山药Actin基因片段的克隆及表达分析

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.07.011

生物技术通报 ›› 2016, Vol. 32 ›› Issue (7): 73-80.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.07.011

山药Actin基因片段的克隆及表达分析

龚明霞^{1, 2, 3}, 周芸伊¹, 王爱勤¹, 罗海玲^{1, 2}, 何龙飞¹

1. 广西大学农学院,南宁 530004；
2. 广西农科院作物遗传改良生物技术重点实验室,南宁 530007；
3. 广西农科院蔬菜研究所,南宁 530007

收稿日期:2016-02-19 出版日期:2016-07-25 发布日期:2016-07-25
作者简介:龚明霞,女,博士研究生,研究方向：植物生理与分子生物学;E-mail：ff9903@126.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（30760126）,公益性行业（农业）科研专项（200903022）

Cloning and Expression Analysis of Actin Gene Fragment from Dioscorea opposite

GONG Ming-xia^{1, 2, 3}, ZHOU Yun-yi¹, WANG Ai-qin¹, LUO Hai-ling^{1, 2, 3}, HE Long-fei¹

1. College of Agronomy,Guangxi University,Nanning 530004;
2. Guangxi Key Laboratory of Crop Genetic Improvement and biotechnology,Guangxi Academy of Agricultural Sciences,Nanning 530007;
3. Vegetable Research Institute,Guangxi Academy of Agricultural Sciences,Nanning 530007

Received:2016-02-19 Published:2016-07-25 Online:2016-07-25

摘要/Abstract

摘要： 通过山药Actin基因的克隆和表达分析,为研究山药生长发育中肌动蛋白的作用及其他基因的表达和调控奠定基础。根据GenBank中已经公布的其他植物肌动蛋白基因（Actin）的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR技术从山药块茎中分离出1个Actin基因cDNA片段,命名为DoActin。片段长度为1 091 bp,编码357个氨基酸,并提交GenBank（登录号：KU669295）。与NCBI核酸和蛋白质数据库序列比对,该序列与其他植物Actin基因核苷酸序列的同源性均在83%以上,氨基酸序列的同源性均在97%以上。进化分析结果显示,DoActin与海枣Actin-2、木本棉Actin-7的亲缘关系最近。实时定量PCR结果显示,DoActin在山药叶片、地上茎和地下块茎以及不同发育期的块茎和叶片中表达量相对稳定,表明其适宜作为山药的内参基因。

关键词: 山药, Actin基因, 克隆, 表达分析, 序列分析

Abstract: The cloning and expression analysis of Actin gene fragment from Dioscorea opposite was studied in order to provide the foundation for studying its function and other genes expression and regulation in yam growth and development. A pair of degenerate primers were designed based on the conserved sequences of the published Actin genes of other plants in GenBank. The cDNA fragment of 1 Actin gene was isolated from yam tuber by RT-PCR and designated as DoActin. It’s length was 1 091 bp encoding a protein with 357 amino acids residues,and was deposited in GenBank（Accession number：KU669295）. Homologous alignment according to the nucleotide and protein databases showed that it shared over 83% nucleotide sequence similarity and over 97% amino acid sequence similarity withActins in other plants. The phylogenetic tree reconstructed on the base of amino acid sequences suggested that the DoActin had the nearest relationship with Phoenix dactylifera Actin-2 and Gossypium arboreum Actin-7. RT-PCR results revealed that the expression levels ofDoActin in different organs such as leaf,aboveground stem and underground tuber,as well as tubers and leaves in different developmental periods were relatively stable,indicating that DoActin can be used as an appropriate reference gene for D. opposite.

Key words: Dioscorea opposite, Actin gene, cloning, expression analysis, sequence analysis

龚明霞, 周芸伊, 王爱勤, 罗海玲, 何龙飞. 山药Actin基因片段的克隆及表达分析[J]. 生物技术通报, 2016, 32(7): 73-80.

GONG Ming-xia, ZHOU Yun-yi, WANG Ai-qin, LUO Hai-ling, HE Long-fei. Cloning and Expression Analysis of Actin Gene Fragment from Dioscorea opposite[J]. Biotechnology Bulletin, 2016, 32(7): 73-80.

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