南美白对虾肠道微生物宏基因组提取方法的比较

生物技术通报 ›› 2013, Vol. 0 ›› Issue (12): 119-122.

南美白对虾肠道微生物宏基因组提取方法的比较

徐德峰¹ 李彩虹² 孙力军¹ 王雅玲¹ 叶日英¹

1. 广东省水产品加工与安全重点实验室广东海洋大学食品科技学院，湛江 524088
2. 广东医学院生物化学与分子生物学教研室，东莞 523808

收稿日期:2013-06-28 出版日期:2013-12-20 发布日期:2013-12-20
作者简介:徐德峰，男，博士，讲师，研究方向：水产食品质量与安全控制；E-mail：13827198525@163.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（31201309，31171634），十二五国家支撑计划项目（2012BAD29B06），湛江市科技计划项目（2011D02）

Comparative Analysis of Extraction Method in Genome DNA from Intestinal Microflora of Penaeus vannamei

Xu Defeng¹, Li Caihong², Sun Lijun¹, Wang Yaling¹, Ye Riying¹

1. Guangdong Provincial Key Laboratory of Aquatic Products Processing and Safety，College of Food Science and Technology of Guangdong Ocean University，Zhanjiang 524088
2. Institute of Biochemistry and Molecular Biology of Guangdong Medical College，Dongguan 523808

Received:2013-06-28 Published:2013-12-20 Online:2013-12-20

摘要/Abstract

摘要：

为获得高质量南美白对虾肠道微生物宏基因组模板，采用传统CTAB法、试剂盒和仪器法提取南美白对虾（Penaeus Vanmamei，P. vannamei）肠道微生物宏基因组，通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法和V3区16S rDNA扩增检测所得基因组的完整性、得率、纯度和目的片段质量。结果表明3种方法提取得到的DNA结构均较完整，但得率和纯度差别较大，传统CTAB法提取的DNA得率和纯度均试剂盒和仪器法高，试剂盒和仪器法受糖和盐类污染较高，3种方法提取的宏基因组均可特异扩增出V3区保守片段。综合比较得知传统CTAB法提取P. Vanmamei肠道微生物基因组在完整性、得率和纯度方面优于其他两种方法，可为后续分子生物学分析提供良好基因组模板。

关键词: 南美白对虾, 肠道微生物, 宏基因组提取

Abstract:

In order to obtain the high quality total genomic DNA template from Penaeus vannamei intestinal microbiota，the DNA extraction methods consisted of traditional CTAB，bio-kit，and apparatus were compared with in terms of integrity，yield，purity and target fragment quality by agarose gel electrophoresis and spectrophotometry detection. The results showed that total genome DNA could be well extracted with any of the three methods. The yield and purity，however，were significantly different. The traditional CTAB extraction had better performance than kit and apparatus methods，of which high pollution of carbohydrates and salts was observed，but 16S rDNA fragment in the conserved region of V3 could be specifically amplified with any method. The conclusion can be drawn that CTAB can satisfy the follow-up molecular biology experiments by offering high quality genome DNA template in integrity，yield，and purity.

Key words: P. vannamei, Intestinal microflora, Genomic, DNA extraction

徐德峰, 李彩虹, 孙力军, 王雅玲, 叶日英. 南美白对虾肠道微生物宏基因组提取方法的比较[J]. 生物技术通报, 2013, 0(12): 119-122.

Xu Defeng, Li Caihong, Sun Lijun, Wang Yaling, Ye Riying. Comparative Analysis of Extraction Method in Genome DNA from Intestinal Microflora of Penaeus vannamei[J]. Biotechnology Bulletin, 2013, 0(12): 119-122.

