牦牛CAPN3基因的克隆及组织表达特异性

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.01.025

生物技术通报 ›› 2016, Vol. 32 ›› Issue (1): 149-155.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.01.025

牦牛CAPN3基因的克隆及组织表达特异性

王英杰^{1, 2}, 阎萍^{1, 2}, 潘和平², 吴晓云^{1, 2}, 李明霞²

1.西北民族大学生命科学与工程学院, 兰州 730030;
2.中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所甘肃省牦牛繁育工程重点实验室, 兰州 730050

收稿日期:2015-04-14 出版日期:2016-01-09 发布日期:2016-01-22
作者简介:王英杰, 女, 硕士研究生, 研究方向：分子育种;E-mail：1124063095@qq.com
基金资助:
西北民族大学研究生科研创新项目(ycx14165), 国家科技支撑计划项目(2012BAD13B05)

Cloning and Tissue-specific Expression of CAPN3 Gene in Yak

WANG Ying-jie^{1, 2}, YAN Ping^{1, 2}, PAN He-ping², WU Xiao-yun^{1, 2}, LI Ming-xia²

1. College of Life Science and Engineering, Northwest University for Nationalities, Lanzhou 730030;
2. Key Laboratory of Yak Breeding Engineering of Gansu Province, Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050

Received:2015-04-14 Published:2016-01-09 Online:2016-01-22

摘要/Abstract

摘要： 以牦牛背最长肌为材料, 采用RT-PCR法克隆了CAPN3基因的CDs区, 并对其进行生物信息学分析。结果表明, 牦牛CAPN3基因的CDs区长2 469 bp, 编码822个氨基酸残基;生物信息学分析显示, 其编码的蛋白属于非分泌表面蛋白, 含有35个磷酸化位点, 主要在细胞质和细胞核中发挥生物学作用。二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲、伸展链和β-转角组成, 具有CysPc、calpain-Ⅲ和EFh家族蛋白结构域, 无信号肽。牦牛CAPN3基因与黄牛、绵羊和猪在系统发育树上的距离最近。运用实时荧光定量分析CAPN3在不同组织中的表达量, CAPN3基因在牦牛的7种组织中均有表达, 但在背最长肌、胰脏中的表达量较高。

关键词: 牦牛, CAPN3基因, 克隆, 生物信息学分析, 表达模式

Abstract: Using the longissimus of yak(Bos grunniens)back as material, the CDs sequence of yak CAPN3 gene was cloned by RT-PCR, and it was analyzed by bioinformatics. The results indicated that the length of CDs in yak CAPN3 gene was 2 469 bp and encoding 822 amino acid residues. Bioinformatics analysis showed that the protein encoded by CAPN3 was the non-secretory surface protein, containing 35 phosphorylation site, and mainly played a biological role in the cytoplasm and nuclei. The secondary structure was mainly composed of α-helices, random coil, extended chain and β-turn, having the structure domains of CysPc, calpain-Ⅲ and EFh families and no signal peptide. The CAPN3 of yak was the most similar with those of Bos taurus, Ovis aries and Sus scrofa in phylogenetic tree. Real-time PCR analysis revealed the expressions of CAPN3 in varied tissues. There were expressions in all 7 tissues, and they were high in the muscle and pancreas.

Key words: Bos grunniens, CAPN3 gene, cloning, bioinformatics, expression pattern

王英杰, 阎萍, 潘和平, 吴晓云, 李明霞. 牦牛CAPN3基因的克隆及组织表达特异性[J]. 生物技术通报, 2016, 32(1): 149-155.

WANG Ying-jie, YAN Ping, PAN He-ping, WU Xiao-yun, LI Ming-xia. Cloning and Tissue-specific Expression of CAPN3 Gene in Yak[J]. Biotechnology Bulletin, 2016, 32(1): 149-155.

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Cloning and Tissue-specific Expression of CAPN3 Gene in Yak

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