生物技术通报 ›› 2026, Vol. 42 ›› Issue (11): 134-144.doi: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2025-1404
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刘思文1, 王博伟1, 邢金杰1, 王静2, 李亚东1, 孙海悦1(
)
收稿日期:2025-12-23
出版日期:2026-11-26
发布日期:2026-11-03
通讯作者:
孙海悦haiyuesun@jlau.edu.cn基金资助:
LIU Si-wen1, WANG Bo-wei1, XING Jin-jie1, WANG Jing2, LI Ya-dong1, SUN Hai-yue1(
)
Received:2025-12-23
Published:2026-11-26
Online:2026-11-03
摘要:
目的 基于蓝莓品种形态易混淆、缺乏精准鉴定体系的问题,通过全基因组SSR位点的发掘及相关特性分析,开发新的SSR标记引物,为蓝莓种质精准鉴定和遗传多样性评价提供支撑。 方法 利用Krait软件对‘Draper’基因组SSR位点进行检索分析,并使用Primer 3.0软件设计引物,结合生物信息学技术初步筛选SSR标记引物。逐步扩大蓝莓种质数量进行PCR扩增,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳相结合的方式,筛选高多态性SSR标记引物,并进行蓝莓种质资源的遗传多样性分析。 结果 ‘Draper’基因组SSR位点发掘结果显示,共检测到888 906个SSR位点,以二核苷酸重复类型为主,占总SSR位点数的87.8%,三核苷酸次之,占总SSR位点数的6.34%。经生物信息学初步筛选,获得103对SSR标记引物;经多轮电泳筛选,最终获得17对高多态性SSR标记引物。利用这17对引物对64份蓝莓种质资源进行遗传多样性分析,共检测到204个等位基因,有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)平均值分别为6.165和1.956;多态信息量(PIC)平均值为0.985,表明SSR标记多态性较高。UPGMA聚类分析显示,在Nei’s遗传距离0.000 8处,64份蓝莓种质资源可划分为3个聚类群。 结论 揭示了蓝莓基因组中SSR位点的数量和类型特性。获得17对高多态性SSR引物,可用于区分蓝莓种质资源,且品种间遗传多样性较好。
刘思文, 王博伟, 邢金杰, 王静, 李亚东, 孙海悦. 蓝莓全基因组SSR引物开发及遗传多样性分析[J]. 生物技术通报, 2026, 42(11): 134-144.
LIU Si-wen, WANG Bo-wei, XING Jin-jie, WANG Jing, LI Ya-dong, SUN Hai-yue. Genome-wide Development of SSR Primers and Genetic Diversity Analysis in Blueberry[J]. Biotechnology Bulletin, 2026, 42(11): 134-144.
编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Draper | 17 | 蓝塔 | 33 | 努伊 | 49 | Emil |
| 2 | 利宝 | 18 | 泽西 | 34 | 伯灵顿 | 50 | L25 |
| 3 | 甜心 | 19 | 雷格西 | 35 | 艾玛 | 51 | 1502 |
| 4 | Biloxi | 20 | 博尼法西 | 36 | AF1 | 52 | H5 |
| 5 | X13 | 21 | 赫伯特 | 37 | AF2 | 53 | Y42 |
| 6 | 北春 | 22 | 布里吉塔 | 38 | AF3 | 54 | F6 |
| 7 | North sky | 23 | 托柔 | 39 | Small fruit | 55 | L29 |
| 8 | North blue | 24 | 日升 | 40 | Jgdrzej | 56 | 122 |
| 9 | 北陆 | 25 | 奥林匹克 | 41 | HL2 | 57 | L11 |
| 10 | 慧蓝 | 26 | 早蓝 | 42 | HL3 | 58 | 49 |
| 11 | 圣云 | 27 | 都克 | 43 | HL4 | 59 | O2 |
| 12 | 蓝金 | 28 | 晚蓝 | 44 | HL5 | 60 | L45 |
| 13 | 普特 | 29 | 艾玛蓝 | 45 | HL9 | 61 | YOU |
| 14 | 蓝丰 | 30 | 瑞卡 | 46 | 贝尔 | 62 | DS01 |
| 15 | H7 | 31 | 考林 | 47 | 格瑞萨 | 63 | DS04 |
| 16 | 齐伯瓦 | 32 | Record | 48 | 北卫 | 64 | D15 |
表1 供试蓝莓试验材料
Table 1 Experimental materials for blueberry testing
编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name | 编号 Code | 品种名 Cultivar name |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Draper | 17 | 蓝塔 | 33 | 努伊 | 49 | Emil |
