rRNA 在水产动物细菌性病原鉴定中的应用

生物技术通报 ›› 2013, Vol. 0 ›› Issue (4): 27-32.

rRNA 在水产动物细菌性病原鉴定中的应用

李莉¹, 谢旭阳², 曹延超², 闫丽娜³

1. 河南师范大学水产学院，新乡 453007 ；2. 河南师范大学生命科学学院，新乡 453007 ；3. 河南省水产技术推广站，郑州 450000

收稿日期:2012-11-26 修回日期:2013-04-22 出版日期:2013-04-22 发布日期:2013-04-22
作者简介:李莉，女，博士，副教授，研究方向：水产动物病害与免疫；E-mail ：lily-fish@163.com
基金资助:
河南省重点科技攻关项目（092102110030，122102110126），河南省教育厅项目（2011B240002）

Application of Ribosomal RNA Technique in Identification to Aquatic Animal’s Bacterial Pathogeny

Li Li¹, Xie Xuyang², Cao Yanchao², Yan Lina³

1. College of Fisheries，Henan Normal University，Xinxiang 453007 ；2. College of Life Science，Henan Normal University， Xinxiang 453007 ；3. Henan Fisheries Technoical Extension Station，Zhengzhou 450000

Received:2012-11-26 Revised:2013-04-22 Published:2013-04-22 Online:2013-04-22

摘要/Abstract

摘要： 细菌性疾病是水产养殖业最为常见且危害严重的一类疾病，病原菌的鉴定一直是人们关注的焦点。随着微生物核糖体RNA（rRNA）数据库的不断完善，rRNA 分析作为细菌分类的依据得到广泛认同，成为病原菌分类鉴定的常用工具。就rRNA 基因的特征、研究方法及在水产养殖病原菌检测中的应用作一概述，对应用中存在的问题进行分析。

关键词: rRNA, 基因, 水产养殖, 病原鉴定

Abstract: Bacterial disease is the most common disease which caused high mortality in aquaculture, people have pay more attention to the identification of pathogens. As the microbial ribosomal RNA（rRNA）database is getting more sophisticated, rRNA analysid has been widely recognized as the main basis for classification of bacteria, rRNA become a powerful tool for identification of pathogen. In this paper, we reviewed the character, research method and the application of rRNA gene in detection of aquatic anmiml’s pathogenic bacteria, and analysised the existing problems in the application.

Key words: rRNA, Gene, Aquaculture, Pathogenic bacterium identification

李莉, 谢旭阳, 曹延超, 闫丽娜. rRNA 在水产动物细菌性病原鉴定中的应用[J]. 生物技术通报, 2013, 0(4): 27-32.

Li Li, Xie Xuyang, Cao Yanchao, Yan Lina. Application of Ribosomal RNA Technique in Identification to Aquatic Animal’s Bacterial Pathogeny[J]. Biotechnology Bulletin, 2013, 0(4): 27-32.

