决明查尔酮合成酶全长基因序列的克隆与分析

生物技术通报 ›› 2013, Vol. 0 ›› Issue (5): 99-104.

决明查尔酮合成酶全长基因序列的克隆与分析

钟德馨, 方袁梦梦, 郭壮浩, 安红强, 董银松, 丁若凡, 王万军, 廖海, 周嘉裕

(西南交通大学生命科学与工程学院，成都 610031)

收稿日期:2012-11-19 修回日期:2013-05-24 出版日期:2013-05-24 发布日期:2013-05-24
作者简介:钟德馨，男，研究方向：生物信息学； E-mail：fymm2010@126.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31271302)，教育部中央高校基本科研业务费专项资金(SWJTU11CX114)，西南交通大学“希望之星”，国家级大学生创新创业训练计划项目(201210613050)

Cloning and Sequence Analysis of Chalone Synthase Gene from Cassia tora

Zhong Dexin, Fang Yuanmengmeng, Guo Zhuanghao, An Hongqiang, Dong Yinsong, Ding Ruofan ,Wang Wanjun, Liao Hai, Zhou Jiayu

(College of Life Science and Engineering，Southwest Jiaotong University，Chengdu 610031)

Received:2012-11-19 Revised:2013-05-24 Published:2013-05-24 Online:2013-05-24
About author:周嘉裕，女，博士，副教授，研究方向：植物资源及生物技术； E-mail：spinezhou@yahoo.cn

摘要/Abstract

摘要： 从决明(Cassia tora)的新鲜子叶中提取基因组DNA作为模板，利用一对特异引物进行PCR扩增，然后克隆测序得到决明查尔酮合成酶(CHS)的基因全长。测序结果表明，决明CHS基因全长为1 766 bp，含有2个外显子和1个内含子。将其提交GenBank，登录号为(JX676773)。决明CHS基因的内含子位于188-765 bp之间，长度为578 bp，内含子的剪切符合GU-AG规律，含有多个酶切位点和顺式调控元件，可能与决明CHS基因的表达调控有关。CHS基因内含子具有多态性，可能是由不同植物存在多样性的生活史与生活环境导致的。决明CHS基因外显子2较为保守，编码几乎所有CHS的功能位点。构建外显子2编码氨基酸序列的NJ系统发育进化树，能够正确反映不同植物的亲缘关系，可用于不同植物的遗传分化和分子进化研究。

关键词: 决明, 查尔酮合成酶, 内含子, 基因克隆, 序列分析

Abstract: The chalcone synthase (CHS) gene was cloned from the fresh cotyledons of Cassia tora, using genomic DNA as a template and a pair of specific primers for PCR amplification. The sequencing results showed that the Cassia tora CHS gene is 1 766 bp, containing two exons and one intron. The CHS gene of Cassia tora was submitted to GenBank with an accession number of (JX676773). The intron is located between 188-765 bp, in line with the GU-AG rule, and contained multiple enzyme digestion sites and cis-regulatory elements which may be involved in expression regulation. The intron of CHS gene had polymorphism, which may be led by the diversity of life history and living environment of different plants. The exon 2 of Cassia tora CHS was more conservative, encoding almost all functional sites of CHS. The NJ phylogenetic evolutionary tree of the amino acid sequence encoded by exon 2, accurately reflect the genetic relationship of the different plants, which can be used in different plant genetic differentiation and molecular evolution research.

Key words: Cassia tora , Chalcone synthase Intron , Gene cloning , Sequence analysis

钟德馨, 方袁梦梦, 郭壮浩, 安红强, 董银松, 丁若凡, 王万军, 廖海, 周嘉裕. 决明查尔酮合成酶全长基因序列的克隆与分析[J]. 生物技术通报, 2013, 0(5): 99-104.

Zhong Dexin, Fang Yuanmengmeng, Guo Zhuanghao, An Hongqiang, Dong Yinsong, Ding Ruofan ,Wang Wanjun, Liao Hai, Zhou Jiayu. Cloning and Sequence Analysis of Chalone Synthase Gene from Cassia tora[J]. Biotechnology Bulletin, 2013, 0(5): 99-104.

[1]	吕秋谕, 孙培媛, 冉彬, 王佳蕊, 陈庆富, 李洪有. 苦荞转录因子基因FtbHLH3的克隆、亚细胞定位及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 194-203.
[2]	王佳蕊, 孙培媛, 柯瑾, 冉彬, 李洪有. 苦荞糖基转移酶基因FtUGT143的克隆及表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 204-212.
[3]	饶紫环, 谢志雄. 一株Olivibacter jilunii 纤维素降解菌株的分离鉴定与降解能力分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(8): 283-290.
[4]	孙明慧, 吴琼, 刘丹丹, 焦小雨, 王文杰. 茶树CsTMFs的克隆与表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(7): 151-159.
[5]	潘国强, 吴思源, 刘璐, 郭惠明, 程红梅, 苏晓峰. 大丽轮枝菌（Verticillim dahliae）突变体库的构建与分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(5): 112-119.
[6]	刘思佳, 王浩楠, 付宇辰, 闫文欣, 胡增辉, 冷平生. ‘西伯利亚’百合LiCMK基因克隆及功能分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(3): 196-205.
[7]	杨旭妍, 赵爽, 马天意, 白玉, 王玉书. 三个甘蓝WRKY基因的克隆及其对非生物胁迫的表达[J]. 生物技术通报, 2023, 39(11): 261-269.
[8]	尤垂淮, 谢津津, 张婷, 崔天真, 孙欣路, 臧守建, 武奕凝, 孙梦瑶, 阙友雄, 苏亚春. 钩吻脂氧合酶基因 GeLOX1 的鉴定及低温胁迫表达分析[J]. 生物技术通报, 2023, 39(11): 318-327.
[9]	侯瑞泽, 鲍悦, 陈启亮, 毛桂玲, 韦博霖, 侯雷平, 李梅兰. 普通白菜PRR5的克隆、表达及功能验证[J]. 生物技术通报, 2023, 39(10): 128-135.
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[12]	王楠, 张瑞, 潘阳阳, 何翃宏, 王靖雷, 崔燕, 余四九. 牦牛TGF-β1基因克隆及在雌性生殖系统主要器官中的表达定位[J]. 生物技术通报, 2022, 38(6): 279-290.
[13]	李洋, 张晓天, 朴静子, 周如军, 李自博, 关海雯. 花生疮痂病菌蓝光受体EaWC 1基因克隆及生物信息学分析[J]. 生物技术通报, 2022, 38(5): 93-99.
[14]	胡琪, 侯玉翔, 李璿, 李梅兰. 普通白菜CYP79B2同源基因的克隆与表达[J]. 生物技术通报, 2022, 38(12): 168-174.
[15]	甘诚燕, 张心慧, 王沙, 樊瑶羽薇, 招雪晴, 苑兆和. 石榴花发育相关基因PgSPL2的克隆及功能研究[J]. 生物技术通报, 2022, 38(12): 194-203.