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    2024年 第40卷 第6期    刊出日期:2024-06-26
    热点评述
    和而不同:根毛发育过程中生长素与氧化还原信号
    谢彦杰
    2024, 40(6):  1-4.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0477
    摘要 ( 234 )   HTML ( 33)   PDF (1697KB) ( 208 )  
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    活性氧与生长素在植物生长发育过程中均发挥着重要作用,它们的信号转导与调控机制一直是植物科学研究的重要领域。细胞核内经典通路TIR1/AFB-Aux/IAA-ARF通过转录调控来介导生长素信号,然而生长素信号在细胞质和细胞核之间进行传递的过程尚不清楚。近期,华东师范大学李超团队发现氧化还原信号参与了受生长素调控的根毛发育过程。生长素受体蛋白TIR1/AFB2发生氧化后促进其向细胞核迁移,启动根毛发育的生长素转录信号,而这一过程同时受上游FER/LLG1-RAC/ROP-RBOHC分子模块的调控。该研究深入解析了根毛发育过程中生长素与氧化还原信号的交谈模式,是蛋白质氧化翻译后修饰调控生物学过程的经典范式。

    综述与专论
    MYB转录因子在调控植物响应逆境胁迫中的作用
    胡雅丹, 伍国强, 刘晨, 魏明
    2024, 40(6):  5-22.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1186
    摘要 ( 1357 )   HTML ( 52)   PDF (2607KB) ( 1093 )  
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    MYB作为植物中最大的多功能转录因子(transcription factors, TFs)家族之一,在基因转录水平上广泛地参与调控植物生长发育、激素信号转导及逆境胁迫应答等过程。该类转录因子N端含有典型的MYB结构域,根据MYB结构域中R重复序列的数量分为不同的亚组;而C端结构域差异较大,因此功能上具有多样性。大量研究表明,在受到外界环境信号的激活后,MYB可单独或通过和其他蛋白互作后,与下游靶基因启动子区域的顺式作用元件MYBCORE和AC-box结合,参与调控下游胁迫应答相关基因的表达,从而调节植物对逆境胁迫的耐受性。另外,MYB也通过参与脱落酸(abscisic acid, ABA)、油菜素内酯(brassinolide, BR)、茉莉酸(jasmonic acid, JA)和活性氧(reactive oxygen species, ROS)等信号通路的方式,对非生物胁迫以及生物胁迫做出应答反应。论文对植物MYB家族的结构与分类及其作用方式进行了归纳,重点对植物MYB参与调控响应盐、干旱、极端温度、营养亏缺、重金属以及病原菌等非生物和生物逆境胁迫的作用机制进行了综述,并对未来重点研究方向提出了展望,为今后农作物的抗逆性遗传改良和生物育种提供优异基因资源和理论支持。

    细胞全能性转录因子调控植物组培再生的分子机制研究进展
    王迪, 张晓宇, 宋宇鑫, 郑东然, 田静, 李玉花, 王宇, 吴昊
    2024, 40(6):  23-33.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1164
    摘要 ( 422 )   HTML ( 28)   PDF (5442KB) ( 480 )  
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    植物细胞在适宜的培养条件下展现出发育成完整新个体的潜能,这种潜能被称为植物细胞全能性。基于细胞全能性的组织培养技术,在植物无性繁殖和遗传改良领域得到了广泛应用。非生物胁迫、植物激素与转录因子协同调控植物离体再生过程。其中,在植物再生过程中起主导作用的转录因子,被称为细胞全能性转录因子。近年来,关于细胞全能性转录因子调控植物离体再生的分子机制研究已取得显著进展。众多转录因子被鉴定出来,并在提高植物遗传转化效率的研究中得到了初步应用。本文按照植物细胞全能性转录因子在植物再生中的功能进行分类梳理,综述近几年植物离体再生过程中信号转导机制,总结植物细胞全能性转录因子在提高植物遗传转化效率方面的作用,并对其应用前景进行展望,为建立有效的无性繁殖体系提供科学依据。

    玉米花青素生物合成代谢调控
    胡锦锦, 李素贞, 马旭辉, 柳小庆, 谢珊珊, 江海洋, 陈茹梅
    2024, 40(6):  34-44.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0075
    摘要 ( 466 )   HTML ( 25)   PDF (2761KB) ( 620 )  
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    花青素(anthocyanidin)以糖苷形式与葡萄糖或纤维二糖分子结合存在,是一类水溶性天然色素,广泛存在于自然界中的果蔬和花卉中。花青素具有抗氧化、抗炎、抗肿瘤以及抑制病毒生长等生理活性,因此在食品和医药领域具有广阔的应用前景。随着对植物花青素合成途径的深入研究,花青素生物合成途径逐渐清晰,但是花青素调控基因以及机制仍有很大的探索空间。紫玉米是一种富含花青素的作物,其花青素生物合成途径的研究具有重要的实际意义。近年来,研究人员在富含花青素玉米研究中取得了较大进展,但在花青素玉米的精准育种方面有待进一步研究。本文从玉米的花青素生物合成途径、关键酶基因和调控基因等方面进行综述,系统分析了玉米花青素合成途径中各个结构基因以及MYBbHLHWD40等调控基因对花青素合成的影响;阐述了MBW三元复合物对花青素的调控;讨论了富含花青素玉米育种中尚未解决的问题及未来研究方向,以期为今后开展花青素玉米遗传改良以及选育高花青素玉米品种提供参考。

    丛枝菌根真菌对植物逆境胁迫抗性及次生代谢产物合成的影响
    苑海鹏, 叶云舒, 司皓, 纪秋研, 张玉红
    2024, 40(6):  45-56.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1117
    摘要 ( 1984 )   HTML ( 22)   PDF (3102KB) ( 528 )  
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    丛枝菌根(arbuscular mycorrhizal,AM)是球囊菌门真菌与植物根系组成的共生体系,71%的维管植物有AM。球囊菌门(Glomeromycota)现下设1纲4目11科27属,约有300种丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)。AMF可以提高植物对干旱、盐度、重金属等非生物胁迫和由其他生物引起的生物胁迫的抵抗力以及调节植物次生代谢产物的合成。本文综述了AMF对植物逆境胁迫和次生代谢产物影响的研究进展。阐述了AMF对植物形态结构、生理生化、基因表达和次生代谢等生命活动的影响。总结了AMF提高植物逆境胁迫抗性和调节植物次生代谢产物合成方面的作用机理。旨在为深入研究AMF响应植物逆境胁迫和调节植物次生代谢产物合成的作用机理提供参考。

