Genetic Diversity Analysis and Molecular Identity Establishment of Clausena lansium Germplasm Resources from Guangdong Province Based on SSR Markers

doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0349

Abstract

Abstract:

This work aims to reveal the genetic diversity and relationship among Guangdong wampee germplasms, and provide reference for the effective protection and efficient utilization of wampee germplasm resources. The wampee germplasms from Guangdong province were examined using 12 pairs of SSR primers to determine their genetic diversity. UPGMA was utilized for cluster analysis, while numerical and letter codes were assigned to create molecular identity cards. The results showed that the 12 pairs of primers generated a total of 43 alleles（Na）, with an average of 3.583 alleles per locus in the 84 analyzed materials. The expected heterozygosity（He）ranged from 0.294 to 0.665, with a mean of 0.524. The polymorphism information content（PIC）ranged from 0. 291 to 0.642, with a mean of 0.484. The Shannon information index（I）ranged from 0.567 to 1.096, with a mean of 0.913. The 84 germplasms were divided into six groups based on UPGMA clustering, and molecular identity was established for each examined germplasm resource. Guangdong wampee germplasm resources have high genetic diversity, while their clustering was not strictly conducted by their geographical origins. Based on the SSR genotyping, a digital and letter-based coding method was used to construct the molecular identity card for wampee resources.

Key words: wampee, germplasm resources, SSR, genetic diversity, molecular ID

LU Yu-sheng, PENG Cheng, CHANG Xiao-xiao, QIU Ji-shui, CHEN Zhe, CHEN Hui-qiong. Genetic Diversity Analysis and Molecular Identity Establishment of Clausena lansium Germplasm Resources from Guangdong Province Based on SSR Markers[J]. Biotechnology Bulletin, 2023, 39(12): 187-199.

