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摄食不同饵料草鱼肠道菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分子鉴定

郁二蒙;毕香梅;谢骏;王广军;余德光;龚望宝;王海英;李志斐;   

  1. 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室;广东溢多利生物科技股份有限公司;
  • 出版日期:2012-09-26 发布日期:2012-09-26
  • 基金资助:
    现代农业产业体系建设专项项目(nycytx-49);;

  • Published:2012-09-26 Online:2012-09-26

摘要: 采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对摄食不同饵料(非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组)的草鱼肠道内容物细菌分析建立指纹图谱,并对主要优势条带进行了切胶克隆和测序。PCR-DGGE指纹图谱初步分析发现,非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组分别产生了19条、16条和15条可以鉴别的条带,且均有2-3条优势菌条带;非膨化饲料组样品和蚕豆组样品的DGGE指纹图谱的相似性系数为53.6%,非膨化饲料组菌群和膨化饲料组的相似性为39.4%。对PCR-DGGE指纹图谱主要条带进一步回收、克隆和测序,结果共得到25条序列,将所得到的序列在NCBI数据库中同源性分析,发现草鱼肠道内容物细菌群落主要为弧菌科、肠杆菌科和气单胞菌属细菌,其中包括14条不可培养细菌。

关键词: 草鱼, 饵料, 肠道细菌, PCR-DGGE