拟穴青蟹β-肌动蛋白基因的克隆、组织表达及作为内参的可靠性分析

生物技术通报 ›› 2013, Vol. 0 ›› Issue (8): 105-112.

拟穴青蟹β-肌动蛋白基因的克隆、组织表达及作为内参的可靠性分析

徐真^{1, 2}, 马洪雨¹, 马春艳¹, 冯娜娜^{1, 2}, 李新苍¹, 李淑娟^{1, 2}, 蒋伟^{1, 2}, 马凌波¹

（1. 中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室，上海 200090；2. 上海海洋大学水产与生命学院，上海 201306）

收稿日期:2013-02-23 修回日期:2013-08-11 出版日期:2013-08-11 发布日期:2013-09-02
作者简介: 徐真, 女, 硕士研究生, 研究方向: 水产基因组学与生物技术; E-mail: xuzhen2358@163.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（31001106）, 上海市科委“科技创新行动计划”基础研究重点项目（10JC1418600）, 中央级公益性科研院所基本科研业务费面上项目（2011M05）

Cloning and Tissue Expression of β-actin in the Mud Crab（Scylla paramamosain） and Its Utility as an Endogenous Control

Xu Zhen^{1, 2}, Ma Hongyu¹, Ma Chunyan¹, Feng Nana^{1, 2}, Li Xincang¹, Li Shujuan^{1, 2}, Jiang Wei^{1, 2}, Ma Lingbo¹

（1. Key Laboratory of East China Sea and Oceanic Fishery Resources Exploitation，Ministry of Agriculture，East China Sea Fisheries Research Institute，Chinese Academy of Fishery Sciences，Shanghai 200090；2. College of Fisheries and Life Science，Shanghai Ocean University，Shanghai 201306）

Received:2013-02-23 Revised:2013-08-11 Published:2013-08-11 Online:2013-09-02

摘要/Abstract

摘要： 采用RT-PCR和RACE技术，从拟穴青蟹肌肉组织中鉴定出β-actin基因的cDNA全序列。序列分析结果表明，拟穴青蟹β-actin基因全长1 434 bp，包括完整的开放阅读框1 131 bp、5'端非翻译区60 bp及3'端非翻译区243 bp。该基因编码376个氨基酸，蛋白分子量为41.79 kD，等电点为5.205。同源性比较表明，该基因与其它物种具有高度的氨基酸保守性。聚类分析表明，拟穴青蟹与百慕大陆蟹的亲缘关系最近。荧光定量PCR分析表明，β-actin基因在拟穴青蟹血液、心脏、肝胰腺、胃、鳃、肌肉、精巢、结缔组织组织中均有表达，在肌肉组织中的表达量最高，在胃、精巢、血液、肝胰腺、心脏、鳃组织中的表达量依次降低，在结缔组织中的表达量最低。由于该基因在拟穴青蟹不同组织中的表达量存在明显的差异，因此不适用于作为内参基因使用。

关键词: 拟穴青蟹, β-肌动蛋白基因, 基因克隆, 组织表达, 内参

Abstract: β-actin gene is a member of the actin family，mainly involved in maintaining cell structure，movement and physical activity in cell division, and plays an important role in quantitative genetic experiments. In this study, RT-PCR and RACE techniques were used to amplify the cDNA full-length of β-actin in the mud crab(Scylla paramamosain). Sequence analysis showed that the full cDNA of β-actin gene was 1 434 bp long, including a 1 131 bp open reading frame（ORF）, a 83 bp 5' untranslated region（5' UTR）and a 243 bp 3' untranslated region（3' UTR）. The ORF encoded 376 amino acids residues with a predicted molecular mass and PI of approximately 41.79 kD and 5.205, respectively. Multiple alignment with homologous amino acid residues was performed and it indicated a high similarity among the 18 species. Scylla paramamosain was more closely related to Gecarcinus lateralis than any other species according to the neighbor joining（NJ）phylogenetic tree. Real-time PCR results indicated that β-actin gene expressed in all eight different tissues including blood, heart, liver, stomach, gill, muscle, testis and connective tissue, with the highest expression in muscle and lowest expression in connective tissue. Owing to the significant differences of RNA expression among these tissues, this gene is not suitable used as an endogenous control.

Key words: Scylla paramamosain, β-actin gene, Gene cloning, Tissue expression, Endogenous control

徐真, 马洪雨, 马春艳, 冯娜娜, 李新苍, 李淑娟, 蒋伟, 马凌波. 拟穴青蟹β-肌动蛋白基因的克隆、组织表达及作为内参的可靠性分析[J]. 生物技术通报, 2013, 0(8): 105-112.

Xu Zhen, Ma Hongyu, Ma Chunyan, Feng Nana, Li Xincang, Li Shujuan, Jiang Wei, Ma Lingbo. Cloning and Tissue Expression of β-actin in the Mud Crab（Scylla paramamosain） and Its Utility as an Endogenous Control[J]. Biotechnology Bulletin, 2013, 0(8): 105-112.

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