Isolation of Microsatellite in C. ectenes by Magnetic Beads

Abstract

Abstract: It was a study to develop microsatellite markers with the method of microsatellite enrichment by magnetic beads. Genomic DNA of C. ectenes was digested with restriction enzyme Mse I. The fragments of 400-1 000 bp were recycled and ligated with relevant adaptors, then the “complete genome PCR library” was constructed. The PCR products were hybridized by a biotin-labeled Oligo probe（CA）₁₂, the microsatellites were enriched with magnetic beads. The eluted fragments from magnetic beads were amplified and cloned into pMD18-T vector. 118 positive clones were screened with PCR method from 170 clones. After sequenced, 97 microsatellite sequences were found, 59 pairs of SSR primers were designed, and 9 pairs of primers were polymorphism within 30 cultured Chang Jiang C. ectenes.

Key words: C. ectenes, Enrichment by magnetic beads, Microsatellite, Polymorphism

Deng Pingping, Shi Yonghai, Zhang Genyu, Zhang Zhiwen, Zhang Haiming, Lu Genhai, Liu Yongshi. Isolation of Microsatellite in C. ectenes by Magnetic Beads[J]. Biotechnology Bulletin, 2014, 0(6): 145-149.

References

[1] 长江刀鲚资源调查协作组.长江刀鱼资源及其利用[J] .淡水渔业, 1976, 8：23-25.
[2] 袁传宓.长江中下游刀鲚资源和种群组成变动状况及其原因[J] .动物学杂志, 1988, 28（3）：12-15.
[3] 袁传宓, 林金榜, 刘仁华, 等.刀鲚的年龄和生长[J] .水生生物学集刊, 1978, 6（3）：285-298.
[4] 朱栋良.长江刀鱼的天然繁殖与胚胎发育观察[J] .水产科技情报, 1992, 19（2）：49-51.
[5] 刘文斌.中国鲚属4种鱼的生化和形态比较及其系统发育的研究[J] .海洋与湖沼, 1995, 26（5）：558-565.
[6] 诸廷俊, 杨金权, 唐文乔.长江口鲚属鱼类线粒体DNA控制区结构分析[J] .上海水产大学学报, 2008, 17（2）：152-156.
[7] 许志强, 葛家春, 黄成, 等.基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位[J] .大连水产学院学报, 2009, 24（3）：242-246.
[8] 马春艳, 沈盎绿, 马凌波, 等.中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究[J] .海洋渔业, 2010, 32（4）：356-360.
[9] 马春艳, 刘敏, 马凌波, 等.长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA（RAPD）分析[J] .海洋水产研究, 2004, 25（5）：19-24.
[10] 张媛, 胡则辉, 周志刚, 等.利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构[J] .上海水产大学学报, 2006（4）：390-397.
[11] Ma C, Cheng Q, Zhang Q. Development of 12 polymorphic microsatellite markersin Coilia ectenes Jordan and Seale, 1905（Clupeiformes：Engraulidae）and cross-species amplification in Coilia mystus Linnaeus, 1758[J] . Environ Biol Fish, 2011, 91：243-249.
[12] Chen F, Zeng L, Cheng Q. Development of thirty-four novel polymo-rphic microsatellite markers in Coilia ectenes（Clupeiformes：Engraulidae）and cross-species amplification in two closely related taxa[J] . J Genet, 2012, 91：37-43.
[13] 萨姆布鲁克J, 弗里奇EF, 曼尼阿蒂斯T, 等.分子克隆实验指导[M] .第3版.金冬雁, 黎孟枫, 侯云德, 译.北京：科学出版社, 1999：463-469.
[14] 张新宇, 高燕宁. PCR引物设计及软件使用技巧[J] .生物信息学, 2004（2）：15-19.
[15] 孙效文, 张晓锋, 赵莹莹, 等.水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用[J] .中国水产科学, 2008, 15（4）：689-703.
[16] 全迎春, 孙效文, 刘伟, 等.磁珠富集法制备大口鲶的微卫星分子标记[J] .水产学报, 2006, 30（2）：185-191.
[17] 魏东旺, 楼允东, 孙效文, 等.鲤鱼微卫星分子标记的筛选[J] .动物学研究, 2001, 22（3）：238-241.
[18] 鲁翠云, 孙效文, 梁利群, 等.鳙鱼微卫星分子标记的筛选[J] .中国水产科学, 2001, 12（2）：192-196.
[19] 王艳红, 李映志, 丰锋, 等.磁珠富集法分离菠萝蜜（Artocarpus heterophyllus）微卫星标记及系列分析[J] .果树学报, 2010, 27（6）：1046-1051.
[20] 孙效文, 鲁翠云, 梁利群.磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记[J] .水产学报, 2005, 29（4）：482-486.
[21] 阮小凤, Gabi Krczal, 杨勇.磁珠富集法分离柿微卫星标记[J] .西北农林科技大学学报：自然科学版, 2008, 36（5）：98-102.
[22] 孙效文, 贾智英, 魏东旺, 等.磁珠富集法与小片段克隆法筛选鲤微卫星的比较研究[J] .中国水产科学, 2005, 12（2）：126-132.
[23] 邓欣, 陈信波, 龙松华, 等.用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记[J] .作物学报, 2008, 34（12）：2099-2105.
[24] 姬长虹, 孙效文.用磁珠富集法快速制备银鲫微卫星标记[J] .大连水产学院学报, 2007, 22（6）：460-464.
[25] 薛华柏, 乔玉山, 许宽勇, 等.磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段[J] .西北植物学报, 2006, 26（7）：1320-1325.
[26] 戴习林, 邓平平, 施永海, 等.罗氏沼虾SSR标记再开发及其影响因素初探[J] .生物技术通报, 2012（10）：142-149.