参考文献

［1］相建海. 生物技术与海水养殖[J]. 中国水产, 2000, 10 ：37- 41.
［2］ Busseh J, Denner E, Lubrrz W. Classification and identification of bacteria ：current approaches to an old problem[J]. J Biotechno, 1996, 47 ：33-38.
［3］ Anthony RM, Brown TJ, French GL. Rapid diagnosis of bacteremia by universal amplificati on of 23S ribosomal DNA followed by hybridization to an oligonucleotide array[J]. J Clin Microbiol, 2000, 38（2）：781-788.
［4］ Hiroya I, Hitoshi I, Ikuo U, et al. A specific oligonucleotide probe based on 5S rRNA sequences for identification of Vibrio anguillarum and Vibrio ordalii[J]. Vet Microbiol, 1995, 43 ：167-176.
［5］洪义国, 孙谧, 张云波. 16S rRNA 在海洋微生物系统分子分类鉴定及分子检测中的应用[J]. 海洋水产研究, 2002, 23（1）: 58-63.
［6］耿毅, 汪开毓, 陈德芳, 等. 斑点叉尾鮰嗜麦芽寡养单胞菌的分离鉴定及系统发育分析[J]. 中国兽医学报, 2007, 27（3）: 330-335.
［7］甘西, 陈明, 余晓丽, 等. 罗非鱼海豚链球菌16S rRNA 基因的序列测定和系统进化分析[J]. 水产学报, 2007, 31（5）：618- 623.
［8］陆文浩, 王习达. 异育银鲫致病性鲍曼不动杆菌的鉴定和系统发育分析[J]. 中国兽医科学, 2009, 39（4）：303-309.
［9］谭晶晶, 陈昌福, 高宇, 等. 奥尼罗非鱼无乳链球菌的鉴定致病性及药物敏感性研究[J]. 华中农业大学学报, 2010, 29（6）: 745-751.
［10］任燕, 巩华, 陶家发, 等. 一株斑点叉尾鮰致病菌的分离鉴定[J]. 淡水渔业, 2011, 42（2）：73-77.
［11］ Al-Harbi AH.Molecular characterization of Streptococcus iniae isolated from hybrid tilapia（Oreochromis niloticus Oreochromisx aureus）[J]. Aquaculture, 2011, 312（1-4）：15-18.
［12］秦蕾, 张晓君, 毕可然. 一种新的异育银鲫病原腐败希瓦氏菌[J]. 微生物学报, 2012, 52（5）：558-565.
［13］余晓丽, 秦春香, 陈明, 等. 鲢鱼嗜水气单胞菌PCR 检测方法的建立[J]. 广西农业科学, 2008, 39（5）：681-684.
［14］ Bader JA, Shoemaker CA, Klesius PH. Rapid detection of columnaris disease in channel catfish（Ictalurus punctatus）with a new species-specific 16S rRNA gene-based PCR primer for Flavobacterium columnare[J]. Journal of Microbiological Methods, 2003, 52 ：209-220.
［15］ Darwish AM, Ismaiel AA, Newton JC. Identification of Flavobacterium columnare by a species-specific polymerase chain reaction and renaming of ATCC43622 strain to Flavobacterium johnsoniae[J].
Molecular and Cellular Probes, 2004, 18 ：421-427.
［16］ Panangala VS, Shoemaker CA, Santen VL, et al. Multiplex- PCR for simultaneous detection of 3 bacterial fish pathogens, Flavobacterium columnare, Edwardsiella ictaluri, and Aeromonas hydrophila[J]. Dis Aquat Org, 2007, 74 ：199-208.
［17］彭宣宪, 高华, 王三英, 等. 采用通用引物PCR 配合SSCP 和 RFLP 技术检测鱼病病原菌[J]. 水产学报, 2000, 24（4）: 345-348.
［18］ Arias CR, Welker TL, Shoemaker CA, et al. Genetic fingerprinting of Flavobacterium columnare isolates from cultured fish[J].
Journal of Applied Microbiology, 2004, 97 ：421-428.
［19］ Darwish AM, Ismaiel AA. Genetic diversity of Flavobacterium columnare examined by restriction fragment length polymorphism and sequencing of the 16S ribosomal RNA gene and the 16S-23S rDNA spacer[J]. Molecular and Cellular Probes, 2005, 19 ：267-274.
［20］ Borrell N, Acinas SG, Figueras MJ, et al. Identification of Aeromonas clinical isolates by restriction fragment length polymorphism of PCR-amplified 16S rRNA genes[J]. J Clin Microbiol, 1997, 35 : 1671-1674.
［21］ Lee C, Cho JC, Lee SH, et al. Distribution of Aeromonas spp. as identified by 16S rDNA restriction fragment length polymorphism analysis in a trout farm[J]. Journal of Applied Microbiology, 2002, 93 ：976-985.
［22］ Kaznowski A, Konecka E. Identification of Aeromonas culicicola by 16S rDNA RFLP [J]. Polish Journal of Microbiology, 2005, 54 （4）：335-338.
［23］ Ghatak S, Agarwal RK, Bhilegaonkar KN. Species identification of clinically important Aeromonas spp. by restriction fragment length polymorphism of 16S rDNA [J].Letters in Applied Microbiology, 2007, 44 ：550-554.
［24］ Nathalie LB, Herve P, Irene M, et al. 16S rRNA to 23S internal transcribed spacer sequence analyses reveal inter and interaspecific Bidobacterium phylogeny[J]. Int J Sys Bacteriol, 1996, 46（1）: 102-111.
［25］ Chun J, Huq A, Colwell RR. Analysis of 16S-23S rRNA intergenic spacer Regions of Vibrio cholerae and Vibrio mimicus[J].
Applied and Environmental Microbiology, 1999, 65（5）：2202- 2208.
［26］邓先余, 王智学, 孙成波, 等. 3 种水产病原弧菌的16S-23S rDNA 间区的克隆、测序与分析[J]. 海洋与湖沼, 2006, 37 （2）：162-170.
［27］ Hoffmann M, Brown EW, Feng PC. PCR-based method for targeting 16S-23S rRNA intergenic spacer regions among Vibrio species[J]. BMC Microbiology, 2010（10）：90-93.
［28］邓先余, 王智学, 叶巧真, 等. 一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila 的16S-23S rDNA 间区序列分析及应用[J]. 中山大学学报, 2004, 43（4）：74-78.
［29］ Panangala VS, Santen VL, Shoemaker CA, et al. Analysis of 16S- 23S intergenic spacer regions of the rRNA operons in Edwardsiella ictaluri and Edwardsiella tarda isolates from fish[J]. Journal of Applied Microbiology, 2005, 99 ：657-669.
［30］ Welker TL, Shoemaker CA, Arias CR, et al. Transmission and detection of Flavobacterium columnare in channel catfish Ictalurus punctatus [J]. Diseases of Aquatic Organisms, 2005, 63 ：129-138.
［31］毕可然, 顾伟, 王文, 等. 基于16S rRNA 和16S-23S rRNA 基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系[J]. 南京师大学报：自然科学版, 2011, 34（1）：96-101.
［32］ Zhang YF, Arias CR. Identification and characterization of an intervening sequence within the 23S ribosomal RNA genes of Edwardsiella ictalur[J]. Systematic and Applied Microbiology, 2007, 30 ：93-101.
［33］安然, 易图永, 肖启明, 等. gyr B 基因在细菌分类和检测中的应用[J]. 江西农业学报, 2010, 22（4）：18-20.