| 2 | 利宝 | 18 | 泽西 | 34 | 伯灵顿 | 50 | L25 |
| 3 | 甜心 | 19 | 雷格西 | 35 | 艾玛 | 51 | 1502 |
| 4 | Biloxi | 20 | 博尼法西 | 36 | AF1 | 52 | H5 |
| 5 | X13 | 21 | 赫伯特 | 37 | AF2 | 53 | Y42 |
| 6 | 北春 | 22 | 布里吉塔 | 38 | AF3 | 54 | F6 |
| 7 | North sky | 23 | 托柔 | 39 | Small fruit | 55 | L29 |
| 8 | North blue | 24 | 日升 | 40 | Jgdrzej | 56 | 122 |
| 9 | 北陆 | 25 | 奥林匹克 | 41 | HL2 | 57 | L11 |
| 10 | 慧蓝 | 26 | 早蓝 | 42 | HL3 | 58 | 49 |
| 11 | 圣云 | 27 | 都克 | 43 | HL4 | 59 | O2 |
| 12 | 蓝金 | 28 | 晚蓝 | 44 | HL5 | 60 | L45 |
| 13 | 普特 | 29 | 艾玛蓝 | 45 | HL9 | 61 | YOU |
| 14 | 蓝丰 | 30 | 瑞卡 | 46 | 贝尔 | 62 | DS01 |
| 15 | H7 | 31 | 考林 | 47 | 格瑞萨 | 63 | DS04 |
| 16 | 齐伯瓦 | 32 | Record | 48 | 北卫 | 64 | D15 |
类型 Type | 数量 Number | 百分比 Percentage (%) | 平均长度 Average length (bp) | 相对密度 Relative density (bp/Mb) |
|---|---|---|---|---|
二核苷酸 SSR Di-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 四核苷酸 SSR Tetra-nucleotide 五核苷酸 SSR Penta-nucleotide 六核苷酸 SSR Hexa-nucleotide 合计 Total | 780 503 56 384 28 183 16 840 6 996 888 906 | 87.80 6.34 3.17 1.89 0.79 99.99 | 18.96 20.98 17.93 21.84 26.94 106.65 | 8 215.99 656.87 280.49 204.22 104.64 9 462.21 |
表2 蓝莓基因组SSR位点分布特征
Table 2 Distribution characteristics of SSR loci in the blueberry genome
类型 Type | 数量 Number | 百分比 Percentage (%) | 平均长度 Average length (bp) | 相对密度 Relative density (bp/Mb) |
|---|---|---|---|---|
二核苷酸 SSR Di-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 四核苷酸 SSR Tetra-nucleotide 五核苷酸 SSR Penta-nucleotide 六核苷酸 SSR Hexa-nucleotide 合计 Total | 780 503 56 384 28 183 16 840 6 996 888 906 | 87.80 6.34 3.17 1.89 0.79 99.99 | 18.96 20.98 17.93 21.84 26.94 106.65 | 8 215.99 656.87 280.49 204.22 104.64 9 462.21 |
类型 Type | 重复基元 Repeat motif | 数量 Number | 百分比 Percentage (%) |
|---|---|---|---|
二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 四核苷酸 SSR Tetra-nucleotide | AA AG AT AC CC AAG AAT AAAT | 386 502 260 068 67 003 51 501 13 530 18 827 13 205 14 039 | 43.48 29.26 7.54 5.79 1.52 2.12 1.49 1.58 |
表3 蓝莓基因组SSR重复基元类型
Table 3 Types of SSR repeat motifs in the blueberry genome
类型 Type | 重复基元 Repeat motif | 数量 Number | 百分比 Percentage (%) |
|---|---|---|---|