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References 36

[1]	陆育生, 林志雄, 邱继水, 等. 黄皮种质资源果实性状多样性分析及其数量分类研究[J]. 园艺学报, 2016, 43(10): 1903-1905. doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0176; http://www.ahs.ac.cn
	Lu YS, Lin ZX, Qiu JS, et al. Fruit character diversity analysis and numerical taxonomy of wampee(Clausena lansium)germplasm resources[J]. Acta Hortic Sin, 2016, 43(10): 1903-1905.
[2]	Lim TK. Clausena lansium[M]// Edible Medicinal and Non-Medicinal Plants. Dordrecht: Springer Netherlands, 2012: 871-883.
[3]	张瑞明, 万树青, 赵冬香. 黄皮的化学成分及生物活性研究进展[J]. 天然产物研究与开发, 2012, 24(1): 118-123.
	Zhang RM, Wan SQ, Zhao DX. Advances in chemical constituents and biological activities of Clausena lansium[J]. Nat Prod Res Dev, 2012, 24(1): 118-123.
[4]	Fu L, Xu BT, Xu XR, et al. Antioxidant capacities and total phenolic contents of 62 fruits[J]. Food Chem, 2011, 129(2): 345-350. doi: S0308-8146(11)00645-5 pmid: 30634236
[5]	Prasad KN, Xie HH, Hao J, et al. Antioxidant and anticancer activities of 8-hydroxypsoralen isolated from wampee[Clausena lansium(Lour.) Skeels]peel[J]. Food Chem, 2010, 118(1): 62-66. doi: 10.1016/j.foodchem.2009.04.073 URL
[6]	Zeng XB, Zhou X, Cui L, et al. The fruits of wampee inhibit H₂O₂-induced apoptosis in PC12 cells via the NF-κB pathway and regulation of cellular redox status[J]. Molecules, 2014, 19(6): 7368-7387. doi: 10.3390/molecules19067368 pmid: 24905606
[7]	张枭, 杜潇, 孙馨宇, 等. 利用SSR标记构建部分山楂资源的基因身份证[J]. 沈阳农业大学学报, 2021, 52(2): 153-159.
	Zhang X, Du X, Sun XY, et al. Construction of molecular identity for partial crataegus resources based on SSR markers[J]. J Shenyang Agric Univ, 2021, 52(2): 153-159.
[8]	Powell W, Machray GC, Provan J. Polymorphism revealed by simple sequence repeats[J]. Trends Plant Sci, 1996, 1(7): 215-222. doi: 10.1016/1360-1385(96)86898-1 URL
[9]	尹跃, 赵建华, 安巍, 等. 利用SSR标记构建枸杞品种分子身份证[J]. 生物技术通报, 2018, 34(9): 195-201. doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2018-0155
	Yin Y, Zhao JH, An W, et al. establishment of molecular identity for wolfberry cultivars based on SSR markers[J]. Biotechnol Bull, 2018, 34(9): 195-201. doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2018-0155
[10]	郭艳春, 张力岚, 陈思远, 等. 黄麻应用核心种质的DNA分子身份证构建[J]. 作物学报, 2021, 47(1): 80-93. doi: 10.3724/SP.J.1006.2021.04022
	Guo YC, Zhang LL, Chen SY, et al. Establishment of DNA molecular fingerprint of applied core germplasm in jute(Corchorus spp.)[J]. Acta Agron Sin, 2021, 47(1): 80-93. doi: 10.3724/SP.J.1006.2021.04022 URL
[11]	滕海涛, 吕波, 赵久然, 等. 利用DNA指纹图谱辅助植物新品种保护的可能性[J]. 生物技术通报, 2009(1): 1-6.
	Teng HT, Lü B, Zhao JR, et al. DNA fingerprint profile involved in plant variety protection practice[J]. Biotechnol Bull, 2009(1):1-6.
[12]	Moriya S, Iwanami H, Okada K, et al. A practical method for apple cultivar identification and parent-offspring analysis using simple sequence repeat markers[J]. Euphytica, 2011, 177(1): 135-150. doi: 10.1007/s10681-010-0295-8 URL
[13]	刘遵春, 刘大亮, 崔美, 等. 整合农艺性状和分子标记数据构建新疆野苹果核心种质[J]. 园艺学报, 2012, 39(6): 1045-1054.
	Liu ZC, Liu DL, Cui M, et al. Combining agronomic traits and molecular marker data for constructing Malus sieversii core collection[J]. Acta Hortic Sin, 2012, 39(6): 1045-1054.
[14]	高源, 王大江, 王昆, 等. 基于荧光SSR分析中国原产苹果属植物17个种的遗传多样性和遗传结构[J]. 果树学报, 2020, 37(11): 1611-1622.
	Gao Y, Wang DJ, Wang K, et al. Genetic diversity and population structure of 17 species of Malus Mill.-tive to china based on fluorescent SSR analysis[J]. J fruit Sci, 2020, 37(11): 1611-1622.
[15]	曹玉芬, 刘凤之, 高源, 等. 梨栽培品种SSR鉴定及遗传多样性[J]. 园艺学报, 2007, 34(2): 305-310.
	Cao YF, Liu FZ, Gao Y, et al. SSR analysis of genetic diversity of pear cultivars[J]. Acta Hortic Sin, 2007, 34(2): 305-310.
[16]	Wu J, Li LT, Li M, et al. High-density genetic linkage map construction and identification of fruit-related QTLs in pear using SNP and SSR markers[J]. J Exp Bot, 2014, 65(20): 5771-5781. doi: 10.1093/jxb/eru311 pmid: 25129128
[17]	岳晓燕, 黄新忠, 宗宇, 等. 福建省梨地方品种的遗传多样性研究[J]. 园艺学报, 2015, 42(1): 119-130. doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0583
	Yue XY, Huang XZ, Zong Y, et al. Genetic diversity of cultivated pears from Fujian province revealed by cpDNA haplotypes and nuclear microsatellites[J]. Acta Hortic Sin, 2015, 42(1): 119-130.
[18]	鲁振华, 沈志军, 牛良, 等. 122份栽培桃品种(系)黄白肉性状的分子标记辅助鉴定[J]. 中国农业科学, 2020, 53(14): 2929-2940. doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.14.016
	Lu ZH, Shen ZJ, Niu L, et al. Molecular marker-assisted identification of yellow/white flesh trait for 122 peach cultivars(lines)[J]. Sci Agric Sin, 2020, 53(14): 2929-2940.
[19]	王淋, 敖敦, 包文泉, 等. 基于SSR分子标记的桃品种鉴别及指纹图谱构建[J]. 中南林业科技大学学报, 2021, 41(6): 131-138.
	Wang L, Ao D, Bao WQ, et al. Research on the identification of main peach varieties and construction of fingerprint based on SSR markers[J]. J Central South Univ For Technol, 2021, 41(6): 131-138.
[20]	王璐伟, 沈志军, 李贺欢, 等. 基于SSR荧光标记的79份桃种质遗传多样性分析[J]. 中国农业科学, 2022, 55(15): 3002-3017. doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2022.15.011
	Wang LW, Shen ZJ, Li HH, et al. Analysis of genetic diversity of 79 cultivars based on SSR fluorescence markers for peach[J]. Sci Agric Sin, 2022, 55(15): 3002-3017. doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2022.15.011
[21]	左力辉, 韩志校, 梁海永, 等. 不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析[J]. 园艺学报, 2015, 42(1): 111-118. doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0679
	Zuo LH, Han ZX, Liang HY, et al. Analysis of genetic diversity of Prunus salicina from different producing areas by SSR markers[J]. Acta Hortic Sin, 2015, 42(1): 111-118. doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0679
[22]	张馨方, 张树航, 李颖, 等. 利用SSR标记构建板栗初级核心种质[J]. 中国农业大学学报, 2021, 26(12): 89-101.
	Zhang XF, Zhang SH, Li Y, et al. Construction of primary core collection of Castanea mollisssima BI. using SSR molecular markers[J]. J China Agric Univ, 2021, 26(12): 89-101.
[23]	李益, 马先锋, 唐浩, 等. 柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建[J]. 中国农业科学, 2018, 51(15): 2969-2979. doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.15.012
	Li Y, Ma XF, Tang H, et al. SSR markers screening for identification of citrus cultivar and construction of DNA fingerprinting library[J]. Sci Agric Sin, 2018, 51(15): 2969-2979.
[24]	王慧玲, 闫爱玲, 孙磊, 等. 13个中国葡萄优新品种的分子身份证构建[J]. 生物技术通报, 2016, 32(4): 137-142.
	Wang HL, Yan AL, Sun L, et al. Molecular ID establishment of 13 chinese newly-developed grape cultivars[J]. Biotechnol Bull, 2016, 32(4): 137-142. doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.04.018
[25]	王衍莉, 杨义明, 范书田, 等. 基于SSR分子标记的73份山葡萄及杂交后代的遗传多样性分析[J]. 生物技术通报, 2021, 37(1): 189-197. doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-0416
	Wang YL, Yang YM, Fan ST, et al. Genetic diversity analysis of 73 Vitis amurensis and its hybrids offsprings based on SSR molecular markers[J]. Biotechnol Bull, 2021, 37(1): 189-197. doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-0416
[26]	李冬波, 徐宁, 秦献泉, 等. 广西原产和引种荔枝种质资源的遗传多样性分析及核心种质构建[J]. 南方农业学报, 2020, 51(7): 1537-1544.
	Li DB, Xu N, Qin XQ, et al. Genetic diversity and construction of core collections of litchi(Litchi chinensis Sonn.) germplasm originated and introduced in Guangxi[J]. J South Agric, 2020, 51(7): 1537-1544.
[27]	胡文斌, 洪青梅, 李婧, 等. 火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析[J]. 热带作物学报, 2021, 42(5): 1310-1317.
	Hu WB, Hong QM, Li J, et al. Genetic diversity analysis and SSR fingerprint construction of pitaya cultivars[J]. Chin J Trop Crops, 2021, 42(5): 1310-1317.
[28]	陆育生, 陈喆, 常晓晓, 等. 黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(1): 149-158. doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0342
	Lu YS, Chen Z, Chang XX, et al. Excavation and usablility analysis of SSR from transcriptome of Clausena lansium[J]. Acta Hortic Sin, 2018, 45(1): 149-158.
[29]	Liu KJ, Muse SV. PowerMarker: An integrated analysis environment for genetic marker analysis[J]. Bioinformatics, 2005, 21(9): 2128-2129. doi: 10.1093/bioinformatics/bti282 pmid: 15705655
[30]	Yeh FC, Boyle TJ. Population genetic analysis of codominant and dominant markers and quantitative traits[J]. Belg J Bot, 1997, 129: 157.
[31]	Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data[J]. Genetics, 2000, 155(2): 945-959. doi: 10.1093/genetics/155.2.945 pmid: 10835412
[32]	刘小梅, 潘建平, 曾杨, 等. 黄皮种质资源的RAPD分析[J]. 广东农业科学, 2007, 34(2): 13-15.
	Liu XM, Pan JP, Zeng Y, et al. RAPD analysis of germplasm resources of Clausena lansium[J]. Gangdong Agric Sci, 2007, 34(2): 13-15.
[33]	李开拓, 钟凤林, 郭志雄, 等. 40个黄皮品种的ISSR分析[J]. 亚热带植物科学, 2009, 38(4): 22-26.
	Li KT, Zhong FL, Guo ZX, et al. ISSR analysis of 40 wampee cultivars[J]. Subtrop Plant Sci, 2009, 38(4): 22-26.
[34]	乔东亚, 王鹏, 王淑安, 等. 基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析[J]. 南京林业大学学报: 自然科学版, 2020, 44(4): 21-28.
	Qiao DY, Wang P, Wang SA, et al. Genetic diversity analysis of Lagerstroemia germplasm resources based on SNP markers[J]. J Nanjing For Univ Nat Sci Ed, 44(4): 21-28.
[35]	李慧峰, 王涛, 冉昆. 利用SSR荧光标记构建41份山东省苹果资源分子身份证[J]. 沈阳农业大学学报, 2020, 51(1): 70-77.
	Li HF, Wang T, Ran K. Using the fluorescent labeled SSR markers to establish the molecular identity of 41 Malus germplasms in Shandong province[J]. J Shenyang Agric Univ, 2020, 51(1): 70-77.
[36]	冉昆, 隋静, 王宏伟, 等. 利用SSR荧光标记构建山东地方梨种质资源分子身份证[J]. 果树学报, 2018, 35(S1): 71-78.
	Ran K, Sui J, Wang HW, et al. Using the fluorescent labeled SSR markers to establish the molecular ID of pear germplasm resources in Shandong[J]. J fruit Sci, 2018, 35(S1): 71-78.