    香蕉根际微生态及其与枯萎病防治之间的关系
    漆艳香, 谢艺贤, 彭军, 曾凡云, 张欣
    2024, 40(6):  57-67.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1222
    摘要 ( 213 )   HTML ( 11)   PDF (2027KB) ( 346 )  
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    枯萎病严重危害香蕉生产,可致香蕉大幅减产甚至绝收。该病害通过土传、种苗调运等途径进行传播扩散,其病原菌产生的厚垣孢子在土壤中存活的时间长达30年,防治非常困难,是政府、学术界和产业界高度关注的对象之一。为了攻克这一难题,国内外科研工作者及相关从业者进行了广泛而深入的研究。本文从香蕉枯萎病的发生与危害、植物根际微生态及其与土传病害的关系、香蕉根际微生态及其在枯萎病防治中的作用和贡献等方面进行综述,并对其研究趋势进行了展望,以期为后续香蕉根际微生态的深入研究、优良生防资源的挖掘与创新利用及香蕉枯萎病的有效防治提供参考。

    高值化等鞭金藻固碳研究进展
    蔡楠, 方静平, 陈必链, 何勇锦
    2024, 40(6):  68-80.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1196
    摘要 ( 185 )   HTML ( 15)   PDF (3302KB) ( 175 )  
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    工业生产和人类活动释放的大量CO2是造成全球性气候变暖的主要诱因。气候变暖往往伴随着极端恶劣天气的发生,对人类的生活、财产和基础设施构成严重威胁。为了减轻由此产生的负面影响和应对全球变暖,各国纷纷设定了碳达峰和碳减排目标,并致力于对CO2进行固定和资源化利用。海洋等鞭金藻(Isochrysis galbana)具有生长速度快和固碳效率高的特点,集成废/污水处理和生物固碳,转化合成蛋白质、多不饱和脂肪酸等多种高值生物活性物质的等鞭金藻固碳技术,被认为是最有前途的碳捕获和资源高值化利用的技术之一。本文首先介绍和比较了常用的CO2捕获技术的优缺点,强调基于等鞭金藻的碳捕获技术的适用范围和固碳效率的优势。其次阐明了海洋等鞭金藻光合固碳机制及其与卡尔文循环、三羧酸循环等代谢通路的联系;探讨光和CO2对微藻固碳能力和胞内碳流分布的影响,探究培养条件、光生物反应器、基因工程/合成生物学技术改造藻株等影响等鞭金藻固碳效率的因素。最后,概述了等鞭金藻光合固碳与岩藻黄素、多不饱和脂肪酸、蛋白质等高值生物活性物质合成的关系,为精深加工、开发高值化等鞭金藻提供理论和实践依据,推动等鞭金藻固碳技术的发展和应用,协同推进节能减排,为助力实现“双碳”目标提供一条经济可行的新策略。

    微藻破囊壶菌产功能性脂肪酸DHA研究进展
    张美玉, 赵玉斌, 王灵云, 宋元达, 赵新河, 任晓洁
    2024, 40(6):  81-94.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0011
    摘要 ( 871 )   HTML ( 9)   PDF (2213KB) ( 411 )  
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    二十二碳六烯酸(DHA)作为人体必需的多不饱和脂肪酸,在维护心血管健康、抗癌、支持视觉和脑功能等方面至关重要。传统的深海鱼油提取DHA方法存在鱼腥味重、工艺繁琐等问题,迫使研究者寻求更为高效、环保的替代方案。破囊壶菌(Thraustochytrids)凭借其生长迅速、低重金属污染以及高DHA含量的特性,成为工业化生产DHA的潜力微生物之一。当前在破囊壶菌发酵生产DHA的过程中,依然需要解决一系列关键问题,包括提高发酵产量、降低成本等。本文旨在全面阐述破囊壶菌发酵生产DHA的研究现状,包括菌株筛选与改良、DHA生物合成途径、遗传转化及代谢工程、发酵控制策略等方面。首先,总结归纳了对野生型菌株的自然筛选和诱变改良等方法,不断提高破囊壶菌中DHA产油量。其次,详细介绍了破囊壶菌DHA合成途径的研究进展,着重分析了生物合成途径中关键辅助因子在DHA生产中的作用。此外,概述了外源DNA传递到破囊壶菌细胞的遗传转化技术的应用现状,为提高其遗传转化效率和稳定性提供重要参考。在DHA代谢调控方面,探讨了氮限制对DHA合成的促进作用以及温度和氧气供应对生产效率的影响。最后,对利用破囊壶菌生产DHA存在的主要瓶颈问题和未来发展趋势进行了总结,以推动其在医药、保健品和食品等领域的广泛应用,实现工业规模下的高效生产。

    低温等离子体活化溶液在抑菌及清除生物被膜中的研究进展
    蔡志成, 王媛媛, 桑晓涵, 曾丽仙, 邓文韬, 王佳媚
    2024, 40(6):  95-104.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1199
    摘要 ( 222 )   HTML ( 12)   PDF (3498KB) ( 156 )  
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    细菌通过群体感应(QS)分泌信号分子和细胞外聚合物(EPS),使细菌聚集和黏附到生物和非生物表面,在一定条件下形成抗性强、危害性大的生物被膜。目前,生物被膜在医疗、食品和农业等领域中的危害日益严重。尤其是一些致病菌不仅对人类健康构成威胁,甚至会造成较大的社会经济损失。一些传统消毒、杀菌方法难以将其彻底清除,且存在二次污染风险。生物被膜在不同介质表面的强黏附性是其难以被清除的主要原因之一。因此,采用高活性的溶液进行浸泡、清洗是去除生物被膜的有效策略。低温等离子体活化水中的活性氧(ROS)和活性氮(RNS)能破坏细菌的细胞壁、肽聚糖结构,有效抑制微生物黏附和聚集。低温等离子体活化水作为一种高效消毒抑菌溶液,被广泛应用于生物医学、食品去污和种子萌发领域。但低温等离子体活化水中活性物质易消散,难以长期贮藏,导致其抑菌性能减弱。近年来,通过向低温等离子体活化水中添加不同介质或联合其他技术制备的低温等离子体活化溶液,有效延长了活性物质的衰退,使其逐渐成为消毒、抑菌研究的新方向。本文综述了低温等离子体活化水和低温等离子体活化溶液的杀菌作用机理及其对生物被膜的清除效果,重点介绍了生物被膜的形成过程。旨在为环境、医疗及食品行业的生物被膜清除和控制提供理论参考。