参考文献

[1] Drumonde-Neves J, Vieira E, Lima MT, et al. An easy, quick and cheap high-throughput method for yeast DNA extraction from microwell plates[J]. Journal of Microbiological Methods, 2013, 93：206-208.
[2] Claassen S, du Toit E, Kaba M, et al. A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples[J]. Journal of Microbiological Methods, 2013, 94：103-110.
[3] 刘淮德, 刘梅, 王宝杰, 等. 中国明对虾（Fenneropenaeus chine-nsis ）肠道微生物区系组成的分子分析[J]. 饲料工业, 2010, 31（4）：55-57.
[4] 严雪平. 凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨[D]. 青岛：中国科学院海洋研究所, 2011：32-35.
[5] 刘淮德, 王雷, 王宝杰, 等. 应用PCR-DGGE 分析南美白对虾肠道微生物多样性[J]. 饲料工业, 2008, 29（20）：55-58.
[6] Zhou J, Bruns M, Tiedje J. DNA recovery from soils of diverse composition[J]. Applied and Environmental Microbiology, 1996, 62（2）：316-319.
[7] 魏斐, 杨丽荣, 吴坤, 等. 不同方法提取土壤、活性污泥中总DNA的比较研究[J]. 河南农业科学, 2012, 41（5）：74-77.
[8] 金敏, 赵祖国, 王景峰, 等. 活性污泥宏基因组芯片DNA的制备方法[J]. 应用与环境生物学报, 2009, 15（2）：245-249.
[9] 王亭芳, 金风杰, 马士禹, 等. DGGE技术对南美白对虾养殖水体中微生物多样性的研究[J]. 生物技术通报, 2012（10）：131-136.
[10] 郭海勇, 于超, 郭伟生, 等. 小鼠胚胎胃肠道细菌基因组DNA提取方法比较[J]. 生物技术, 2011, 21（4）：37-40.
[11] Dong B, Yi J, Dai LL, et al. Evaluation of several DNA extraction methods for obtaining total community DNA from anaerobic digestion sludge[J]. Procedia Environmental Sciences, 2013, 18：856-863.

[1]	邱小宇, 刘作华, 齐仁立. 无菌猪和普通猪早期脂肪发育及脂肪组织基因转录表达的差异[J]. 生物技术通报, 2021, 37(5): 56-66.
[2]	谢果珍, 唐圆, 吴仪, 黄莉莉, 谭周进. 七味白术散总苷对菌群失调腹泻小鼠肠道微生物及酶活性的影响[J]. 生物技术通报, 2021, 37(12): 124-131.
[3]	陈斯谦, 吴边, 柳陈坚, 李晓然. 肠道微生物对疫苗免疫效果影响的研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(12): 220-226.
[4]	黄小丹, 陈梦雨, 黄文洁, 张名位, 晏石娟. 基于代谢组学的植物多酚及其肠道健康效应研究进展[J]. 生物技术通报, 2021, 37(1): 123-136.
[5]	赵旭, 徐群, 侯彦茹, 李明宇, 张雅宁, 汪海. ANGPTL4在肠道微生物影响动物脂肪代谢中的作用[J]. 生物技术通报, 2020, 36(6): 230-235.
[6]	王晶, 戴东, 武书庚, 张海军, 齐广海. 鸡肠道微生物演替与早期定植的研究进展[J]. 生物技术通报, 2020, 36(2): 1-8.
[7]	黄海敏, 蓝秀万, 吴耀生. 肠道微生物与性激素相关疾病研究进展[J]. 生物技术通报, 2020, 36(2): 77-82.
[8]	刘淑君, 陈苗, 王凤忠, 包郁明, 辛凤姣, 温博婷. 谷氨酸（钠）对人体肠道菌群影响的体外发酵研究[J]. 生物技术通报, 2020, 36(12): 104-112.
[9]	杜若曦, 郭明璋, 谢子鑫, 贺晓云, 黄昆仑, 许文涛. 合成生物学在改善肠道健康状态中的应用与展望[J]. 生物技术通报, 2018, 34(1): 49-59.
[10]	李东萍, 郭明璋, 许文涛. 16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展[J]. 生物技术通报, 2015, 31(2): 71-77.
[11]	张振华,鲍王波,余冉,王长永,刘燕. 鹌鹑肠道微生物PCR-DGGE方法的优化[J]. 生物技术通报, 2015, 31(1): 73-78.
[12]	贾欣, 徐诗涵 ,梁志宏, 黄昆仑. 赭曲霉毒素A的微生物脱毒研究进展[J]. 生物技术通报, 2014, 0(12): 18-23.
[13]	徐晓宇;陈敬华;刘和;. 人类微生物组测序与比较研究[J]. , 2011, 0(10): 66-71.
[14]	许友卿;辛文伦;陈晓汉;陈秀荔;丁兆坤;. 南美白对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒抗性相关基因的微卫星标记研究[J]. , 2011, 0(04): 56-59.
[15]	赵圣国;王加启;刘开朗;李旦;于萍;. 动物胃肠道微生物元基因组学研究进展[J]. , 2009, 0(09): 18-22.