编号 No.	资源名称 Name of resource	种质类型 Type of germplasm	来源地 Origin	编号 No.	资源名称 Name of resource	种质类型 Type of germplasm	来源地 Origin
1	迟熟甜皮 Late maturing sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	43	揭西甜皮 Jiexi sweet wampee	农家品种 Farm variety	揭阳 Jieyang
2	鹰嘴黄皮Yingzui wampee	农家品种Farm variety	广州 Guangzhou	44	龙门3号 Longmen No. 3	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
3	萝岗独核 Luogangduhe	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	45	龙门5号 Longmen No. 5	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
4	鸡心2号 Jixin No. 2	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	46	龙门6号 Longmen No. 6	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
5	大鸡心 Dajixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	47	龙门7号 Longmen No. 7	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
6	鸡心3号 Jixin No. 3	农家品种 Farm variety	广州Guangzhou	48	龙门8号 Longmen No. 8	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou
7	迟熟鸡心 Late maturing jixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	49	龙门10号Longmen No. 10	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou
8	从城鸡心 Congchengjixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	50	连南2号 Liannan No. 2	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
9	郁南无核 Yunanwuhe	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu	51	连南3号 Liannan No. 3	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
10	大牛心 Daniuxin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	52	郁南1号 Yunan No. 1	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
11	白糖黄皮 Baitang wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	53	一级鸡心 Yijijixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
12	鸡心5号 Jixin No. 5	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	54	黄埔1号 Huangpu No. 1	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
13	黄埔黄皮 Huangpu wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	55	黄埔3号 Huangpu No. 3	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
14	金鸡心 Jinjixin	审定品种 Validated selected variety	广州 Guangzhou	56	雅口2号 Yakou No. 2	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
15	从城黄皮 Congcheng wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	57	郁南3号 Yunan No. 3	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
16	新滘白糖 Xinjiaobaitang	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	58	郁南4号 Yunan No. 4	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
17	岐尖黄皮 Qijian wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	59	郁南5号 Yunan No. 5	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
18	岐山崛督 Qishanjuedu	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	60	郁南6号 Yunan No. 6	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
19	细鸡心2号 Xijixin No. 2	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	61	郁南7号 Yunan No. 7	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
20	大丰1号黄皮 Dafeng No. 1	审定品种 Validated selected variety	广州 Guangzhou	62	郁南8号 Yunan No. 8	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
21	阳山鸡心 Yangshanjixin	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan	63	区根甜皮 Ougen sweet wampee	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu
22	塔下甜皮 Taxia sweet wampee	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	64	芦庄1号 Luizhuang No.1	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou
23	塔下酸皮 Taxia sour wampee	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	65	郁南珍珠Yunanzhenzhu	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
24	丰顺4号 Fengshun No. 4	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	66	始兴032 Shixing 032	地方种质 Local germplasm	韶关 Shaoguan
25	禄田独核 Lutianduhe	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	67	罗定甜皮Luoding sweet wampee	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu
26	湛江1号 Zhanjiang No. 1	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	68	潮州8号 Chaozhou No. 8	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
27	湛江2号 Zhanjiang No. 2	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	69	大埔5号 Dabu No. 5	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
28	海珠7号 Haizhu No. 7	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	70	大埔6号 Dabu No. 6	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
29	阳西1号 Yangxi No. 1	地方种质 Local germplasm	阳江 Yangjiang	71	潮州7号 Chaozhou No. 7	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
30	阳西2号 Yangxi No. 2	地方种质 Local germplasm	阳江 Yangjiang	72	潮州10号 Chaozhou No. 10	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
31	潮州1号 Chaozhou No. 1	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	73	揭阳鸡心 Jieyangjixin	农家品种 Farm variety	揭阳 Jieyang
32	潮州2号 Chaozhou No. 2	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	74	潮州11号 Chaozhou No. 11	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou
33	潮州5号 Chaozhou No. 5	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	75	小果甜皮 Xiaoguo sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
34	潮州6号 Chaozhou No. 6	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	76	阳山大叶 Yangshandaye	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
35	大埔3号 Dabu No. 3	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	77	廉江069 Lianjiang 069	农家品种 Farm variety	湛江 Zhanjiang
36	凤梢2号 Fengshao No. 2	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	78	廉江075 Lianjiang 075	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang
37	凤梢3号 Fengshao No. 3	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	79	龙山无核 Longshanwuhe	地方种质 Local germplasm	揭阳 Jieyang
38	凤梢4号 Fengshao No. 4	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	80	大埔4号 Dabu No. 4	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
39	凤梢5号 Fengshao No. 5	农家品种 Farm variety	湛江 Zhanjiang	81	兴宁4号 Xingning No. 4	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
40	凤梢6号 Fengshao No. 6	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	82	崛督4号 Juedu No. 4	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
41	龙门1号 Longmen No. 1	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou	83	龙门4号 Longmen No. 4	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
42	番禺甜皮 Panyu sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	84	龙门9号Longmen No. 9	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou

