015-06-20
作者简介:郭双双，男，硕士生研究生，研究方向：微生物及分子生物学；E-mail：1530811226@qq.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31270371，31200178)，国家科技支撑计划项目(2011BAI0301-02)，吉林省科技成果转化项目(20125068)

Cloning and Bioinformatics Analysis of euFUL Gene in Panax ginseng

Guo Shuangshuang, Liu Cuijing, Han Mei, Yang Limin

State Key Laboratory for Ecological Restoration and Ecosystem Management of JLP-MOST Collective Construct-KLUER，College of Herbal Medicine，Jilin Agricultural University，Changchun 130118

Received:2014-10-26 Published:2015-06-19 Online:2015-06-20

摘要/Abstract

摘要： 旨在研究人参(Panax ginseng C.A.Meyer)花的形成，根据GenBank数据库中基因片段设计特异引物，利用cDNA快速末端扩增方法(RACE)，克隆了人参花中一个5'端部分缺失euFUL(命名为PgFuL)的编码区序列。获得的PgFUL基因由867个核苷酸组成，编码212个氨基酸。生物信息学分析结果显示，PgFUL编码蛋白分子质量为24.64 kD，等电点pI5.80，不含信号肽，无跨膜区。二级结构中α-螺旋结构占60.19%、延伸链占5.21%、无规则卷曲占34.60%。序列比对和系统进化分析表明，PgFUL人参PgMADS protein3(BAK20018.1)的序列同源性为100%，与加拿大蝙蝠葛(AGX01589.1)相似度达95%，属于A功能基因中的euFUL进化系。

关键词: euFUL基因, 生物信息学分析, 基因克隆, 人参

Abstract: To study the flower development of Panax ginseng, designing specific primers according to gene fragments in the GenBank data, and the 5' end deletion coding sequence of a euFUL(named PgFUL)gene in ginseng flower was cloned by the rapid amplification of cDNA ends(RACE). PgFUL consists of 867 nucleotides, and encoding a protein of 212 amino acids. The bioinformatics analysis shows that PgFUL-encoding protein has isoelectric point(pI)of 5.80 and a calculated molecular weight about 24.64 kD without transmembrane region and signal peptide. In the secondary structure, the percentage of α-helix, extended strand and random coil are 60.19%, 5.21% and 34.60%, respectively. The homologous analysis by sequence alignment and phylogenetic indicates that PgFUL is in 100% similarity with ginseng PgMADS protein3(BAK20018.1)and 95% with Menispermum canadense(AGX01589.1), which belongs to evolutionary euFUL in functional gene A.

Key words: euFUL gene, bioinformatics analysis, gene cloning, Panax ginseng

郭双双, 刘翠晶, 韩梅, 杨利民. 人参euFUL基因的克隆与生物信息学分析[J]. 生物技术通报, 2015, 31(6): 122-128.

Guo Shuangshuang, Liu Cuijing, Han Mei, Yang Limin. Cloning and Bioinformatics Analysis of euFUL Gene in Panax ginseng[J]. Biotechnology Bulletin, 2015, 31(6): 122-128.

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Cloning and Bioinformatics Analysis of euFUL Gene in Panax ginseng

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