目的 解析紫苏(Perilla frutescens)QO10和QS5种子α-亚麻酸(α-linolenic acid, ALA)含量差异,挖掘ALA合成及调控相关基因。为进一步创制高ALA含量的紫苏新品种提供遗传资源。 方法 采用形态学指标检测、转录组学和脂质代谢组学技术,对紫苏QO10和QS5种子形态、差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)和脂质代谢物谱进行系统分析。 结果 QS5种子千粒重显著高于QO10。种皮色差分析表明QS5种皮颜色比QO10更亮,二者在种皮颜色上极易区分。脂质代谢组分析结果表明,QO10和QS5种子中脂质代谢物种类和相对含量具有明显差异,QS5种子中硬脂酸(stearic acid, SA)和ALA含量高于QO10。转录组分析结果显示,188个差异表达基因(DEGs)富集到6个与脂肪酸(fatty acid, FA)代谢相关的GO条目和5个KEGG通路。依据转录组‒脂质代谢组联合分析结果,最终筛选出15个关键酶及蛋白编码基因,包括直接参与ALA生物合成调控的ACSL、FABP、FAD2、ENR、KAR和KAS,以及间接参与ALA生物合成调控的脂肪酶(lipase)编码基因、LCAT3、FAR、SCL及HMGCR。此外,转录组分析显示38个WRKY转录因子(transcription factor, TF)和26个MYB TFs差异表达,并筛选了差异表达倍数最大的2个WRKY和2个MYB TFs作为候选TFs。最后,通过RT-qPCR验证10个与ALA生物合成调控相关的候选基因,定量结果与转录组测序结果一致。 结论 紫苏QO10与QS5种子在形态学上差异显著,且QS5含有更高的SA和ALA。筛选出15个酶编码基因和4个TFs,这些基因在QO10和QS5种子中的差异表达是造成ALA含量差异的可能原因。