编号 No.	资源名称 Name of resource	种质类型 Type of germplasm	来源地 Origin	编号 No.	资源名称 Name of resource	种质类型 Type of germplasm	来源地 Origin
1	迟熟甜皮 Late maturing sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	43	揭西甜皮 Jiexi sweet wampee	农家品种 Farm variety	揭阳 Jieyang
2	鹰嘴黄皮Yingzui wampee	农家品种Farm variety	广州 Guangzhou	44	龙门3号 Longmen No. 3	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
3	萝岗独核 Luogangduhe	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	45	龙门5号 Longmen No. 5	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
4	鸡心2号 Jixin No. 2	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	46	龙门6号 Longmen No. 6	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
5	大鸡心 Dajixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	47	龙门7号 Longmen No. 7	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
6	鸡心3号 Jixin No. 3	农家品种 Farm variety	广州Guangzhou	48	龙门8号 Longmen No. 8	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou
7	迟熟鸡心 Late maturing jixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	49	龙门10号Longmen No. 10	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou
8	从城鸡心 Congchengjixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	50	连南2号 Liannan No. 2	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
9	郁南无核 Yunanwuhe	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu	51	连南3号 Liannan No. 3	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
10	大牛心 Daniuxin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	52	郁南1号 Yunan No. 1	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
11	白糖黄皮 Baitang wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	53	一级鸡心 Yijijixin	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
12	鸡心5号 Jixin No. 5	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	54	黄埔1号 Huangpu No. 1	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
13	黄埔黄皮 Huangpu wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	55	黄埔3号 Huangpu No. 3	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
14	金鸡心 Jinjixin	审定品种 Validated selected variety	广州 Guangzhou	56	雅口2号 Yakou No. 2	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
15	从城黄皮 Congcheng wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	57	郁南3号 Yunan No. 3	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
16	新滘白糖 Xinjiaobaitang	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	58	郁南4号 Yunan No. 4	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
17	岐尖黄皮 Qijian wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	59	郁南5号 Yunan No. 5	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
18	岐山崛督 Qishanjuedu	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	60	郁南6号 Yunan No. 6	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
19	细鸡心2号 Xijixin No. 2	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	61	郁南7号 Yunan No. 7	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
20	大丰1号黄皮 Dafeng No. 1	审定品种 Validated selected variety	广州 Guangzhou	62	郁南8号 Yunan No. 8	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
21	阳山鸡心 Yangshanjixin	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan	63	区根甜皮 Ougen sweet wampee	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu
22	塔下甜皮 Taxia sweet wampee	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	64	芦庄1号 Luizhuang No.1	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou
23	塔下酸皮 Taxia sour wampee	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	65	郁南珍珠Yunanzhenzhu	地方种质 Local germplasm	云浮 Yunfu
24	丰顺4号 Fengshun No. 4	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	66	始兴032 Shixing 032	地方种质 Local germplasm	韶关 Shaoguan
25	禄田独核 Lutianduhe	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	67	罗定甜皮Luoding sweet wampee	农家品种 Farm variety	云浮 Yunfu
26	湛江1号 Zhanjiang No. 1	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	68	潮州8号 Chaozhou No. 8	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
27	湛江2号 Zhanjiang No. 2	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	69	大埔5号 Dabu No. 5	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
28	海珠7号 Haizhu No. 7	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	70	大埔6号 Dabu No. 6	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
29	阳西1号 Yangxi No. 1	地方种质 Local germplasm	阳江 Yangjiang	71	潮州7号 Chaozhou No. 7	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
30	阳西2号 Yangxi No. 2	地方种质 Local germplasm	阳江 Yangjiang	72	潮州10号 Chaozhou No. 10	地方种质 Local germplasm	潮州 Chaozhou
31	潮州1号 Chaozhou No. 1	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	73	揭阳鸡心 Jieyangjixin	农家品种 Farm variety	揭阳 Jieyang
32	潮州2号 Chaozhou No. 2	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	74	潮州11号 Chaozhou No. 11	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou
33	潮州5号 Chaozhou No. 5	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	75	小果甜皮 Xiaoguo sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
34	潮州6号 Chaozhou No. 6	农家品种 Farm variety	潮州 Chaozhou	76	阳山大叶 Yangshandaye	地方种质 Local germplasm	清远 Qingyuan
35	大埔3号 Dabu No. 3	农家品种 Farm variety	梅州 Meizhou	77	廉江069 Lianjiang 069	农家品种 Farm variety	湛江 Zhanjiang
36	凤梢2号 Fengshao No. 2	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	78	廉江075 Lianjiang 075	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang
37	凤梢3号 Fengshao No. 3	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	79	龙山无核 Longshanwuhe	地方种质 Local germplasm	揭阳 Jieyang
38	凤梢4号 Fengshao No. 4	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	80	大埔4号 Dabu No. 4	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
39	凤梢5号 Fengshao No. 5	农家品种 Farm variety	湛江 Zhanjiang	81	兴宁4号 Xingning No. 4	地方种质 Local germplasm	梅州 Meizhou
40	凤梢6号 Fengshao No. 6	地方种质 Local germplasm	湛江 Zhanjiang	82	崛督4号 Juedu No. 4	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou
41	龙门1号 Longmen No. 1	农家品种 Farm variety	惠州 Huizhou	83	龙门4号 Longmen No. 4	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou
42	番禺甜皮 Panyu sweet wampee	农家品种 Farm variety	广州 Guangzhou	84	龙门9号Longmen No. 9	地方种质 Local germplasm	惠州 Huizhou