二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 二核苷酸 SSR Di-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 三核苷酸 SSR Tri-nucleotide 四核苷酸 SSR Tetra-nucleotide | AA AG AT AC CC AAG AAT AAAT | 386 502 260 068 67 003 51 501 13 530 18 827 13 205 14 039 | 43.48 29.26 7.54 5.79 1.52 2.12 1.49 1.58 |
图1 部分引物的有效性筛选和特异性检测A:引物有效性筛选(1‒5:部分引物,每对引物3次重复);B:引物特异性检测(1‒11:11份供试样品;a‒d为4对不同引物);M:Marker
Fig. 1 Effectiveness screening and specificity detection of a subset of primersA: Primer validity screening (1‒5: Different primer pairs, each with three replicates). B: Primer specificity detection (1‒11: Eleven tested samples; a‒d represent 4 pairs of distinct primers). M: Marker
图2 部分引物的潜在多态性检测M:Marker;a‒b:为不同引物;1‒11:11份供试样品
Fig. 2 Detection of potential polymorphism in partial primersM: Marker. a‒b: Represent different primers. 1‒11: 11 test samples
名称 Name | 正向引物序列 Forward primer sequences (5′‒3′) | 反向引物序列 Reverse primer sequence (5′‒3′) | 退火温度 Tm (℃) | 预期产物 Expected size (bp) | 荧光类型 Fluorescent types |
|---|---|---|---|---|---|
| spSSR03 | CTGTGTCGACCTCTCCAACG | TGAGATCGGTGGCTTTCTCG | 57 | 242 | FAM |
| spSSR04 | CTTGGCGATCTCCTCCTTCC | TCAAGGAACAACAGGCCTCC | 55 | 320 | HEX |
| spSSR05 | GCTTCCGGTACCTCTCTTCG | TCATCCCGCACAAGAGTTCC | 57 | 283 | HEX |
| spSSR08 | ATCTGAAGTCTCCAACGGCG | GCTAACCCGAGTCTGGTTCC | 55 | 262 | HEX |
| spSSR09 | TGTGGCTGGAGATGTTGACG | CAAAATGCGATTCCTCCTCCC | 57 | 236 | FAM |
| spSSR11 | AAAGGGGACAAGCAACTCCC | CACCACTTCCGGGATAGTGC | 57 | 252 | FAM |
| spSSR12 | ACGACGTGAGAAACCACTCC | CTATCCCTCAACCGCGATGG | 57 | 262 | HEX |
| spSSR13 | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | ACGACGAACCAGACGAAACC | 57 | 194 | FAM |
| spSSR14 | ACGACGAACCAGACGAAACC | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | 59 | 209 | FAM |
| spSSR15 | TGAACCAGACGAAACCCACC | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | 59 | 178 | FAM |
| spSSR16 | CAAGTCGACAACATGCTCCG | TTTACAAGCACATACGCGCG | 59 | 218 | FAM |
| spSSR18 | CTTGGCGATCTCCTCCTTCC | TCAAGGAACAACAGGCCTCC | 59 | 332 | HEX |
| spSSR19 | TTCCAAAACCACCAAACGCC | AGAGCAATGTGGTAGCCAGG | 55 | 326 | HEX |
| spSSR20 | GGCTTACAGCTCCTCCATGG | GGTGATGAGAGAGAGCCAGG | 59 | 175 | FAM |
| spSSR21 | CTATCCCTCAACCGCGATGG | ACGACGTGAGAAACCACTCC | 59 | 268 | HEX |
| spSSR22 | TGTGCATCCAAACCTTGAGC | TGTGGTGGTGGTTATGGAGG | 59 | 238 | FAM |
| spSSR23 | GAGGCGGTAGTACATGTGGG | CTCTCAACTCCCCTTCAGCC | 57 | 340 | HEX |
表4 17对多态性SSR引物信息
Table 4 Information of 17 polymorphic SSR primer pairs
