磁珠富集法分离刀鲚微卫星标记

生物技术通报 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (6): 145-149.

磁珠富集法分离刀鲚微卫星标记

邓平平, 施永海, 张根玉, 张之文, 张海明, 陆根海, 刘永士,

（上海市水产研究所，上海 200433）

收稿日期:2013-09-27 出版日期:2014-06-25 发布日期:2014-06-25
作者简介:邓平平，男，助理工程师，研究方向：水产养殖和育种工作；E-mail：kokou365@sohu.com
基金资助:
上海市科委重点科技公关项目（11391901300），科技部与上海市共同重大任务科研专项（12dz1909302）

Isolation of Microsatellite in C. ectenes by Magnetic Beads

Deng Pingping, Shi Yonghai, Zhang Genyu, Zhang Zhiwen, Zhang Haiming, Lu Genhai, Liu Yongshi

（Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai 200433）

Received:2013-09-27 Published:2014-06-25 Online:2014-06-25

摘要/Abstract

摘要： 利用磁珠富集法分离微卫星序列，以开发长江刀鲚微卫星分子标记。将长江刀鲚基因组DNA经限制内切酶Mse I酶切，回收400-1 000 bp片段，安装接头，构建长江刀鲚全基因组PCR文库。用生物素标记的微卫星探针（CA）₁₂与其杂交，磁珠富集含有微卫星序列的 DNA片段。将洗脱所得片段进行PCR扩增，然后进行克隆。经过菌落PCR检验后挑选出118个阳性克隆进行测序，其中97条含有微卫星序列。用设计合成59对微卫星引物对30尾养殖长江刀鲚进行引物的多态性筛选，得到9对多态性引物。

关键词: 刀鲚, 磁珠富集, 微卫星, 多态性

Abstract: It was a study to develop microsatellite markers with the method of microsatellite enrichment by magnetic beads. Genomic DNA of C. ectenes was digested with restriction enzyme Mse I. The fragments of 400-1 000 bp were recycled and ligated with relevant adaptors, then the “complete genome PCR library” was constructed. The PCR products were hybridized by a biotin-labeled Oligo probe（CA）₁₂, the microsatellites were enriched with magnetic beads. The eluted fragments from magnetic beads were amplified and cloned into pMD18-T vector. 118 positive clones were screened with PCR method from 170 clones. After sequenced, 97 microsatellite sequences were found, 59 pairs of SSR primers were designed, and 9 pairs of primers were polymorphism within 30 cultured Chang Jiang C. ectenes.

Key words: C. ectenes, Enrichment by magnetic beads, Microsatellite, Polymorphism

邓平平, 施永海, 张根玉, 张之文, 张海明, 陆根海, 刘永士,. 磁珠富集法分离刀鲚微卫星标记[J]. 生物技术通报, 2014, 0(6): 145-149.

Deng Pingping, Shi Yonghai, Zhang Genyu, Zhang Zhiwen, Zhang Haiming, Lu Genhai, Liu Yongshi. Isolation of Microsatellite in C. ectenes by Magnetic Beads[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(6): 145-149.

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