目的 解析紫苏（Perilla frutescens）QO10和QS5种子α-亚麻酸（α-linolenic acid, ALA）含量差异，挖掘ALA合成及调控相关基因，为进一步创制高ALA含量的紫苏新品种提供遗传资源。 方法 采用形态学指标检测、转录组学和脂质代谢组学技术，对紫苏QO10和QS5种子形态、差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）和脂质代谢物谱进行系统分析。 结果 QS5种子千粒重显著高于QO10。种皮色差分析表明QS5种皮颜色比QO10更亮，二者在种皮颜色上极易区分。脂质代谢组分析结果表明，QO10和QS5种子中脂质代谢物种类和相对含量具有明显差异，QS5种子中硬脂酸（stearic acid, SA）和ALA含量高于QO10。转录组分析结果显示，188个差异表达基因（DEGs）富集到6个与脂肪酸（fatty acid, FA）代谢相关的GO条目和5个KEGG通路。依据转录组‒脂质代谢组联合分析结果，最终筛选出15个关键酶及蛋白编码基因，包括直接参与ALA生物合成调控的ACSL、FABP、FAD2、ENR、KAR和KAS，以及间接参与ALA生物合成调控的脂肪酶（lipase）编码基因LCAT3、FAR、SCL及HMGCR。此外，转录组分析显示38个WRKY转录因子（transcription factor, TF）和26个MYB TFs差异表达，并筛选了差异表达倍数最大的2个WRKY和2个MYB TFs作为候选TFs。最后，通过RT-qPCR验证10个与ALA生物合成调控相关的候选基因，定量结果与转录组测序结果一致。 结论 紫苏QO10与QS5种子在形态学上差异显著，且QS5含有更高的SA和ALA。筛选出15个酶编码基因和4个TFs，这些基因在QO10和QS5种子中的差异表达是造成ALA含量差异的可能原因。