名称 Name | 正向引物序列 Forward primer sequences (5′‒3′) | 反向引物序列 Reverse primer sequence (5′‒3′) | 退火温度 Tm (℃) | 预期产物 Expected size (bp) | 荧光类型 Fluorescent types |
|---|---|---|---|---|---|
| spSSR03 | CTGTGTCGACCTCTCCAACG | TGAGATCGGTGGCTTTCTCG | 57 | 242 | FAM |
| spSSR04 | CTTGGCGATCTCCTCCTTCC | TCAAGGAACAACAGGCCTCC | 55 | 320 | HEX |
| spSSR05 | GCTTCCGGTACCTCTCTTCG | TCATCCCGCACAAGAGTTCC | 57 | 283 | HEX |
| spSSR08 | ATCTGAAGTCTCCAACGGCG | GCTAACCCGAGTCTGGTTCC | 55 | 262 | HEX |
| spSSR09 | TGTGGCTGGAGATGTTGACG | CAAAATGCGATTCCTCCTCCC | 57 | 236 | FAM |
| spSSR11 | AAAGGGGACAAGCAACTCCC | CACCACTTCCGGGATAGTGC | 57 | 252 | FAM |
| spSSR12 | ACGACGTGAGAAACCACTCC | CTATCCCTCAACCGCGATGG | 57 | 262 | HEX |
| spSSR13 | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | ACGACGAACCAGACGAAACC | 57 | 194 | FAM |
| spSSR14 | ACGACGAACCAGACGAAACC | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | 59 | 209 | FAM |
| spSSR15 | TGAACCAGACGAAACCCACC | GAGAGAGAGCCAGTCCTTGC | 59 | 178 | FAM |
| spSSR16 | CAAGTCGACAACATGCTCCG | TTTACAAGCACATACGCGCG | 59 | 218 | FAM |
| spSSR18 | CTTGGCGATCTCCTCCTTCC | TCAAGGAACAACAGGCCTCC | 59 | 332 | HEX |
| spSSR19 | TTCCAAAACCACCAAACGCC | AGAGCAATGTGGTAGCCAGG | 55 | 326 | HEX |
| spSSR20 | GGCTTACAGCTCCTCCATGG | GGTGATGAGAGAGAGCCAGG | 59 | 175 | FAM |
| spSSR21 | CTATCCCTCAACCGCGATGG | ACGACGTGAGAAACCACTCC | 59 | 268 | HEX |
| spSSR22 | TGTGCATCCAAACCTTGAGC | TGTGGTGGTGGTTATGGAGG | 59 | 238 | FAM |
| spSSR23 | GAGGCGGTAGTACATGTGGG | CTCTCAACTCCCCTTCAGCC | 57 | 340 | HEX |
| 名称 Name | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | Shannon’s信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 无偏期望杂合度uHe | 多态性信息量PIC |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| spSSR03 | 6 | 3.626 | 1.405 | 0.714 | 0.724 | 0.730 | 0.983 |
| spSSR04 | 16 | 10.431 | 2.520 | 0.750 | 0.904 | 0.911 | 0.990 |
| spSSR05 | 5 | 2.602 | 1.083 | 0.500 | 0.616 | 0.623 | 0.978 |
| spSSR08 | 9 | 4.958 | 1.786 | 0.583 | 0.798 | 0.807 | 0.986 |
| spSSR09 | 9 | 3.292 | 1.475 | 1.000 | 0.696 | 0.702 | 0.973 |
| spSSR11 | 10 | 4.698 | 1.789 | 1.000 | 0.787 | 0.794 | 0.982 |
| spSSR12 | 9 | 4.898 | 1.735 | 1.000 | 0.796 | 0.803 | 0.984 |
| spSSR13 | 17 | 5.737 | 2.154 | 1.000 | 0.826 | 0.832 | 0.988 |
| spSSR14 | 15 | 7.008 | 2.188 | 1.000 | 0.857 | 0.864 | 0.990 |
| spSSR15 | 19 | 10.139 | 2.558 | 0.800 | 0.901 | 0.908 | 0.990 |
