荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析

荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析

乔翠;许崇波;张兴会;张文军;郭丹;张胜;高凤山;

大连大学生物工程学院生物化学和分子生物学实验室;辽宁省畜牧科学研究院;

出版日期:2012-09-26 发布日期:2012-09-26
基金资助:
国家自然科学基金项目(30972169);;

Published:2012-09-26 Online:2012-09-26

摘要/Abstract

摘要： 为研究荷包猪SLA-3基因特征,设计引物克隆了荷包猪SLA-3,经生物信息学软件分析其基因特征。结果显示,所克隆的荷包猪SLA-3基因(暂命名为SLA-3-HB02)碱基序列长度为1 417 bp,其中2-1 054为ORF区,共编码350个氨基酸,在其编码的氨基酸334-344处存在缺失。SLA-3-HB02与其他SLA-3、SLA-2及SLA-1等位基因群的氨基酸同源率分别为87.8%-98.6%、82.8%-87.8%和83.7%-90.0%。分子进化关系分析,SLA-3-HB02与美国的Hanford遗传距离较近;各功能区分析,SLA-3-HB02保留了HLA-A2等的部分功能基因位点,并与HLA-B15和H-2K1有一定的交叉识别位点。同源模建揭示SLA-3-HB02分子与HLA-A2及H-2K1 3D结构相似。

关键词: 荷包猪, SLA-3基因, 缺失型, 等位基因, 生物信息学

乔翠;许崇波;张兴会;张文军;郭丹;张胜;高凤山;. 荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析[J]. .

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