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迟钝爱德华氏菌RNA提取及痕量基因组DNA去除方法探究

王克平;叶江;张惠展;   

  1. 华东理工大学生物工程学院生物反应器工程国家重点实验室;
  • 出版日期:2012-06-26 发布日期:2012-06-26
  • 基金资助:
    生物反应器工程国家重点实验室重点项目配套子课题(2060204)

  • Published:2012-06-26 Online:2012-06-26

摘要: 迟钝爱德华氏菌EIB202是一类细胞壁结构特殊的革兰氏阴性菌,高质量RNA提取相对较难。为了从转录组水平研究这类致病菌的致病机理,需要摸索有效的RNA提取及RNA样品中痕量基因组DNA去除方法。对常规RNA提取步骤进行改进,增加PBS清洗、反复冻融及较高浓度溶菌酶处理等步骤;另外,利用小体系基因组DNA去除系统,Mg2+与Mn2+协同激活DNase I去除RNA样品中基因组DNA污染。利用优化方法提取的RNA在质量及浓度(1 740 ng/μL)方面均有了显著改善,并建立了一套完全去除RNA样品中痕量基因组DNA污染的程序。

关键词: 迟钝爱德华氏菌, RNA, 基因组DNA, DNaseI RT-PCR