    技术与方法
    核糖核酸标准物质研制与应用进展
    王丹, 赵文江, 齐鑫, 李欣然, 李凯, 樊丽, 李亮
    2024, 40(6):  105-113.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1202
    摘要 ( 1090 )   HTML ( 4)   PDF (1908KB) ( 115 )  
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    核糖核酸(RNA)标准物质是保证核酸体外诊断数据准确一致的重要实物标准,广泛用于病毒类疾病的检测、仪器校准、试剂盒评价及能力验证等工作中,其目的是保证测量过程和测量结果的准确一致。自1997年,WHO研制出了首个针对核酸扩增技术的丙型肝炎核酸国际标准物质,使全球不同实验室、不同方法检测的结果有了可比性。截至2023年,中国在国家标准物质资源共享平台发布的RNA有证标准物质有近百种,对于RNA标准物质的研究与应用,日益受到世界各国计量机构、相关国际学术组织与企业的重视,尤其是新型冠状病毒疫情暴发后,RNA标准物质成为了生物标准物质的研制热点。随着标准物质研制技术的不断发展,标准物质的量值准确性也有所提升,为测量结果的准确一致提供保障。通过对当前RNA标准物质的制备方法、分装、定值技术、不确定度评定及应用领域进行综述,为RNA标准物质的研制工作以及未来在临床医学、农业生产、动物医学、食品安全等领域的应用提供参考。

    基于转录因子生物传感器在环境分析中的应用
    张迪, 鞠睿, 李丽梅, 王煜倩, 陈瑞, 王新一
    2024, 40(6):  114-125.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1184
    摘要 ( 231 )   HTML ( 8)   PDF (1759KB) ( 240 )  
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    转录因子是一类在细胞中通过引导RNA聚合酶与特定DNA序列结合调控基因表达的蛋白质。转录因子是生物体适应自然环境过程中的一类重要调节性蛋白,可专一性的感知环境介质中的配体分子。利用转录因子作为识别元件构建生物传感体系并与不同的信号转导和放大系统耦合,可在细胞、无细胞和体外等不同反应体系构建信号输出形式灵活多样的传感策略。基于转录因子构建的生物传感器(TFBBs),因其灵敏度高、体积小、价格低廉以及可应用于现场监测等优势,在环境分析领域显示出巨大应用潜力。文中着重介绍了TFBBs的传感体系类型、核心元件组成和工作原理,列举了其在重金属离子、芳香族化合物及抗生素等环境污染物检测中的应用进展,在此基础上讨论了TFBBs在环境污染物检测中可能面临的机遇和挑战,并对其发展趋势进行了展望,指出合成生物学、人工智能等多学科新兴技术的高速发展将促进TFBBs人工设计和传感性能提升,使其应用于更广泛的领域。

    甘蔗条点病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
    王超敏, 何美丹, 王文治, 袁潜华, 张树珍, 沈林波
    2024, 40(6):  126-133.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0129
    摘要 ( 192 )   HTML ( 8)   PDF (3300KB) ( 79 )  
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    【目的】 建立一种快速、灵敏、特异的检测甘蔗条点病毒(sugarcane striate virus,SStrV)的SYBR Green I 荧光定量PCR方法。【方法】 从SStrV基因组保守区域序列设计特异性扩增引物,构建含有SStrV基因组序列的重组质粒pMD19-T-SStrV-qN作为阳性质粒标准品,以其为模板建立SStrV荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏性、特异性、稳定性进行了测试,随后用该方法对甘蔗不同组织部位中SStrV载量进行检测。【结果】 将含有SStrV基因组序列的重组质粒按10倍比稀释成标准品,将其作为模板进行荧光定量PCR,获得标准曲线y = -3.337 x + 38.197,相关系数r2=0.999,说明Cq值与标准品浓度拷贝数的对数呈线性关系;建立的荧光定量PCR最低可以检测到13拷贝重组质粒/μL,是普通PCR灵敏度的100倍。该方法能特异的检测SStrV,特异性高,组内和组间的变异系数在0.13% - 0.94%之间,表明该方法重复性良好。SStrV的载量在甘蔗的不同组织部位中差异较大,+4叶中SStrV的载量最高,与其他组织部位达到了显著差异。【结论】 建立了能灵敏特异检测SStrV的SYBR Green I 荧光定量PCR方法,明确了+4叶是甘蔗中SStrV检测的最佳采样部位。

    研究报告
    大豆细胞质雄性不育弱恢复型杂种F1育性转变的转录组分析
    白志元, 徐菲, 杨午, 王明贵, 杨玉花, 张海平, 张瑞军
    2024, 40(6):  134-142.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0066
    摘要 ( 287 )   HTML ( 9)   PDF (3040KB) ( 142 )  
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    【目的】 探索大豆细胞质雄性不育弱恢复型杂种F1育性转变在RNA水平上的分子机制,以期从育性转变的角度为大豆细胞质雄性不育的分子机理提供有价值的信息。【方法】 以弱恢复型杂种F1(H3A×SXTH3)为研究对象,设置苗期短光照(植株育性不育)和正常光照(植株育性可育)处理,在盛花期分别采集不同大小的混合花芽进行转录组测序和RT-qPCR分析。【结果】 筛选出3 917个差异表达基因,苗期短光照处理后,2 134个基因下调表达,1 783个基因上调表达。对差异表达基因进行生物信息学分析,GO显著富集分析表明,碳水化合物代谢过程、跨膜转运活性和细胞外围等功能在育性转变中行使着主要生物学功能;KEGG通路显著富集分析表明,戊糖葡萄糖醛酸的相互转化、淀粉蔗糖代谢和植物昼夜节律等通路为育性转变的主要代谢通路。11个基因的RT-qPCR分析发现,大豆细胞质雄性不育相关基因和PPR基因参与了大豆细胞质雄性不育弱恢复型杂种F1育性转变过程。【结论】 推测大豆细胞质雄性不育弱恢复型杂种F1育性转变与植物昼夜节律、PPR和大豆细胞质雄性不育相关的线粒体、花粉壁发育、碳水化合物代谢、糖转运和活性氧代谢等基因的异常表达相关,当昼夜节律通路的关键基因变化,引起PPR基因和大豆细胞质雄性不育相关基因的表达水平变化,将会发生育性转变。