引物名称 Primer name	正向引物 Forward primer sequence（5'-3'）	反向引物 Reverse primer sequence（5'-3'）	重复基元 Repeat motifs	退火温度Annealing temperature/℃
CP001	TGGTGACACATATAATGATCTTGG	ATGTGAAACCATCCCATCTCTTA	TGA（3*6）	58
CP002	TGGATAGAAAATGGTTGAGAGGA	TATGTCTTCCCGTTCCTGTTTTA	AC（2*10）	60
CP003	CATCAGTTGTGTTCACATTCACA	GTAGCCTTCATCAAAAGAGATGG	CAT（3*6）	59
CP004	TTTTCAACCCTCTTGAGTGAGAG	ATGTTTTGCTTCGATTGATTTGT	CCTCAA（6*4）	60
CP005	TCGGAAAGCCTCAGTAGTACAAG	AGGAGAGGCTATAGATCGTGGAT	TCAAAT（6*4）	60
CP006	AGTTTGGTAAATTCCCTGATGGT	CTACAACTTTGACACCACCTTCC	GAGCCT（6*4）	60
CP007	CAGAAACGACACTTGGAAACATC	AAGAACCCGCTCTCTTTTGTAAT	GGC（3*6）	59
CP008	AAATCAGAGGAAGAAAGGTGGAG	TCGACTTTCTGGTATCTGTCCAT	AGGGA（5*4）	60
CP009	CCCGTAAAACTTCAATTTCCTTC	GGGTTTTCTTCTACACACTCTCG	TG（2*9）	60
CP010	CGAAGTAGGACGAACTGAAAGAG	GATCTGACAATATTGGTGGTGGT	AGC（3*5）	60
CP011	TTCTCTCCGGAAAAATATCATTG	TTGTTCCTGCTAAATCTCGACTC	TGG（3*6）	60
CP012	ATGCTAGTTGCTAGTTGCTACCG	TCACTACTTGACAAGATCGGACA	CAGAAC（6*4）	60

