应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2014.12.012

生物技术通报 ›› 2014, Vol. 0 ›› Issue (12): 73-77.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2014.12.012

应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性

冯学珍 ,伍善广, 陆苑

广西科技大学，柳州 545006

收稿日期:2014-05-21 出版日期:2014-12-08 发布日期:2014-12-12
作者简介:冯学珍，女，硕士，讲师，研究方向:海洋生物活性物质的研究与开发;E-mail:fengxuezhenbest@163.com
基金资助:
广西壮族自治区教育厅级课题 (2013LX180)，广西高等学校特色专业及课程一体化建设项目(药学 GXTSZY286)

Preliminary Application of PCR-DGGE to Analyzing Microbial Diversity of Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma

Feng Xuezhen, Wu Shanguang, Lu Yuan

(Guangxi University of Science and Technology, Liuzhou 545006)

Received:2014-05-21 Published:2014-12-08 Online:2014-12-12

摘要/Abstract

摘要： 应用变性凝胶梯度电泳(PCR-DGGE)技术对石莼、网地藻藻际微生物多样性进行研究，并对其进行相似性、未加权聚类分析(UPGMA)及微生物多样性(Shannon)指数分析。结果表明，PCR-DGGE 图谱显示，石莼、网地藻藻际微生物 DGGE 图谱有着明显的差异性，具体表现在条带数及密度值的不同。Quantity one 图谱分析表明：石莼藻际微生物 16S rRNA 基因的 V3 区共分离得到25条 DNA片段，网地藻为16条DNA片段。 DGGE 相似性及未加权聚类分析表明：网地藻藻际微生物间的相似性为 77.78%，石莼藻际微生物细菌群落间的相似性为49.25%。Shannon 指数分析表明，石莼藻际微生物多样性指数显著高于网地藻(P<0.05)。石莼藻际微生物细菌群落较网地藻丰富。

关键词: 变形凝胶梯度电泳(PCR-DGGE), 石莼, 网地藻, 藻际微生物, 微生物多样性

Abstract: To study the microbial diversity of Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma. As a new DNA fingerprinting technique, denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE)can be used to analyze the microbial diversity in different environmental samples. Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma will be studied with respect to microbial diversity by applying cultivation-independent molecular methods DGGE. The results showed, the profile of DGGE showed that Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma had different bands. The structural diversity of the microbial community was examined by the Shannon index of general diversity H. Quantity one analysis showed that, V3 region of 16S rRNA gene was isolated from 25 DNA fragments of Ulva lactuca L. and 16 of Dictyota dichotoma. DGGE similarity and UPGMA analysis showed that ：the similarity of Ulva lactuca L. was higher than the Dictyota dichotoma(P<0.05).. Shannon indexes of two kinds of algae all showed Ulva lactuca L. were significantly higher than the Dictyota dichotoma(P<0.05). The algae microbial diversity of Ulva lactuca L. was richer than Dictyota dichotoma.

Key words: PCR-DGGE Ulva lactuca L., Dictyota dichotoma, Algae microorganisms, Microbial diversity

冯学珍 ,伍善广, 陆苑. 应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性[J]. 生物技术通报, 2014, 0(12): 73-77.

Feng Xuezhen, Wu Shanguang, Lu Yuan. Preliminary Application of PCR-DGGE to Analyzing Microbial Diversity of Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(12): 73-77.

参考文献

[1] Bell W, Mitchell R. Chemotactic and growth responses of marine bacteria to algal extracellular products[J]. Biol Bull, 1972, 143(2)： 265-277.
[2] Gonzalez JM, Simo R, Massana R, et al. Bacterial community structure associated with a dimethylsulfoniopropionate-producing north Atlantic algal bloom[J]. Appl Environ Microb, 2000, 66(10)： 4237-4246.
[3] Cassmalta DA, Wickstrom CE. Senditivity of two disjunct bacterioplankon communities to exudates from the cyanobacterium Microcystis aeruginosa kutzing[J]. Microb Ecol, 2000, 40(1)： 64-73.
[4] 赵旺, 姜敬哲, 王江勇, 等. 杂色鲍幼体附着基藻际细菌群落的 PCR-DGGE 分析[J]. 中国水产科学, 2013, 20(6)：1225-1233.
[5] 王新, 周立红, 郑天凌, 等. 塔玛亚历山大藻藻际细菌溶藻过程.[J]. 生态学报, 2007, 20(7)：2864-2871.
[6] 韩玲, 张淑平, 刘晓慧. 海藻生物活性物质应用研究进展[J]. 化工进展, 2012, 31(8)：1794-1795.
[7] 曾洋洋, 韩章润, 杨玫婷. 海洋糖类药物研究进展[J]. 中国海洋药物, 2013, 32(2)：67-73.
[8] Muyzer G, Dewaal EC, Uitterlinden AG. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction amplified genes coding for 16S rRNA[J]. Appl Environ Microbio, 1993, 59(3)：695-700.
[9] 郭飞宏, 郑正, 张继彪. PCR-DGGE 技术分析塔式蚯蚓生态滤池微生物群落结构[J]. 中国环境科学 2011, 31(4)：597-602.
[10] 胡亮. 植被群落多样性分析指标研究[D]. 广州: 中山大学, 2006.
[11] 鲍磊, 陈纪新, 黄邦钦. 应用变性梯度凝胶电泳研究厦门西海域超微型真核浮游生物多样性[J]. 海洋环境科学, 2007, 7: 504-509.
[12] 冯学珍, 陈颖, 伍善广. 石莼多糖的单糖组成成分分析[J]. 食品工业科技, 2014, 35(7)：91-94.
[13] 冯学珍, 伍善广, 陆苑. 柱前衍生 HPLC 法分析网地藻多糖的单糖组成[J]. 食品科技, 2014(5)：256-259.
[14] Ferrier M, Martin JL, Rooney-Varga JN. Stimulation of Alexandrium flindyense growth by bacterial assemblages from the Bay of Fundy [J]. J Appl Microbiol, 2002, 92(4)：706-716.