    锌硒配施对水稻汞的阻隔效应
    黄秋, 刘静, 秦樊鑫, 罗帮林, 罗林, 李宛蔚, 徐安琪
    2024, 40(6):  143-151.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0064
    摘要 ( 138 )   HTML ( 7)   PDF (3646KB) ( 123 )  
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    【目的】 研究锌硒配施对土壤-水稻体系中水稻富集转运汞的影响,探讨锌硒配施对水稻汞的阻隔效应,为汞污染土壤安全利用提供参考。【方法】 选取贵州铜仁碧江区某矿区汞污染土壤,以水稻品种川康优727为研究对象,采用盆栽试验,测定水稻生长发育特征以及土壤有效汞和水稻各器官汞含量。【结果】 锌硒配施使土壤中有效汞含量显著降低了45%-75.2%,低浓度硒与锌配施使土壤有效汞含量降低75.2%;锌硒配施使水稻各器官汞降低了15.2%-92.3%,其中,籽粒汞含量的降幅效果最好(87.6%-92.3%)。除高浓度硒和高低浓度锌配施促进了水稻汞从根到籽粒转运外,锌硒配施对水稻富集与转运汞的阻隔效果均优于锌、硒单施,锌硒配施使水稻汞从根到籽粒的富集系数降低了88%-92%,低浓度硒与高低浓度锌配施对水稻汞从根到籽粒的转运系数分别降低了69.2%和61.5%。【结论】 锌硒配施对水稻汞的阻隔效应显著,有效缓解了汞对水稻生长发育的毒害作用。

    大白菜BrCYP83B1基因的克隆及表达分析
    王玉书, 赵琳琳, 赵爽, 胡琦, 白慧霞, 王欢, 曹业萍, 范震宇
    2024, 40(6):  152-160.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1127
    摘要 ( 278 )   HTML ( 17)   PDF (4532KB) ( 231 )  
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    【目的】 细胞色素P450家族是十字花科植物硫苷合成重要的酶系,其中CYP83亚家族主要参与核心结构的合成,旨在探究大白菜(Brassica rapa ssp. pekinensisCYP83B1基因的功能。【方法】 利用RT-PCR技术克隆BrCYP83B1基因,通过生物信息学软件分析其编码蛋白理化性质、同源性及启动子顺式作用元件,利用RT-qPCR技术分析BrCYP83B1的表达模式,并构建其植物超表达载体。【结果】 BrCYP83B1 cDNA序列全长为1 500 bp,编码499个氨基酸,编码蛋白属于细胞色素P450超家族,主要定位于细胞质,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,与甘蓝型油菜、青花菜的CYP83B1蛋白具有较高的同源性。启动子分析表明,该基因启动子区域包含水杨酸、脱落酸及茉莉酸甲酯等激素响应的顺式作用元件,说明BrCYP83B1基因表达可能受激素调控。RT-qPCR分析结果表明,BrCYP83B1基因在大白菜的根、茎、叶、花和果中均有表达,且以叶中的表达量最高;茉莉酸甲酯够显著促进该基因的表达,而水杨酸处理对其表达具有一定的抑制作用,脱落酸处理下基因先上调后又下调。【结论】 BrCYP83B1可能参与大白菜对激素的响应调控。

    甘蓝型油菜REVEILLE家族鉴定及诱导表达分析
    刘蓉, 田闵玉, 李光泽, 谭成方, 阮颖, 刘春林
    2024, 40(6):  161-171.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1153
    摘要 ( 208 )   HTML ( 13)   PDF (4890KB) ( 117 )  
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    【目的】 REVEILLE家族基因具有重要生物学功能,而在甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中该家族基因研究较少,深入认识甘蓝型油菜中RVE家族基因功能及其与非生物胁迫的关系。【方法】 利用生物信息学方法,在甘蓝型油菜、白菜(Brassica rapa)和甘蓝(B. oleracea)中分别鉴定到33、16和16个RVE基因,并对其系统进化、染色体定位、基因结构和理化性质以及启动子顺式元件进行分析。【结果】 所有的RVE蛋白被分为两个亚家族。33个BnaRVE分别定位在18条A亚基因组的染色体和15条C亚基因组的染色体上。大部分成员属于较稳定的疏水蛋白;多数Ka/Ks值小于1,说明该家族受到强烈的纯化选择作用。基因结构变异较大,内含子数目在4-11之间。共线性分析结果表明,甘蓝型油菜和拟南芥、白菜、甘蓝存在大量的同源基因。大部分甘蓝型油菜RVE家族成员在子叶和叶都有表达且表达量最多。BnaRVE启动子上含有大量与激素和生物逆境相关的元件,通过定量PCR分析,4个BnaRVE在ABA与MeJA诱导和低温胁迫下的表达量显著上调。【结论】 在甘蓝型油菜基因组中鉴定出33个BnaRVE家族成员。不同基因在不同发育时期和不同组织中表现出不同的表达模式。不同基因对各种胁迫存在响应,且表达模式不一。RVE家族成员对ABA、MeJA和冷胁迫具有正向响应功能。

    不同处理对油菜秸秆养分、纤维结构和硫苷含量的影响
    杨代毅, 樊杨, 屠焰, 徐志宇, 薛颖昊, 孙元丰, 王进, 郝小燕, 马涛
    2024, 40(6):  172-179.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0077
    摘要 ( 163 )   HTML ( 4)   PDF (2107KB) ( 111 )  
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    【目的】 采用物理(膨化)和微生物(黑曲霉、枯草芽孢杆菌)处理油菜秸秆,并分析发酵后的营养物质含量、纤维结构和硫代葡萄糖苷含量,旨在提高油菜秸秆作为粗饲料在反刍动物上的饲用价值。【方法】 试验设计6个组,分别为:油菜秸秆(M组,即对照组)、对照加黑曲霉(MA组)、对照加枯草芽孢杆菌(MB组)、对照膨化(PM组)、对照膨化加黑曲霉(PMA组)、对照膨化加枯草芽孢杆菌(PMB组)。【结果】 与M组(2.60%)相比,其他各组的粗蛋白质含量显著增加(P<0.05),分别为3.16%(MA组)、3.24%(MB组)、3.31%(PM组)、4.02%(PMA组)、3.73%(PMB组);与M组(83.4%)相比,其他各组的中性洗涤纤维(NDF)含量显著降低(P<0.05),分别为81.6%(MA组)、80.3%(MB组)、80.4%(PM组)、77.3%(PMA组)、78.3%(PMB组)。MA组的结晶度(27.0% vs 25.3%)和比表面积(1.22 m2/g vs 1.19 m2/g)显著高于M组(P<0.05),氢键作用力减弱,聚合度与其他各组无显著差异(P>0.05);与M组(0.49 μmol/g)相比,其他各组硫代葡萄糖苷含量显著降低(P<0.05),PMA组(0.24 μmol/g)和PMB组(0.22 μmol/g)样品的硫代葡萄糖苷含量差异不显著,但显著低于其他各组(P<0.05)。【结论】 通过物理和微生物处理油菜秸秆能通过破坏纤维结构降低NDF水平,并减少抗营养因子硫代葡萄糖苷含量,从而改善其在反刍动物上的饲用价值。