引物名称 Primer name	正向引物 Forward primer sequence（5'-3'）	反向引物 Reverse primer sequence（5'-3'）	重复基元 Repeat motifs	退火温度Annealing temperature/℃
CP001	TGGTGACACATATAATGATCTTGG	ATGTGAAACCATCCCATCTCTTA	TGA（3*6）	58
CP002	TGGATAGAAAATGGTTGAGAGGA	TATGTCTTCCCGTTCCTGTTTTA	AC（2*10）	60
CP003	CATCAGTTGTGTTCACATTCACA	GTAGCCTTCATCAAAAGAGATGG	CAT（3*6）	59
CP004	TTTTCAACCCTCTTGAGTGAGAG	ATGTTTTGCTTCGATTGATTTGT	CCTCAA（6*4）	60
CP005	TCGGAAAGCCTCAGTAGTACAAG	AGGAGAGGCTATAGATCGTGGAT	TCAAAT（6*4）	60
CP006	AGTTTGGTAAATTCCCTGATGGT	CTACAACTTTGACACCACCTTCC	GAGCCT（6*4）	60
CP007	CAGAAACGACACTTGGAAACATC	AAGAACCCGCTCTCTTTTGTAAT	GGC（3*6）	59
CP008	AAATCAGAGGAAGAAAGGTGGAG	TCGACTTTCTGGTATCTGTCCAT	AGGGA（5*4）	60
CP009	CCCGTAAAACTTCAATTTCCTTC	GGGTTTTCTTCTACACACTCTCG	TG（2*9）	60
CP010	CGAAGTAGGACGAACTGAAAGAG	GATCTGACAATATTGGTGGTGGT	AGC（3*5）	60
CP011	TTCTCTCCGGAAAAATATCATTG	TTGTTCCTGCTAAATCTCGACTC	TGG（3*6）	60
CP012	ATGCTAGTTGCTAGTTGCTACCG	TCACTACTTGACAAGATCGGACA	CAGAAC（6*4）	60