[1]	颜珲璘, 芦光新, 邓晔, 顾松松, 颜程良, 马坤, 赵阳安, 张海娟, 王英成, 周学丽, 窦声云. 高寒地区根瘤菌拌种对禾/豆混播土壤微生物群落的影响[J]. 生物技术通报, 2022, 38(10): 204-215.
[2]	辛亚芬, 陈晨, 曾泰儒, 杜昭昌, 倪浩然, 钟怡豪, 谭小平, 闫艳红. 青贮添加剂对微生物多样性影响的研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(9): 24-30.
[3]	王婷, 杨阳, 李金萍, 杜坤. 转基因作物对土壤微生物群落影响的研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(9): 255-265.
[4]	张颖超, 尹守亮, 王一炜, 王学凯, 杨富裕. 木本饲料青贮研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(9): 48-57.
[5]	姜富贵, 成海建, 魏晨, 张召坤, 苏文政, 时光, 宋恩亮. 糖蜜添加量对杂交构树青贮发酵品质和微生物多样性的影响[J]. 生物技术通报, 2021, 37(9): 68-76.
[6]	迪力热巴·阿不都肉苏力, 穆耶赛尔·奥斯曼, 祖力胡玛尔·肉孜, 马勤, 雷瑞峰, 安登第. 盐碱土壤微生物多样性与生物改良研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(10): 225-233.
[7]	黄婷, 方源, 冯舟, 沈和, 聂勇, 郑鑫, 汪家权, 许子牧. 高通量测序技术解析中学校园细菌群落的特征组成[J]. 生物技术通报, 2020, 36(8): 96-103.
[8]	谢宪, 梁军, 张铭, 胡瑞瑞, 程元, 张星耀. 赤松枯梢病叶内生真菌多样性研究[J]. 生物技术通报, 2020, 36(2): 119-125.
[9]	康捷, 章淑艳, 韩韬, 孙志梅. 麻山药不同生长时期根际土壤微生物多样性及群落结构特征[J]. 生物技术通报, 2019, 35(9): 99-106.
[10]	张卓, 刘茂炎, 王培, 黄文坤, 刘二明, 彭焕, 彭德良. 抗草甘膦转基因大豆AG5601对根际微生物群落功能多样性的影响[J]. 生物技术通报, 2019, 35(7): 17-24.
[11]	康捷,章淑艳,韩韬,孙志梅,罗同阳. 两种麻山药典型病害根际土壤微生物多样性的研究[J]. 生物技术通报, 2017, 33(7): 107-113.
[12]	黄艳花, 杨锐, 孙庆海. 温度对裂片石莼生长及叶绿素荧光特性的影响[J]. 生物技术通报, 2016, 32(7): 99-105.
[13]	高秀芝,易欣欣,刘慧,王晓东,崔宗均. 东北传统豆酱发酵过程中微生物的多样性[J]. 生物技术通报, 2016, 32(4): 251-255.
[14]	吴燕燕, 钱茜茜, 李来好 , 杨贤庆, 马海霞. 鱼类腌制品加工过程微生物群落多样性研究进展[J]. 生物技术通报, 2015, 31(7): 40-44.
[15]	赵洁 ,马晨 ,席晓敏, 张和平. 实时荧光定量PCR技术在肠道微生物领域中的研究进展[J]. 生物技术通报, 2014, 0(12): 61-66.

应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性

Preliminary Application of PCR-DGGE to Analyzing Microbial Diversity of Ulva lactuca L. and Dictyota dichotoma

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价