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盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析

轩春雷;肖向文;李晓波;祝建波;   

  1. 石河子大学生命科学学院;中国科学院新疆理化技术研究所;
  • 出版日期:2010-11-26 发布日期:2010-11-26
  • 基金资助:
    国家转基因重大专项(2008ZX005-004);; 国家“863”重点项目(2007AA021401)

  • Published:2010-11-26 Online:2010-11-26

摘要: ICE1基因编码一个MYB类型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子,在冷胁迫条件下调节CBF基因的表达,能够提高植物抗寒性。利用盐芥5′EST序列和拟南芥ICE13′UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了1个2525bp的基因xhICE。生物信息学分析,表明该基因具有4个外显子,4个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则。由此推导的cDNA包含一个1500bp的开放阅读框,编码500个氨基酸。与拟南芥ICE1相比,二者的内含子具有相同的类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源,并且具有相同的bHLH结构域。以上分析都表明,xhICE基因可能是盐芥ICE1基因,涉及抗寒相关的CBF转录调控途径。

关键词: 转录因子, 表达序列标签, 生物信息学, ICE1