    核桃SPL基因家族的系统进化和表达分析
    阿丽亚·外力, 陈永坤, 克拉热木·克里木江, 王宝庆, 陈凌娜
    2024, 40(6):  180-189.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1171
    摘要 ( 200 )   HTML ( 20)   PDF (4843KB) ( 177 )  
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    【目的】 SQUAMOSA promoter binding protein-like(SPL)转录因子在植物开花诱导中起重要的调控作用。从核桃基因组中鉴定SPLJrSPL)基因家族成员并分析其表达特性,为探究SPL在核桃开花诱导中的功能研究提供参考。【方法】 采用生物信息学方法鉴定JrSPL基因家族成员,并预测其基本理化性质、保守结构域、进化关系、启动子顺式作用元件等;利用转录组测序和RT-qPCR技术分析JrSPL家族成员在核桃不同组织及嫁接诱导开花后的表达水平。【结果】 JrSPL家族有28个成员,其基因结构和蛋白结构均高度保守,分布在核桃14条不同的染色体,与拟南芥和毛果杨分别存在17处和24处共线性关系,根据系统发育关系可分为8组。JrSPL启动子存在大量的光响应元件、激素应答元件、胁迫响应元件等。转录组测序分析显示,JrSPL基因在核桃不同组织表达量有差异,在雄花、雌花、顶芽及叶中均有表达,多数基因在雌花中的表达量都比较高,有6个基因最为显著,它们可能在开花诱导中起关键作用。在嫁接诱导核桃开花材料中,检测的12个JrSPLs中除了JrSPL8外,在开花材料中的表达量均高于对照,JrSPL2JrSPL25在混合花序的雄花中表达显著,JrSPL8在顶芽中高表达。【结论】 JrSPL基因在核桃成花中具有重要作用,其高表达是花期提前的主要因素。

    西蒙得木HSP20基因家族的进化、表达和功能分析
    李博静, 郑腊梅, 吴乌云, 高飞, 周宜君
    2024, 40(6):  190-202.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0012
    摘要 ( 186 )   HTML ( 22)   PDF (6478KB) ( 159 )  
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    【目的】 研究西蒙得木HSP20家族成员的结构和功能,为后续研究提供支撑。【方法】 从结构分析、系统发育、表达模式等方面对西蒙得木HSP20家族成员(ScHSP20s)进行系统分析,并对ScHSP20-17进行功能分析。【结果】 西蒙得木基因组中包含35个HSP20基因座位,其中8个基因涉及串联重复,5个涉及片段重复。系统发育分析表明,35个ScHSP20聚为12个亚家族,其中核质亚家族数量最多。启动子分析表明,多数ScHSP20家族成员启动子区域含有激素响应和非生物胁迫等相关顺式作用元件。转录组分析表明,ScHSP20-35ScHSP20-17等部分热激蛋白基因在花和种子发育过程中表达量发生显著性改变,而ScHSP20-17ScHSP20-28等基因受高温诱导。亚细胞定位分析表明,ScHSP20-17编码的蛋白定位于细胞核中,并且在大肠杆菌、酵母和烟草中过表达ScHSP20-17能显著提高它们对高温胁迫的耐受性。【结论】 部分ScHSP20家族成员参与了西蒙得木生殖发育和非生物胁迫应答。

    金钗石斛bHLH转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
    王健, 杨莎, 孙庆文, 陈宏宇, 杨涛, 黄园
    2024, 40(6):  203-218.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0907
    摘要 ( 940 )   HTML ( 12)   PDF (13087KB) ( 56 )  
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    【目的】 bHLH转录因子广泛存在于植物中,是调控植物生长发育和响应逆境胁迫的重要转录因子家族之一。从金钗石斛全基因组中鉴定DnbHLHs转录因子家族,分析其表达特点,为后续深入研究DnbHLHs转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】 利用生物信息学方法从金钗石斛全基因组中鉴定出bHLH转录因子家族成员,并对其理化特征、系统进化关系、基因结构、染色体定位和启动子顺式作用元件等进行分析,利用转录组数据和RT-qPCR分析DnbHLHs转录因子的组织表达模式和不同非生物胁迫下的表达规律。【结果】 在金钗石斛中共鉴定出137个bHLH转录因子,DnbHLHs蛋白的氨基酸数量为85-1 260,分子量为9 855.23-140 024.19 Da,等电点为4.52-10.66,不稳定系数为31.94-87.42,脂溶指数为56.66-106.06,亲水指数为-0.815-0.185。DnbHLHs分布于金钗石斛的19条染色体上,都存在bHLH结构域,与拟南芥的bHLH同源,且组内、种间存在着共线性关系。基因表达模式分析显示,DnbHLHs家族成员存在组织表达特异性,且DnbHLH26DnbHLH33对多种逆境胁迫有响应。【结论】 从金钗石斛全基因组中鉴定出137个DnbHLHs转录因子家族成员,该家族成员的理化性质和保守基序存在特异性和多样性的特征,不同DnbHLHs转录因子之间具有组织表达差异性,且DnbHLH26主要受高盐和高温胁迫的诱导,DnbHLH33主要受高盐、高温和低温胁迫的诱导。