| spSSR16 | 14 | 9.806 | 2.383 | 0.667 | 0.898 | 0.905 | 0.989 |
| spSSR18 | 16 | 10.711 | 2.542 | 0.200 | 0.907 | 0.914 | 0.990 |
| spSSR19 | 13 | 6.122 | 2.099 | 1.000 | 0.837 | 0.844 | 0.985 |
| spSSR20 | 13 | 5.306 | 1.993 | 1.000 | 0.812 | 0.818 | 0.980 |
| spSSR21 | 11 | 3.924 | 1.631 | 1.000 | 0.745 | 0.751 | 0.981 |
| spSSR22 | 10 | 5.760 | 1.913 | 1.000 | 0.826 | 0.833 | 0.983 |
| spSSR23 | 12 | 5.796 | 1.992 | 1.000 | 0.827 | 0.834 | 0.983 |
| 平均Mean | 12 | 6.165 | 1.956 | 0.836 | 0.809 | 0.816 | 0.985 |
表5 17对SSR引物在64份蓝莓种质中的遗传多样性
Table 5 Genetic diversity of 17 SSR primer pairs in 64 blueberry germplasms
| 名称 Name | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | Shannon’s信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 无偏期望杂合度uHe | 多态性信息量PIC |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| spSSR03 | 6 | 3.626 | 1.405 | 0.714 | 0.724 | 0.730 | 0.983 |
| spSSR04 | 16 | 10.431 | 2.520 | 0.750 | 0.904 | 0.911 | 0.990 |
| spSSR05 | 5 | 2.602 | 1.083 | 0.500 | 0.616 | 0.623 | 0.978 |
| spSSR08 | 9 | 4.958 | 1.786 | 0.583 | 0.798 | 0.807 | 0.986 |
| spSSR09 | 9 | 3.292 | 1.475 | 1.000 | 0.696 | 0.702 | 0.973 |
| spSSR11 | 10 | 4.698 | 1.789 | 1.000 | 0.787 | 0.794 | 0.982 |
| spSSR12 | 9 | 4.898 | 1.735 | 1.000 | 0.796 | 0.803 | 0.984 |
| spSSR13 | 17 | 5.737 | 2.154 | 1.000 | 0.826 | 0.832 | 0.988 |
| spSSR14 | 15 | 7.008 | 2.188 | 1.000 | 0.857 | 0.864 | 0.990 |
| spSSR15 | 19 | 10.139 | 2.558 | 0.800 | 0.901 | 0.908 | 0.990 |
| spSSR16 | 14 | 9.806 | 2.383 | 0.667 | 0.898 | 0.905 | 0.989 |
| spSSR18 | 16 | 10.711 | 2.542 | 0.200 | 0.907 | 0.914 | 0.990 |
| spSSR19 | 13 | 6.122 | 2.099 | 1.000 | 0.837 | 0.844 | 0.985 |
| spSSR20 | 13 | 5.306 | 1.993 | 1.000 | 0.812 | 0.818 | 0.980 |
| spSSR21 | 11 | 3.924 | 1.631 | 1.000 | 0.745 | 0.751 | 0.981 |
| spSSR22 | 10 | 5.760 | 1.913 | 1.000 | 0.826 | 0.833 | 0.983 |
| spSSR23 | 12 | 5.796 | 1.992 | 1.000 | 0.827 | 0.834 | 0.983 |
| 平均Mean | 12 | 6.165 | 1.956 | 0.836 | 0.809 | 0.816 | 0.985 |
图6 64份蓝莓种质资源的UPGMA聚类图绿色文字:北高丛品种群;蓝色文字:南高丛品种群;棕色文字:半高丛品种群;红色文字:矮丛品种群
Fig. 6 UPGMA cluster diagram of 64 blueberry germplasm resourcesGreen text: Northern highbush blueberry group. Blue text: Southern highbush blueberry group. Brown text: Half-highbush blueberry group. Red text: Lowbush blueberry group
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