[1]	娄慧, 朱金成, 杨洋, 张薇. 抗、感品种棉花根系分泌物对尖孢镰刀菌生长及基因表达的影响[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 156-167.
[2]	刘玉玲, 王梦瑶, 孙琦, 马利花, 朱新霞. 启动子RD29A对转雪莲SikCDPK1基因烟草抗逆性的影响[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 168-175.
[3]	王腾辉, 葛雯冬, 罗雅方, 范震宇, 王玉书. 基于极端混合池（BSA）全基因组重测序的羽衣甘蓝白色叶基因定位[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 176-182.
[4]	王贵芳, 姚元涛, 许海峰, 相昆, 梁家慧, 张淑辉, 王文茹, 张明娟, 张美勇, 陈新. 核桃JrSnRK1α1.1调控种子油脂合成与积累[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 183-191.
[5]	杨志晓, 侯骞, 刘国权, 卢志刚, 曹毅, 芶剑渝, 王轶, 林英超. 不同抗性烟草品系Rubisco及其活化酶对赤星病胁迫的响应[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 202-212.
[6]	薛宁, 王瑾, 李世新, 刘叶, 程海娇, 张玥, 毛雨丰, 王猛. 多基因同步调控结合高通量筛选构建高产L-苯丙氨酸的谷氨酸棒杆菌工程菌株[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 268-280.
[7]	李雪琪, 张素杰, 于曼, 黄金光, 周焕斌. 基于CRISPR/CasX介导的水稻基因组编辑技术的建立[J]. 生物技术通报, 2023, 39(9): 40-48.
[8]	陈小玲, 廖东庆, 黄尚飞, 陈英, 芦志龙, 陈东. 利用CRISPR/Cas9系统改造酿酒酵母的研究进展[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 148-158.
[9]	吕秋谕, 孙培媛, 冉彬, 王佳蕊, 陈庆富, 李洪有. 苦荞转录因子基因FtbHLH3的克隆、亚细胞定位及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 194-203.
[10]	王佳蕊, 孙培媛, 柯瑾, 冉彬, 李洪有. 苦荞糖基转移酶基因FtUGT143的克隆及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 204-212.
[11]	付钰, 贾瑞瑞, 何荷, 王良桂, 杨秀莲. 两种砧木楸树嫁接苗生长差异及转录组比较分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 251-261.
[12]	方澜, 黎妍妍, 江健伟, 成胜, 孙正祥, 周燚. 盘龙参内生真菌胞内细菌7-2H的分离鉴定和促生特性研究[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 272-282.
[13]	饶紫环, 谢志雄. 一株Olivibacter jilunii 纤维素降解菌株的分离鉴定与降解能力分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 283-290.
[14]	郭少华, 毛会丽, 刘征权, 付美媛, 赵平原, 马文博, 李旭东, 关建义. 一株鱼源致病性嗜水气单胞菌XDMG的全基因组测序及比较基因组分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 291-306.
[15]	石佳鑫, 刘凯, 朱金洁, 祁显涛, 谢传晓, 刘昌林. 基因编辑技术改良玉米株型增加杂交种产量[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 62-69.