引物名称 Primer name	等位基因数 Number of alleles（Na）	有效等位基因数 Effective number of alleles（Ne）	观测杂合度 Observed heterozygosity（Ho）	期望杂合度 Expected heterozygosity（He）	Shannon信息指数 Shannon's information index（I）	多态性信息量指数Polymorphic information（PIC）
CP001	4.000	1.879	0.317	0.468	0.880	0.455
CP002	4.000	1.964	0.500	0.491	0.873	0.460
CP003	4.000	2.530	0.537	0.605	1.051	0.564
CP004	3.000	2.340	0.675	0.573	0.944	0.507
CP005	3.000	2.092	0.512	0.522	0.874	0.452
CP006	3.000	1.416	0.265	0.294	0.567	0.291
CP007	3.000	2.984	0.595	0.665	1.096	0.591
CP008	4.000	2.083	0.582	0.520	0.922	0.518
CP009	6.000	2.327	0.542	0.570	1.076	0.516
CP010	3.000	2.846	0.675	0.649	1.072	0.642
CP011	3.000	2.033	0.429	0.508	0.840	0.433
CP012	3.000	1.744	0.333	0.427	0.761	0.386
总数 Total	43.000	26.239
均值 Mean	3.583	2.187	0.497	0.524	0.913	0.484