    黄瓜和南瓜Bcl-2相关抗凋亡家族全基因组鉴定与表达模式分析
    胡永波, 雷雨田, 杨永森, 陈馨, 林黄昉, 林碧英, 刘爽, 毕格, 申宝营
    2024, 40(6):  219-237.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1195
    摘要 ( 170 )   HTML ( 7)   PDF (7007KB) ( 79 )  
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    【目的】 分析Bcl-2相关抗凋亡(Bcl-2 associated athanogene, BAG)家族蛋白成员在黄瓜和南瓜中响应非生物胁迫以及在黄瓜/南瓜嫁接愈合过程中响应光照的表达模式,为解析黄瓜/南瓜嫁接苗嫁接愈合机理及黄瓜和南瓜等蔬菜的抗性分子育种提供有利基因。【方法】 基于黄瓜和南瓜基因组信息,利用生物信息学手段,对黄瓜和南瓜中BAG基因家族进行鉴定,并对其理化特性、染色体定位、基因结构、系统发育和共线性进行了分析。基于公共数据库及黄瓜/南瓜嫁接苗在嫁接愈合过程中转录组测序数据,分析BAG基因在黄瓜和南瓜中响应非生物胁迫以及在嫁接愈合过程中响应光照的表达模式。【结果】 在黄瓜和南瓜中分别鉴定到12和18个BAG家族基因,均分为2个亚族,基因成员保守性高,I亚家族的BAG主要参与基因调控和逆境响应,而II亚家族的BAG主要参与植物的发育过程。黄瓜和南瓜BAG基因分别与拟南芥、水稻、番茄存在多种线性关系,但CsaV3_1G017210与拟南芥、水稻、番茄和南瓜中的BAG基因均不存在线性关系。不同BAG基因具有组织特异性表达模式。CsaV3_6G000970和CmoCh08G008520(BAG family molecular chaperone regulator 6)在黄瓜和南瓜响应非生物胁迫以及黄瓜/南瓜嫁接苗嫁接愈合过程中均发生上调表达。【结论】 BAG家族基因在黄瓜和南瓜对非生物胁迫的响应以及黄瓜/南瓜嫁接苗嫁接愈合过程中对光的响应中具有差异性,协同调控了黄瓜和南瓜的生长发育及嫁接愈合,在黄瓜和南瓜非生物胁迫以及黄瓜/南瓜嫁接苗嫁接愈合过程中发挥着重要作用。

    辣椒E2基因家族的鉴定及分析
    常雪瑞, 王田田, 王静
    2024, 40(6):  238-250.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0044
    摘要 ( 185 )   HTML ( 16)   PDF (6937KB) ( 156 )  
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    【目的】 泛素结合酶E2(UBC)作为泛素蛋白酶体途径中将泛素转移至靶蛋白的重要中转酶,与植物的生长发育和许多胁迫有关。从辣椒全基因组中鉴定E2基因家族成员,分析相关基因表达模式,为后续研究提供理论基础。【方法】 基于辣椒全基因组信息,利用生物信息学方法对E2基因家族进行鉴定,系统分析该家族成员的基本理化性质、亚细胞定位、染色体定位、基因结构、系统进化关系、顺式作用元件、蛋白质互作网络、非生物胁迫响应与组织器官表达模式。【结果】 辣椒E2家族有48个成员,在11条染色体上呈不均匀地分布,其编码蛋白主要定位于细胞外和细胞核中;通过对辣椒、番茄和拟南芥的比较进化分析将其分为Group I-Group XIII亚族,同一亚族具有相似的蛋白保守基序和基因结构;发现共有26个蛋白之间存在互作;顺式作用元件分析表明,CaUBC基因启动子区含有大量光响应、激素响应元件,上游2 000 bp区域中存在多种与生长发育和抗逆性相关的顺式作用元件;CaUBC参与胁迫响应,在不同非生物胁迫和激素处理下,将其分为3类,其中高温环境下第3类基因为高表达;在组织器官中表现出不同的表达,其中CaUBC38在果实中的表达量变化较为明显,进行RT-qPCR分析发现,50 d相对表达量最高,10 d表达量最低。【结论】 获得48个辣椒E2CaUBC)基因,揭示了E2家族不同成员在辣椒生长发育和非生物胁迫过程中的表达特征。

    比利时杜鹃花类黄酮3'-羟化酶(F3'H)基因克隆及功能分析
    吴泽航, 杨中义, 鄢毅铖, 贾永红, 吴月燕, 谢晓鸿
    2024, 40(6):  251-259.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0034
    摘要 ( 187 )   HTML ( 12)   PDF (5990KB) ( 163 )  
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    【目的】 类黄酮3'-羟化酶(flavanone 3'-hydroxylase,F3'H)是植物花青素合成过程中的关键酶,探究比利时杜鹃花(Rhododendron hybridum Hort)F3'H基因的功能及表达特性。【方法】 以比利时杜鹃花不同发育时期的花瓣及盛花期的根、茎、叶为实验材料,从比利时杜鹃花转录本数据库中筛选类黄酮生物合成通路关键酶类黄酮3'-羟化酶基因序列信息并进行生物信息学分析,利用反转录(RT-PCR)技术克隆RhF3'H基因;利用紫外分光光度计测定了比利时杜鹃花花瓣不同时期的花青素含量,利用RT-qPCR技术对不同发育时期花瓣和成熟期的不同组织进行RhF3'H基因表达量分析;采用Gateway技术构建过表达载体35S:RhF3'H-GFP重组载体进行亚细胞定位验证;构建p1302-RhF3'H过表达载体对比利时杜鹃花花瓣进行侵染。【结果】 成功获得比利时杜鹃花RhF3'H基因长度为1 557 bp,编码518个氨基酸,具有保守的F3'H结构域,属于P450超家族;系统进化树分析显示,比利时杜鹃花RhF3'H与龙眼和荔枝F3'H蛋白亲缘关系最近;RT-qPCR结果显示,RhF3'H在比利时杜鹃花不同花瓣时期和根、茎、叶组织中均有表达,在不同花瓣发育时期中,盛开期和衰败期中RhF3'H基因的表达量较高,与花青素含量结果相一致;亚细胞定位分析显示,RhF3'H主要存在于细胞膜上;成功构建P1302-RhF3'H瞬时过表达载体,相较于CK和p1302,p1302-RhF3'H在杜鹃花花瓣中显著高表达,其花青素含量也显著增加。【结论】 RhF3'H基因在花瓣细胞膜中表达,表达模式与花青素积累趋势一致;过表达RhF3'H基因促进了花青素的合成。

    夏冬两季发酵雪茄烟叶的代谢组差异分析
    虞昕磊, 何结望, 林国平, 李金海, 王大爱, 袁跃斌, 刘圣高, 李志豪, 陶德欣
    2024, 40(6):  260-270.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1101
    摘要 ( 160 )   HTML ( 12)   PDF (4210KB) ( 116 )  
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    【目的】 解析夏冬季节发酵的雪茄烟叶代谢物差异。【方法】 采用超高效液相色谱串联质谱(UPLC-MS/MS)技术对发酵前、冬季发酵、夏季发酵的雪茄烟叶样品进行广泛靶向代谢物检测。【结果】 发酵期间(历时34 d)夏季、冬季发酵房平均温度分别是27.2℃、14.7℃,二者相差12.5℃,平均湿度分别是77.6%、66.7%,二者相差10.9%,夏季更符合烟叶发酵相对高温、高湿的环境要求;雪茄烟叶样品检测得到905种代谢物包含10类:生物碱、酚酸、黄酮、脂质、氨基酸、有机酸、萜类、糖类、核苷酸、木质素,其中生物碱、有机酸、脂质含量比例居前三,分别是24.5%、23.7%、15.0%。烟叶发酵后,有机酸、脂质、氨基酸、酚酸的含量都显著提升,生物碱、萜类、黄酮、糖类、木质素的含量有不同程度的减少。夏季发酵的烟叶生物碱、萜类代谢转化更剧烈,有机酸、氨基酸、黄酮、脂质、糖类含量较高,化学成分更协调,香气质量更丰富,烟气柔顺、余味甜润,感官品质更优。【结论】 鄂西南地区夏季自然高温高湿环境,更顺应雪茄烟农业发酵理想状态,将当年生产的雪茄烟叶在冬季自然醇化后推迟到次年夏季发酵,或可作为探索推动雪茄烟发酵工序提质增效的参考方案。

