黄秋葵果实转录组测序及分析

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017-0765

生物技术通报 ›› 2018, Vol. 34 ›› Issue (3): 121-127.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017-0765

黄秋葵果实转录组测序及分析

李和平, 姚运法, 练冬梅, 赖正锋, 洪建基

福建省农业科学院亚热带农业研究所，漳州 363005

收稿日期:2017-09-13 出版日期:2018-03-20 发布日期:2018-04-10
作者简介:李和平，男，助理研究员，研究方向植物生理学及分子生物学；E-mailhepingli_1982@126.com
基金资助:
福建省公益类科技院所专项（2015R1013-7），福建省公益类科技院所专项（2015R1013-8），福建省农业科学院科技创新团队PI项目（2016PI-1）

Transcriptome Sequencing and Analysis of Okra Fruit

LI He-ping, YAO Yun-fa, LIAN Dong-mei, LAI Zheng-feng, HONG Jian-ji

Subtropical Agriculture Research Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences，Zhangzhou 363005

Received:2017-09-13 Published:2018-03-20 Online:2018-04-10

摘要/Abstract

摘要： 为了研究黄秋葵果实转录组中功能基因的表达情况，采用RNA-Seq技术对3份黄秋葵果实进行测序分析。结果显示，3份测序材料组装后共获得了77 476个Unigene序列，有61 891个Unigene在4大数据库中得到注释，占79.88%；以KEGG代谢途径数据库为依据，可将13 336个黄秋葵果实的Unigene分成128个代谢途径；在黄秋葵果实转录组中发现3 830个SSR（Simple Sequence Repeats）位点，分布在3 569条Unigenes中，发生频率为4.61％。

关键词: 黄秋葵, 果实, RNA-Seq技术, SSR标记

Abstract: In order to study the expressions of functional genes in the transcriptome of okra fruit，RNA-Seq technology was used to sequence 3 samples of okra fruit. Sequencing results showed that three samples received a total of 77 476 Unigene sequences after assembly，and there were annotations in 4 databases for 61 891 Unigene sequences，accounted for 79.88%. Based on KEGG metabolic pathway database，13 336 Unigene sequences of okra fruit may be classified into 128 metabolic pathways. And 3830 SSR（Simple Sequence Repeats）loci were discovered in okra fruit transcriptome，distributed in 3569 Unigenes，accounting for 4.61% of the transcriptome sequences.

Key words: Abelmoschus esculentus, fruit, RNA-Seq technology, SSR marker

李和平, 姚运法, 练冬梅, 赖正锋, 洪建基. 黄秋葵果实转录组测序及分析[J]. 生物技术通报, 2018, 34(3): 121-127.

LI He-ping, YAO Yun-fa, LIAN Dong-mei, LAI Zheng-feng, HONG Jian-ji. Transcriptome Sequencing and Analysis of Okra Fruit[J]. Biotechnology Bulletin, 2018, 34(3): 121-127.

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Transcriptome Sequencing and Analysis of Okra Fruit

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