三角帆蚌微卫星多重PCR体系的建立及其应用

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.01.026

生物技术通报 ›› 2016, Vol. 32 ›› Issue (1): 156-162.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.01.026

三角帆蚌微卫星多重PCR体系的建立及其应用

殷浩^{1, 2}, 白志毅^{1, 2}, 韩学凯^{1, 2}, 李家乐^{1, 2}

1. 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海 201306;
2. 上海市水产养殖工程技术研究中心, 上海 201306

收稿日期:2015-05-22 出版日期:2016-01-09 发布日期:2016-01-22
作者简介:殷浩, 男, 硕士, 研究方向：种质资源与遗传育种;E-mail：yinhao0222@163.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31272657), 国家科技支撑计划课题(2012BAD26B04), 水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心(ZF1206)

The Development and Application of Multiplex PCR Panels of Microsatellites in Hyriopsis cumingii

YIN Hao^{1, 2}, BAI Zhi-yi^{1, 2}, HAN Xue-kai^{1, 2}, LI Jia-le^{1, 2}

1. Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources of Ministry of Agriculture Shanghai Ocean University, Shanghai 201306;
2. Shanghai Engineering Research Center of Aquaculture, Shanghai 201306

Received:2015-05-22 Published:2016-01-09 Online:2016-01-22

摘要/Abstract

摘要： 为了提高三角帆蚌微卫星分析效率, 从已开发的微卫星标记中构建了三组四重PCR, 并将稳定的多重PCR体系用于56个三角帆蚌紫色选育系的遗传多样性研究。结果表明该群体的平均等位基因数18.75, 平均有效等位基因数为9.010, 平均多态信息含量为0.857, 平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.809和0.876, 香农多样性指数为2.422。运用Cervus v3.0 软件对3个三角帆蚌全同胞家系共114个个体进行亲子鉴定, 结果显示, 使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100%。该三角帆蚌微卫星多重PCR应用于三角帆蚌群体遗传多样性分析、亲子鉴定和家系管理等, 可提高工作效率, 降低实验成本。

关键词: 三角帆蚌, 微卫星, 多重PCR, 遗传多样性, 亲子鉴定

Abstract: In order to increase the analysis efficiency of microsatellite in Hyriopsis cumingii, 3 groups of 4 multiplex PCRs panels were established from the developed microsatellite labels. The stable multiplex PCR panels were used to analyze the genetic diversities of 56 purple breeding lines of H. cumingii. The results showed that the average number of alleles(A)was 18.75, the effective number of alleles(An)was 9.010, the average of polymorphism information content(PIC)was 0.857, the average observed heterozygosity(Ho)and expected heterozygosity(He)were 0.809 and 0.876, respectively, and Shannon information index(I)was 2.422. The Cervus v3.0 software was used to have parentage assignment for 114 individuals in 3 full-sib families, and the results revealed that accuracy of parentage assignment by this 3 groups of multiplex PCR panels was 100%. Therefore, this multiplex panels can be applied in genetic diversity studies of H. cumingii population, parentage assignment and family management with increased detection efficiency and reduced test cost.

Key words: Hyriopsis cumingii, microsatellites, multiplex PCR, genetic diversity, parentage assignment

殷浩, 白志毅, 韩学凯, 李家乐. 三角帆蚌微卫星多重PCR体系的建立及其应用[J]. 生物技术通报, 2016, 32(1): 156-162.

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