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新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位

仇旭升;孟春春;于洋;陈鸿军;于圣青;丁铲;   

  1. 中国农业科学院上海兽医研究所;扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室;
  • 出版日期:2011-01-26 发布日期:2011-01-26
  • 基金资助:
    国家自然科学基金重点项目(30630048);; 2010年中央公益性研究院所基础业务专项经费项目(2010JB24)

  • Published:2011-01-26 Online:2011-01-26

摘要: NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析。分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class Ⅰ NDV毒株P基因的引物。RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列。通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列,并进行二级结构预测和三级结构模拟。将SV5 V蛋白空间结构作为模板,从而分析获得了NDVP/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构。综合各种分析数据,预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50 aa内;介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221-290 aa范围内;介导P蛋白与基因组的作用的X结构域位于291-392 aa范围内。V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132-239 aa编码区域内。

关键词: 新城疫病毒, P蛋白, V蛋白, 生物信息学, 功能结构域