    酸性矿山废水对成熟期水稻根区理化因子及固氮微生物的影响
    田胜尼, 张琴, 董玉飞, 丁洲, 叶爱华, 张明珠
    2024, 40(6):  271-280.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1146
    摘要 ( 129 )   HTML ( 4)   PDF (4973KB) ( 77 )  
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    【目的】 酸性矿山废水(acid mine drainage, AMD)是一类低pH、高硫酸盐浓度和重金属富集的废水。探究成熟期水稻根区土壤固氮菌群落的丰度和组成及其对AMD的响应,并阐明土壤固氮菌群落结构变化的主要驱动因素。【方法】 对取自安徽省铜陵市矿区受AMD污染和未受污染的稻田土壤进行水稻盆栽试验,设置3组不同处理(A:AMD浇溉污染土、B:清洁水浇灌污染土、CK:清洁水浇灌未污染土),采用nifH基因高通量测序技术分析不同处理下的成熟期水稻根区土壤固氮菌群落特征。【结果】 AMD污灌使得水稻根区土壤中SO42-、NO3-、重金属的含量显著上升,土壤酸化且固氮菌群落的多样性下降。水稻根区土壤的优势固氮菌包括AnaeromyxobacterGeobacter等,CK处理中富集的固氮菌群数量显著高于A、B处理,且B处理中主要富集疣微菌门,CK处理中主要富集变形菌门。pH和重金属Cu、Pb、Zn是驱动水稻根区土壤固氮菌群落结构的主要因素。具有硫还原功能的DesulfovibrioDesulfurivibrio对氮的变化贡献明显。【结论】 AMD对水稻根区土壤化学性质和固氮菌产生显著影响,恢复清洁水灌溉可促进固氮菌的恢复。

    玉米大斑病菌cDNA文库的构建及转录因子StMR1互作蛋白的筛选
    王秋月, 段鹏亮, 李海笑, 刘宁, 曹志艳, 董金皋
    2024, 40(6):  281-289.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0121
    摘要 ( 157 )   HTML ( 11)   PDF (5081KB) ( 147 )  
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    【目的】 筛选玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)转录因子的互作蛋白,解析黑色素调控转录因子StMR1调控玉米大斑病菌致病性的分子机制。为解析玉米大斑病菌侵染过程中转录因子的调控网络,阐明病菌的致病机理提供参考。【方法】 收集玉米大斑病菌菌丝和孢子不同萌发阶段作为试验材料,采用Gateway方法构建玉米大斑病菌cDNA文库,使用同源重组的方法构建转录因子StMR1的诱饵载体,采用酵母双杂交技术筛选其互作蛋白并进行一对一验证。【结果】 构建的玉米大斑病菌文库插入的平均片段长度大于1 000 bp,初级文库及次级文库的库容量为1.2×107和1.04×107 CFU,重组率为100%,可以用于酵母双杂交筛选。成功构建可以用于筛库的诱饵载体pGBKT7-StMR1,经初筛与复筛得到3个互作蛋白,一对一验证短链脱氢酶、糖基转移酶、富含亮氨酸重复序列蛋白均与转录因子StMR1存在互作。【结论】 成功构建了丰富度高且质量好的玉米大斑病菌cDNA文库并筛选到了与转录因子StMR1互作的蛋白。

    米曲霉异源表达合成虫草素
    闫欢欢, 尚怡彤, 王丽红, 田学琴, 廖海艳, 曾斌, 胡志宏
    2024, 40(6):  290-298.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0006
    摘要 ( 156 )   HTML ( 9)   PDF (3533KB) ( 117 )  
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    【目的】 通过米曲霉中异源表达虫草素合成关键基因,构建米曲霉工程菌株合成虫草素。【方法】 以米曲霉尿苷/尿嘧啶和组氨酸双营养缺陷型菌株AoΔpyrGΔHisB为背景菌株,利用农杆菌介导的转化方法对虫草素合成关键基因CmCns1-CmCns3进行过表达;通过荧光显微镜观察CmCns1CmCns2在米曲霉中的亚细胞定位;利用高效液相色谱法(HPLC)测定转基因米曲霉虫草素含量,同时对米曲霉发酵液添加合成虫草素的前体甘氨酸和腺嘌呤,探究其在米曲霉中对合成虫草素的影响。【结果】 蛹虫草CmCns1CmCns2在米曲霉中定位于脂滴;并且米曲霉中单独过表达CmCns1、共表达CmCns1CmCns2以及共表达CmCns1-CmCns3均能合成虫草素,发酵48 h虫草素胞外产量最高达到37.74 μg/mL;向米曲霉发酵液添加甘氨酸和腺嘌呤,不能有效提升虫草素的含量。【结论】 成功在米曲霉异源表达合成虫草素。

