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猪基质Gla蛋白基因序列多态及生物信息学分析

李敬瑞;向程举;刘章忠;张义玲;刘若余;   

  1. 贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室;毕节地区畜牧技术推广站;
  • 出版日期:2011-08-26 发布日期:2011-08-26
  • 基金资助:
    贵州省农业科技攻关项目[黔科合NY字(2009)3073]

  • Published:2011-08-26 Online:2011-08-26

摘要: 选择具有明显品种差异的3个猪品种(可乐猪、白香猪和大约克)构建品种DNA池,采用PCR产物直接测序法研究公猪MGP基因5′侧翼调控区、外显子1共1 112 bp范围内可能与精液品质相关的序列多态性,快速筛查到两个SNPs(C-849T、C-895T)。进一步利用生物信息学分析MGP基因5′侧翼调控序列。预测出评分为95分以上的转录因子结合位点有31个,发现了CpG岛。C-849T和C-895T的变异则使白香猪比可乐猪和大约克多出了两个HSF可能的结合位点(85.9分)。1个TATA可能的结合位点(91.4分),1个cdxA可能的结合位点(92.9分)。研究结果为进一步研究MGP转录效率以及对猪精液品质的影响奠定基础。

关键词: DNA池, SNPs, MGP基因, 5′调控区, 生物信息学