    一株链霉菌的鉴定及其产格尔德霉素的发酵工艺研究
    杨鹭, 袁源, 方志锴, 林如, 江红, 周剑
    2024, 40(6):  299-309.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1215
    摘要 ( 181 )   HTML ( 15)   PDF (4089KB) ( 147 )  
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    【目的】 对链霉菌Streptomyce sp. FIM18-0592进行菌种鉴定,并对其胞外格尔德霉素产量进行发酵工艺优化,旨在提高产量并降低发酵成本。【方法】 通过形态特征、培养特征和生理生化特性,结合16S rDNA序列分析构建系统发育树进行菌种鉴定;采用单因素试验优化培养条件及培养基配方,进一步使用最陡爬坡试验和响应面试验优化培养基配方的含量。【结果】 通过对链霉菌FIM18-0592的形态特征、培养特征及生理生化特征进行初步培养观察发现,其在ISP2等培养基上生长较好,气生菌丝旺盛,产黑色素。结合16S rDNA分子鉴定,确定该菌为格尔德霉素链霉菌(Streptomyces geldanamycininus)。通过单因素试验对发酵条件以及培养基配方进行优化,得到最适宜菌株发酵的培养条件为转速140 r/min、装液量12%(体积分数)、接种量7%(体积分数)、培养时间144 h。最佳的碳源、氮源、无机盐分别为葡萄糖、黄豆饼粉和硫酸铵。采用最陡爬坡试验和响应面优化试验确定了其最优的发酵培养基为:葡萄糖10.42%、黄豆饼粉1.68%、硫酸铵0.3%、乳酸0.3%、甘油4%、硫酸镁0.1%、碳酸钙0.4%,在此条件下,格尔德霉素的发酵效价达到2 887 μg/mL,较原始发酵工艺效价提高了66%。【结论】 链霉菌FIM18-0592为格尔德霉素链霉菌,通过对其发酵工艺进行优化显著提高格尔德霉素的产量,为格尔德霉素及其衍生物的开发和利用奠定基础。

    Lithocarols类化合物生物合成基因litI的表达及其启动子功能分析
    李梦然, 叶伟, 李赛妮, 张维阳, 李建军, 章卫民
    2024, 40(6):  310-318.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1225
    摘要 ( 150 )   HTML ( 5)   PDF (5195KB) ( 58 )  
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    【目的】 Lithocarols为新型的多异戊烯基二苯甲酮类化合物,具有良好的抗肿瘤活性。对lithocarols生物合成基因litI进行克隆和表达纯化,并对该基因的启动子进行功能鉴定,为lithocarols的生物合成及转录调控奠定分子生物学基础。【方法】litI基因扩增后进行原核表达,采用镍亲和层析初步纯化目的蛋白LitI,利用生物信息学方法分析该蛋白的性质和结构。同时扩增litI基因启动子片段,构建荧光素酶表达系统,分析启动子的转录活性,利用PlantCARE启动子分析网站对litI基因启动子的功能组件进行预测。【结果】 LitI蛋白为亲水性蛋白,其相对分子量为51 kD,二级结构包括51.32%的α-螺旋、8.99%的延伸链、3.95%的β-转角以及35.75%无规则卷曲。litI基因启动子具有较强的转录活性且在大肠杆菌中具有启动氨苄青霉素抗性基因表达的功能,其功能组件包含TATA box和CAAT box。【结论】 通过异源表达获得了LitI蛋白,分析了其性质和结构,并鉴定了具有较强转录活性的litI基因启动子片段。

    基于药效团模型筛选CTX-M-14型超广谱β-内酰胺酶抑制剂
    王梦帆, 赵子玉, 王春光, 刘廷玉, 陈曦, 张铁
    2024, 40(6):  319-329.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1228
    摘要 ( 142 )   HTML ( 6)   PDF (5749KB) ( 121 )  
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    【目的】 开发针对头孢噻肟-水解酶-14(CTX-M-14)型超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum β-lactamase,ESBLs)的抑制剂,用以缓解细菌耐药带来的严重危害。【方法】 使用DiscoveryStudio Visualizer(DS Visualizer)构建基于受体结构的药效团模型(structure-based pharmacophore, SBP)和基于配体共同特征的定性药效团模型(common feature pharmacophore generation, HIPHOP),并将验证后的模型作为查询条件对ZINC数据库进行以CTX-M-14蛋白为靶标的虚拟筛选,得到拟合分数良好的中药单体成分甘草酸(glycyrrhizic acid,GL),对其进行相关作用力分析、分子动力学模拟和结合自由能计算,分析甘草酸与CTX-M-14蛋白的结合模式、结合能力及稳定性;最后通过联合抑菌试验及酶动力学试验考察甘草酸的抗菌增敏活性、抑酶作用及抑酶方式。【结果】 中药单体成分甘草酸主要与CTX-M-14蛋白活性中心多个氨基酸残基形成氢键和范德华作用力,两者的对接分数与结合自由能分别为-10 kcal/mol及-22.06 kcal/mol;甘草酸与头孢噻肟钠联用呈协同作用(FICI≤0.5);甘草酸可竞争性抑制β-内酰胺酶对底物抗生素的水解作用,对头孢噻肟钠的抑酶保护率可达58.53%,与克拉维酸接近(60.98%)。【结论】 中药单体甘草酸可与CTX-M-14蛋白稳定结合,通过竞争性抑制β-内酰胺酶对底物抗生素的水解作用,提高多重耐药大肠杆菌E320和重组蛋白阳性菌BL-21对头孢噻肟钠的敏感性,实现抗生素的减量增效。

    肌源性细胞分化的单细胞转录谱变化及细胞间通讯分析
    秦健, 李振月, 何浪, 李俊玲, 张昊, 杜荣
    2024, 40(6):  330-342.  doi:10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-1005
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    【目的】 基于单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)揭示牛肌源性细胞分化中的基因表达谱变化,并探究介导细胞间通讯的配体-受体互作机制,为构建成肌分化的动态调控网络奠定基础。【方法】 利用Seurat、ClusterProfiler、STRING、Cytoscape、CellChatDB和Monocle2等数据库或软件,对NCBI-GEO公共数据库中牛肌源性细胞单细胞转录组测序的原始数据进行了深入分析,包括细胞分群鉴定及差异基因表达谱、相关性、GO富集、PPI、细胞间通讯和拟时序分析等。【结果】 根据基因表达相关性及标志性基因共鉴定出4个具有独特转录特征的细胞群Myoblasts、Myocytes、Fibroblasts和FAPs,通过Myoblasts亚群的基因表达谱比较及拟时序分化轨迹分析发现,各亚群之间异质性很强,其中Myoblasts_1为分化轨迹起点,Myoblasts_0和3处于分化早期阶段,而Myoblasts_2是肌肉特征表现最为明显的亚群,可能是临近形成Myocytes的后期阶段的Myoblasts;Myoblasts_2和Myocytes差异基因富集的肌肉相关GO term存在差异,各基因间存在复杂的蛋白互作关系;Myoblasts_0-5、Myocytes、Fibroblasts和FAPs同型或异型细胞间的通讯机制,涉及到PTN-NCL、IGF2-IGF2R和ANGPTL2-(ITGA5 + ITGB1)等多种不同的配体-受体作用。【结论】 肌源性细胞在分化过程中存在不断变化的基因表达谱和细胞间通讯,反映了复杂的动态异质性及分子调控机制。

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    2024, 40(6):  343. 
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